Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:modules [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1 | documentation:tools:modules [2023/12/12 10:58] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
- | ====== Environment Modules ====== | ||
- | |||
- | |||
- | '' | ||
- | |||
- | Chaque programme nécessite un environnement (voir la commande '' | ||
- | |||
- | <note tip> | ||
- | '' | ||
- | |||
- | Pour travailler, il faut se connecter, depuis '' | ||
- | |||
- | Voir [[documentation: | ||
- | </ | ||
- | ===== Modèles ===== | ||
- | |||
- | Des **exemples** d' | ||
- | * ''/ | ||
- | * ''/ | ||
- | * ''/ | ||
- | * ''/ | ||
- | |||
- | Vous pouvez les copier, ou les inclure dans vos propre fichiers d' | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | cp / | ||
- | cp / | ||
- | cp / | ||
- | |||
- | ou | ||
- | |||
- | cp / | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Reconnectez-vous pour prendre en compte les changements. | ||
- | ===== Usage interactif ===== | ||
- | |||
- | |||
- | ==== charger " | ||
- | |||
- | * pour bash | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Peut être ajouté dans '' | ||
- | |||
- | * pour csh/tcsh | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Peut être ajouté dans '' | ||
- | |||
- | * pour zsh | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Peut être ajouté dans '' | ||
- | ==== pour tous les shell ==== | ||
- | |||
- | * voir les modules disponibles (peut prendre quelques minutes avant de s' | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | # lister tous les modules | ||
- | module avail | ||
- | |||
- | # lister les modules relatif à OpenMPI | ||
- | module avail openmpi | ||
- | </ | ||
- | |||
- | |||
- | * charger des modules : | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | module load < | ||
- | |||
- | # par exemple charger OpenMPI 2.1.1 (compilé avec GCC 6.4.0) | ||
- | module load GCC/ | ||
- | # puis charger GCC 6.4.0 | ||
- | module load GCC/6.4.0 | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * Obtenir l'aide d'un module | ||
- | <code bash> | ||
- | module help < | ||
- | # ou | ||
- | module help < | ||
- | </ | ||
- | |||
- | |||
- | * Afficher les modules chargés | ||
- | <code bash> | ||
- | module list | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * Décharger un module | ||
- | <code bash> | ||
- | module unload < | ||
- | </ | ||
- | |||
- | |||
- | ===== Dans un script ===== | ||
- | |||
- | exemple pour bash (extrait de script) : | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | # init env (should be in ~/.profile) | ||
- | source / | ||
- | |||
- | # easybuild modules do not load dependencies | ||
- | module load GCC/ | ||
- | module load GCC/6.4.0 | ||
- | |||
- | # tests | ||
- | env > resultat.txt | ||
- | gcc -v >> resultat.txt | ||
- | which mpirun >> resultat.txt | ||
- | |||
- | </ | ||
- | |||
- | ===== Références ===== | ||
- | |||
- | * https:// | ||
- | * http:// | ||
- | * http:// | ||
- | |||
- | |||
- | < | ||
- | --------------------------------------------------- | ||
- | ==== pour csh/tcsh ==== | ||
- | |||
- | * Charger l' | ||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Vous pouvez ajouter dans votre '' | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ==== pour bash ==== | ||
- | |||
- | * Charger l' | ||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Vous pouvez ajouter dans votre '' | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | </ | ||
- | |||
- | ==== pour tous les shell ==== | ||
- | |||
- | * Lister les modules disponibles | ||
