Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- documentation:tools:software:cp2k [2020/06/17 09:05] – cicaluga
+++ documentation:tools:software:cp2k [2025/03/12 14:19] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
-====== CP2K ======
-<note warning>update needed</note>
-   * a quantum chemistry and solid state physics software package that can perform atomistic simulations of solid state, liquid, molecular, periodic, material, crystal, and biological systems.
-^  Programme  ^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS / Processeur  ^
-|  cp2k.popt  |  6.1  |  gcc 4.6.3  |  openmpi-3.0.0  |  /usr/bin/cp2k.popt  |  Debian9 x86_64  |
-| | **modulefile** : iomkl/2017.4-3.0.0  ||||
-| | | | | | | |
-Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
-===== Doc users CP2K version > 3 =====
-Rush de build pour CP2K (version 3.x et sup.)
-<code bash>
-export MKLROOT="/applis/PSMN/compil/intel/v15/mkl"
-module load openmpi/2.0.1-gnu-5.4.0
-tar -xjvf cp2k-4.1.tar.bz2
-cd cp2k-4.1/tools/toolchain/
-./install_cp2k_toolchain.sh --with-mkl=/applis/PSMN/compil/intel/v15/mkl
-</code>
-Now copy makefiles to arch dir :
-<code bash>
-cp cp2k-4.1/tools/toolchain/install/arch/local.*opt ../../arch/
-</code>
-To build CP2K you must change directory:
-<code bash>
-cd ../../makefiles/
-make -j 8 ARCH=local VERSION=sopt
-make -j 8 ARCH=local VERSION=popt
-</code>
-Do **NOT** build several versions at the same time. Known to be buggy.
-To use the installed tools, libraries and cp2k version(s) compiled with it you will first need to execute at the prompt every time you want to use cp2k:
-<code bash>
-source cp2k-4.1/tools/toolchain/install/setup
-</code>
-''cp2k.sopt'' and ''cp2k.popt'' are available in your ''$PATH''.
-===== Doc admin-sys PSMN =====
-==== CP2K 2.5.1 + gcc 4.7.2 ====
-  * Makefile (patch from Debian)
-<code diff Makefile1.patch>
---- cp2k-orig/makefiles/Makefile
-+++ cp2k/makefiles/Makefile
-@@ -414,7 +414,7 @@
- #
- makedepf90:
-        -test -d $(TOOLDIR)/makedepf90-build || ( mkdir makedepf90-build ; cp $(TOOLSRC)/makedepf90/* makedepf90-build )
--       { cd makedepf90-build ; ./configure --prefix=$(TOOLDIR) --bindir=$(TOOLDIR) ; $(MAKE) VERSION="2.8.8cp2k" ; $(MAKE) install ; }
-+       { cd makedepf90-build ; CPPFLAGS= ./configure --prefix=$(TOOLDIR) --bindir=$(TOOLDIR) ; $(MAKE) VERSION="2.8.8cp2k" ; $(MAKE) install ; }
- #
- # the rule how to generate the .o from the .F
-</code>
-<code diff Makefile2.patch>
---- cp2k-orig/makefiles/Makefile  2014-02-28 13:07:47.203872318 +0100
-+++ cp2k/makefiles/Makefile       2014-02-28 13:08:10.095990024 +0100
-@@ -394,7 +394,7 @@
-        +$(LD) $(LDFLAGS) -o $(CP2KSHELL) cp2k_shell.o $(ALL_LIB) $(LIBS)
- $(FES): $(FESOBJS) graph.o
--       +$(LD) $(LDFLAGS) -o $(FES) graph.o $(FESOBJS)
-+       +$(LD) $(LDFLAGS) -o $(FES) graph.o $(FESOBJS) $(ALL_LIB) $(LIBS)
- # Allow the standalone DBCSR programs to compile with CUDA and/or HWTOPO
-</code>
-  * arch/Linux-generic-gfortran.sopt (new file from Debian)
-<code make Linux-generic-gfortran.sopt>
-CC         = gcc
-CPP        =
-FC         = gfortran
-LD         = gfortran
-AR         = ar -r
-DFLAGS   = -D__GFORTRAN -D__FFTSG -D__FFTW3 $(FFTW3_ALIGN) -D__LIBINT -D__LIBXC2
