Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:modules [2018/01/05 10:02] – [Environment Modules] ltaulell | documentation:tools:modules [2023/01/12 09:48] – ltaulell | ||
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- | {{INLINETOC}} | + | <WRAP center round important 60%> |
- | '' | + | **[[https:// |
- | Chaque programme nécessite un environnement (voir la commande '' | + | See also our [[news: |
+ | </ | ||
- | <note tip> | + | Voir [[https://meso-centres-lyon.pages.in2p3.fr/ |
- | '' | + | |
- | Pour travailler, il faut se connecter, depuis '' | + | See [[https://meso-centres-lyon.pages.in2p3.fr/psmn-rtd/modules_list.html|Available |
- | + | ||
- | Voir [[documentation:tutorials: | + | |
- | </note> | + | |
- | ===== Modèles ===== | + | |
- | + | ||
- | Des **exemples** d' | + | |
- | * ''/ | + | |
- | * ''/ | + | |
- | * ''/ | + | |
- | + | ||
- | ===== Usage interactif ===== | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | ==== pour bash ==== | + | |
- | + | ||
- | * charger l’environnement module | + | |
- | + | ||
- | <code bash> | + | |
- | source / | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | ==== pour tous les shell ==== | + | |
- | + | ||
- | * voir les modules disponibles (peut prendre quelques minutes avant de s' | + | |
- | + | ||
- | <code bash> | + | |
- | # lister tous les modules | + | |
- | module avail | + | |
- | + | ||
- | # lister les modules relatif à OpenMPI | + | |
- | module avail openmpi | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | * charger des modules : | + | |
- | + | ||
- | <code bash> | + | |
- | module load < | + | |
- | + | ||
- | # par exemple charger OpenMPI 2.1.1 (compilé avec GCC 6.4.0) | + | |
- | module load GCC/ | + | |
- | # et charger GCC 6.4.0 | + | |
- | module load GCC/6.4.0 | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | * Obtenir l'aide d'un module | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module help < | + | |
- | # ou | + | |
- | module help < | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | * Afficher les modules chargés | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module list | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | * Décharger un module | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module unload < | + | |
- | </code> | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | < | + | |
- | --------------------------------------------------- | + | |
- | ==== pour csh/tcsh ==== | + | |
- | + | ||
- | * Charger l' | + | |
- | <code bash> | + | |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | Vous pouvez ajouter dans votre '' | + | |
- | + | ||
- | <code bash> | + | |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | ==== pour bash ==== | + | |
- | + | ||
- | * Charger l' | + | |
- | <code bash> | + | |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | Vous pouvez ajouter dans votre '' | + | |
- | + | ||
- | <code bash> | + | |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | ==== pour tous les shell ==== | + | |
- | + | ||
- | * Lister les modules disponibles | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module avail | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | * Obtenir la description d'un module | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module whatis < | + | |
- | + | ||
- | module whatis openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 | + | |
- | openmpi/ | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | * Obtenir l'aide d'un module | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module help < | + | |
- | + | ||
- | module help Base/psmn | + | |
- | + | ||
- | ----------- Module Specific Help for 'Base/psmn' ------------------ | + | |
- | + | ||
- | loads the modules software & base application environment for PSMN | + | |
- | + | ||
- | This adds specifics to several of the environment variables. | + | |
- | automatically load Base/ | + | |
- | + | ||
- | Compatible with Modules | + | |
- | + | ||
- | </ | + | |
- | + | ||
- | * Charger un module pour un logiciel | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module load < | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | * Afficher les modules chargés | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | * Décharger un module | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module unload < | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | * Décharger l' | + | |
- | <code bash> | + | |
- | module unuse / | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | :!: Certains | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | ===== Usage dans les scripts (non-interactif) ===== | + | |
- | + | ||
- | :!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, | + | |
- | + | ||
- | ==== pour csh/tcsh ==== | + | |
- | + | ||
- | * ajouter dans le début des scripts : | + | |
- | <code bash> | + | |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir '' | + | |
- | + | ||
- | ==== pour bash ==== | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | * ajouter dans le début des scripts : | + | |
- | + | ||
- | <code bash> | + | |
- | source / | + | |
- | module use / | + | |
- | module load Base/psmn | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir '' | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | :!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | ===== Modules disponibles (avril 2016) ===== | + | |
- | + | ||
- | Cette liste **n' | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | < | + | |
- | ~$ module avail | + | |
- | + | ||
- | ----------------------------------------------- / | + | |
- | ADF/ | + | |
- | ADF/ | + | |
- | ADF/ | + | |
- | ADF/ | + | |
- | ADF/ | + | |
- | ADF/ | + | |
- | Abinit/ | + | |
- | Abinit/ | + | |
- | AllPathsLG/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Amber/ | + | |
- | Augustus/ | + | |
- | Avogadro/ | + | |
- | BCFtools/ | + | |
- | BEDTools/ | + | |
- | BLAT/ | + | |
- | Base/ | + | |
- | Base/ | + | |
- | Base/ | + | |
- | Base/ | + | |
- | Base/ | + | |
- | Base/ | + | |
- | Bismark/ | + | |
- | Blender/ | + | |
- | Bowtie/ | + | |
- | Bowtie/ | + | |
- | Bowtie/ | + | |
- | Bowtie/ | + | |
- | Bwakit/ | + | |
- | CAFS/ | + | |
- | CP2K/ | + | |
- | CP2K/ | + | |
- | CP2K/ | + | |
- | CP2K/ | + | |
- | Cassandra/ | + | |
- | Celera/ | + | |
- | Celera/ | + | |
- | ClonalFrameML/ | + | |
- | Corset/ | + | |
- | Crystal/ | + | |
- | Cufflinks/ | + | |
- | DMAP/ | + | |
- | Dalton/ | + | |
- | DiscoSNP/ | + | |
- | FastQC/ | + | |
- | FastTree/ | + | |
- | FreeFem++/ | + | |
- | GATK/ | + | |
- | GDL/ | + | |
- | GFOLD/ | + | |
- | GMAP/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | Gaussian/ | + | |
- | HDF5/ | + | |
- | HDF5/ | + | |
- | HDF5/ | + | |
- | HDF5/ | + | |
- | HDF5/ | + | |
- | HISAT/ | + | |
- | HISAT/ | + | |
- | HMMER/ | + | |
- | HTSeq/ | + | |
- | HTSeq/ | + | |
- | HTSeq/ | + | |
- | HTSlib/ | + | |
- | Java/ | + | |
- | Java/ | + | |
- | Java/ | + | |
- | Jellyfish/ | + | |
- | Jmol/ | + | |
- | LSDalton/ | + | |
- | Lammps/ | + | |
- | Lammps/ | + | |
- | Lammps/ | + | |
- | Lammps/ | + | |
- | Lammps/ | + | |
- | MAFFT/ | + | |
- | MAPS/ | + | |
- | MEME/ | + | |
- | MIRA/ | + | |
- | Matlab/ | + | |
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- | ===== Références ===== | + | |
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- | * http:// | + | |
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