- | <code bash> | ||
- | module avail | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * Obtenir la description d'un module | ||
- | <code bash> | ||
- | module whatis < | ||
- | |||
- | module whatis openmpi/ | ||
- | openmpi/ | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * Obtenir l'aide d'un module | ||
- | <code bash> | ||
- | module help < | ||
- | |||
- | module help Base/psmn | ||
- | |||
- | ----------- Module Specific Help for ' | ||
- | |||
- | loads the modules software & base application environment for PSMN | ||
- | |||
- | This adds specifics to several of the environment variables. | ||
- | automatically load Base/ | ||
- | |||
- | Compatible with Modules version 3.2.9 | ||
- | |||
- | </ | ||
- | |||
- | * Charger un module pour un logiciel | ||
- | <code bash> | ||
- | module load < | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * Afficher les modules chargés | ||
- | <code bash> | ||
- | module list | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * Décharger un module | ||
- | <code bash> | ||
- | module unload < | ||
- | </ | ||
- | |||
- | * Décharger l' | ||
- | <code bash> | ||
- | module unuse / | ||
- | </ | ||
- | |||
- | |||
- | :!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, | ||
- | |||
- | |||
- | ===== Usage dans les scripts (non-interactif) ===== | ||
- | |||
- | :!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, | ||
- | |||
- | ==== pour csh/tcsh ==== | ||
- | |||
- | * ajouter dans le début des scripts : | ||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir '' | ||
- | |||
- | ==== pour bash ==== | ||
- | |||
- | |||
- | * ajouter dans le début des scripts : | ||
- | |||
- | <code bash> | ||
- | source / | ||
- | module use / | ||
- | module load Base/psmn | ||
- | </ | ||
- | |||
- | Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir '' | ||
- | |||
- | |||
- | :!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, | ||
- | |||
- | |||
- | ===== Modules disponibles (avril 2016) ===== | ||
- | |||
- | Cette liste **n' | ||
- | |||
- | |||
- | < | ||
- | ~$ module avail | ||
- | |||
- | ----------------------------------------------- / | ||
- | ADF/ | ||
- | ADF/ | ||
- | ADF/ | ||
- | ADF/ | ||
- | ADF/ | ||
- | ADF/ | ||
- | Abinit/ | ||
- | Abinit/ | ||
- | AllPathsLG/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Amber/ | ||
- | Augustus/ | ||
- | Avogadro/ | ||
- | BCFtools/ | ||
- | BEDTools/ | ||
- | BLAT/ | ||
- | Base/ | ||
- | Base/ | ||
- | Base/ | ||
- | Base/ | ||
- | Base/ | ||
- | Base/ | ||
- | Bismark/ | ||
- | Blender/ | ||
- | Bowtie/ | ||
- | Bowtie/ | ||
- | Bowtie/ | ||
- | Bowtie/ | ||
- | Bwakit/ | ||
- | CAFS/ | ||
- | CP2K/ | ||
- | CP2K/ | ||
- | CP2K/ | ||
- | CP2K/ | ||
- | Cassandra/ | ||
- | Celera/ | ||
- | Celera/ | ||
- | ClonalFrameML/ | ||
- | Corset/ | ||
- | Crystal/ | ||
- | Cufflinks/ | ||
- | DMAP/ | ||
- | Dalton/ | ||
- | DiscoSNP/ | ||
- | FastQC/ | ||
- | FastTree/ | ||
- | FreeFem++/ | ||
- | GATK/ | ||
- | GDL/ | ||
- | GFOLD/ | ||
- | GMAP/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | Gaussian/ | ||
- | HDF5/ | ||
- | HDF5/ | ||
- | HDF5/ | ||
- | HDF5/ | ||
- | HDF5/ | ||
- | HISAT/ | ||
- | HISAT/ | ||
- | HMMER/ | ||
- | HTSeq/ | ||
- | HTSeq/ | ||
- | HTSeq/ | ||
- | HTSlib/ | ||
- | Java/ | ||
- | Java/ | ||
- | Java/ | ||
- | Jellyfish/ | ||
- | Jmol/ | ||
- | LSDalton/ | ||
- | Lammps/ | ||
- | Lammps/ | ||
- | Lammps/ | ||
- | Lammps/ | ||
- | Lammps/ | ||
- | MAFFT/ | ||
- | MAPS/ | ||
- | MEME/ | ||
- | MIRA/ | ||
- | Matlab/ | ||
- | |||
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