-CPPFLAGS = -C -traditional $(DFLAGS)
-FCFLAGS  = -g -Wall -O2 -ffast-math -funroll-loops -ftree-vectorize -ffree-form -ffree-line-length-none $(DFLAGS)
-LDFLAGS  = $(FCFLAGS)
-LIBS     = -llapack -lblas -lfftw3 -lint -lderiv -lxc
-</code>
-  * arch/Linux-generic-gfortran.popt (new file from Debian)
-<code make Linux-generic-gfortran.popt>
-CC         = mpicc
-CPP        =
-FC         = mpif90
-LD         = gfortran
-AR         = ar -r
-DFLAGS   = -D__GFORTRAN -D__FFTSG -D__FFTW3 $(FFTW3_ALIGN) -D__LIBINT -D__LIBXC2 -D__parallel -D__BLACS -D__SCALAPACK
-CPPFLAGS = -C -traditional $(DFLAGS)
-FCFLAGS  = -g -Wall -O2 -ffast-math -funroll-loops -ftree-vectorize -ffree-form -ffree-line-length-none $(DFLAGS)
-LDFLAGS  = $(FCFLAGS) $(LIB_BLACS) $(LIB_SCALAPACK)
-LIBS     = -llapack -lblas -lfftw3 -lint -lderiv -lxc -lmpi -lmpif90 -lmpif77 $(LIB_BLACS) $(LIB_SCALAPACK)
-</code>
-  * arch/Linux-generic-gfortran.psmp (new file from Debian)
-<code make Linux-generic-gfortran.psmp>
-CC         = mpicc
-CPP        =
-FC         = mpif90
-LD         = gfortran
-AR         = ar -r
-DFLAGS   = -D__GFORTRAN -D__FFTSG -D__FFTW3 $(FFTW3_ALIGN) -D__LIBINT -D__LIBXC2 -D__parallel -D__BLACS -D__SCALAPACK
-CPPFLAGS = -C -traditional $(DFLAGS)
-FCFLAGS  = -g -Wall -O2 -fopenmp -ffast-math -funroll-loops -ftree-vectorize -ffree-form -ffree-line-length-none $(DFLAGS)
-LDFLAGS  = $(FCFLAGS) $(LIB_BLACS) $(LIB_SCALAPACK)
-LIBS     = -llapack -lblas -lfftw3 -lfftw3_threads -lint -lderiv -lxc -lmpi -lmpif90 -lmpif77 $(LIB_BLACS) $(LIB_SCALAPACK)
-</code>
-  * build
-à faire dans l'ordre (sopt, puis popt, puis psmp) de l'étape ''3a'' du fichier ''INSTALL''
-<code>
-> cd cp2k/makefiles
-make -j 8 ARCH=Linux-generic-gfortran VERSION=sopt
-make -j 8 ARCH=Linux-generic-gfortran VERSION=popt
-make -j 8 ARCH=Linux-generic-gfortran VERSION=psmp
-</code>
-Les binaires seront dans cp2k/exe/$ARCH/cp2k.$VERSION. Ils sont semi-statique (ie: tant qu'on change pas de plateforme, on peut les placer où on veut).
-====== Installations optimisées de CP2K ======
-===== Version la plus récénte compilée avec compilateurs Intel et MKL sur les systèmes Debian =====
-Il s'agit de la version du dépôt de développement CP2K (la plus complète au niveau des fonctionnalités).
-L'installation ci-dessous a été faite à l'automne 2014 (sur la dernière révision du CP2K et avec les dernières versions de la suite Intel et OpenMPI disponibles à ce moment là).
-==== Environnement de travail ====
-Il faut d'abord charger l'environnement correspondant (Debian + Intel + OpenMPI) sur l'un des serveurs de compilation Debian :
-<code bash>
-   $ source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh
-   $ source /usr/share/modules/init/tcsh
-   $ module use /applis/PSMN/Modules
-   $ module load Base/psmn
-   $ module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1
-</code>
-==== Download CP2K ====
-<code bash>
-   $ svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/trunk cp2k-devel-cic
-   A    cp2k-devel-cic/basis_sets
-   ...
-   A    cp2k-devel-cic/potentials/mm_potentials/mathematica/FitPot.nb
-   Révision 14631 extraite.
-</code>
