Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tools:software:abinit [2020/10/21 10:09] – cicaluga | documentation:tools:software:abinit [2025/03/12 14:14] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== Abinit ====== | ||
| - | |||
| - | * ABINIT is a software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, | ||
| - | |||
| - | ^ Version | ||
| - | |||
| - | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 | ||
| - | | 8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | ||
| - | | 8.10.3 | ||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
| - | |||
| - | ===== Site officiel ===== | ||
| - | |||
| - | * http:// | ||
| - | |||
| - | ====== Script de soumission (exemple) ====== | ||
| - | |||
| - | |||
| - | '' | ||
| - | |||
| - | <code bash parexemple.sh> | ||
| - | |||
| - | #!/bin/bash | ||
| - | #$ -S /bin/bash | ||
| - | # | ||
| - | #$ -N Test_13_5000K_snps3000 # Job name#### For testing | ||
| - | #$ -q E5_test | ||
| - | #$ -pe test_debian 32 | ||
| - | # | ||
| - | ### charger l' | ||
| - | #$ -cwd | ||
| - | ### exporter les variables d' | ||
| - | #$ -V | ||
| - | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | ||
| - | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
| - | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
| - | # | ||
| - | ### configurer l' | ||
| - | module purge | ||
| - | module load ABINIT/ | ||
| - | PREFIX="/ | ||
| - | MPIRUN=" | ||
| - | # | ||
| - | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < a13_5000K_snps3000.files > a13_5000K_snps3000.log | ||
| - | # fin | ||
| - | |||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ====== Tutoriel ABINIT " | ||
| - | |||
| - | Plusieurs tutoriels sont proposés par ABINIT dans le répertoire share/ | ||
| - | On peut suivre tous ces tutoriels, ci-dessous sont présentées les étapes pour suivre le tutoriel " | ||
| - | |||
| - | |||
| - | - Rapatriement du tutoriel dans le compte utilisateur | ||
| - | |||
| - | <code bash> | ||
| - | $ mkdir -p ~/ | ||
| - | |||
| - | $ cp -a / | ||
| - | |||
| - | $ cp / | ||
| - | |||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | - Définition de l' | ||
| - | |||
| - | <code bash> | ||
| - | $ cd ~/ | ||
| - | $ module load ABINIT/ | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | - Exécution de l' | ||
| - | <code bash> | ||
| - | $ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | - Exécution du calcul DFPT | ||
| - | <code bash> | ||
| - | $ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK | ||
| - | $ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ | ||
| - | $ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | A la fin de l' | ||
| - | |||
| - | < | ||
| - | |||
| - | - Lancement en mode Batch | ||
| - | |||
| - | Les étapes précédentes étant exécutées en mode Interactif, mais pour plus de rapidité et pour poursuivre les calculs en mode production, ces étapes sont à exécuter en mode Batch (soumission aux queues SGE), en soumettant un script de soumission classique ABINIT, comme suit : | ||
| - | |||
| - | |||
| - | <code bash> | ||
| - | |||
| - | $ qsub script_abinit | ||
| - | |||
| - | où script_abinit contient : | ||
| - | |||
| - | $ cat script_abinit | ||
| - | #!/bin/bash | ||
| - | # | ||
| - | #$ -N Test # Job name | ||
| - | # | ||
| - | #### For testing | ||
| - | ####$ -q E5_test | ||
| - | #$ -q h48-E5-2670deb128 | ||
| - | ####$ -pe test_debian 32 | ||
| - | #$ -pe mpi16_debian 16 | ||
| - | ### charger l' | ||
| - | #$ -cwd | ||
| - | ### exporter les variables d' | ||
| - | #$ -V | ||
| - | ### mails en debut et fin d' | ||
| - | #$ -m be | ||
| - | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
| - | cd ${SGE_O_WORKDIR}/ | ||
| - | ### configurer l' | ||
| - | module purge | ||
| - | module load ABINIT/ | ||
| - | # | ||
| - | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| - | PREFIX="/ | ||
| - | MPIRUN=" | ||
| - | ## | ||
| - | ## | ||
| - | ###### First test | ||
| - | ## | ||
| - | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log | ||
| - | cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK | ||
| - | cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ | ||
| - | ## Test case, step 2 (DFPT calculation) | ||
| - | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log | ||
| - | ## | ||
| - | ## | ||
| - | ###### First test | ||
| - | ## | ||
| - | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_03.files > tdfpt_03.log | ||
| - | cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFK | ||
| - | cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFQ | ||
| - | ## Test case, step 2 (DFPT calculation) | ||
| - | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_04.files > tdfpt_04.log | ||
| - | # | ||
| - | |||
| - | |||
| - | # fin | ||
| - | </ | ||
| - | |||