-<note important>NEW (15 juin 2015) : La révision 15430 a été testée et fonctionne de la même façon.</note>
-==== Etape de "configuration" ====
-<code bash>
-   $ cd cp2k-devel-cic/cp2k/arch
-</code>
-Créer le fichier de configuration Linux-x86-64-intel-MKL.popt comme suit, afin de prendre correctement en compte les composantes BLAS, LAPACK et FFT de MKL (avec l'interface FFTw) :
-<code make>
-# Linux-x86-64-intel-MKL.popt
-#
-#
-CC       = cc
-CPP      =
-FC       = mpif90
-LD       = mpif90
-AR       = ar -r
-MKLROOT=/softs/intel/v13/mkl
-INTEL_LIB = $(MKLROOT)/lib/intel64
-LIBXC_DIR = /applis/PSMN/debian7/Libs/libXC/2.0.1/intel-14.0.1-avx
-CPPFLAGS =
-DFLAGS   = -D__MKL -D__FFTW3 -D__LIBXC2 -D__parallel \
-	   -D__SCALAPACK
-CFLAGS   = $(DFLAGS)
-FCFLAGS  = $(DFLAGS) -O2 -g -traceback -fpp -free \
-           -I$(MKLROOT)/include -I$(MKLROOT)/include/fftw
-FCFLAGS2  = $(DFLAGS) -O1 -g -traceback -fpp -free \
-           -I$(MKLROOT)/include -I$(MKLROOT)/include/fftw
-FCFLAGS3  = $(DFLAGS) -O0 -g -traceback -fpp -free \
-           -I$(MKLROOT)/include -I$(MKLROOT)/include/fftw
-LDFLAGS  = $(FCFLAGS) -static-intel
-LIBS     = $(INTEL_LIB)/libmkl_scalapack_lp64.a \
-          -L${INTEL_LIB} -lmkl_blas95_lp64 \
-          -L${INTEL_LIB} -lmkl_lapack95_lp64 \
-	 -Wl,--start-group  $(INTEL_LIB)/libmkl_intel_lp64.a \
-	 $(INTEL_LIB)/libmkl_sequential.a \
-	 $(INTEL_LIB)/libmkl_core.a \
-	 $(INTEL_LIB)/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a -Wl,--end-group \
-	 -lpthread -lm \
-	 -L$(LIBXC_DIR)/lib -lxc \
-OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_intel.o
-graphcon.o: graphcon.F
-	$(FC) -c $(FCFLAGS2) $<
-qs_vxc_atom.o: qs_vxc_atom.F
-	$(FC) -c $(FCFLAGS2) $<
-</code>
-==== Etape de "build" ====
-<code bash>
-   $ cd ../makefiles
-   $ make -j 4 ARCH=Linux-x86-64-intel-MKL VERSION=popt
-</code>
-Cette étape peut durer quelques dizaines de minutes (un café bien mérité est possible ...).
-Le binaire est ainsi généré : $HOME/cp2k-devel-cic/cp2k/exe/Linux-x86-64-intel-MKL/cp2k.popt
-==== Test de l'installation ====
-On peut lancer un test rapide fourni dans CP2K directement sur le serveur de compilation :
-<code bash>
-   $ cd ../tests/QS/
-   $ mpirun -np 2 $HOME/.../cp2k-devel-cic/cp2k/exe/Linux-x86-64-intel-MKL/cp2k.popt C.inp
-</code>
-(à completer "..." pour avoir le chemin exact où cette compilation a été faite)
-Regarder par exemple le temps total (la 1ère ligne "CP2K") dans le tableau TIMING (2.928 s pour la présente compilation)
-==== Test en conditions de production ====
-Plusieurs jobs ont été exécutés sur des configurations fournies par des utilisateurs PSMN en utilisant les queues de production E5-2670. Les résultats ont montré un gain du temps de calcul par un facteur entre 5 et 6 par rapport aux installations génériques.
-===== Site officiel =====
-   * https://www.cp2k.org/

documentation/tools/software/cp2k.1592384704.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)

Rechercher

Translations

Piste :

Vous êtes ici : accueil » documentation » tools » software » cp2k

Navigation

accueil
ateliers
contact
documentation
- clusters
- formations
- tools
  - langages
  - software
    - bioinfo
- tutorials
en
faq
mesocentre
news
newsfeed
science
tag
wiki
menu
navigation