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documentation:tools:software:lammps [2018/02/27 15:05] ltaulelldocumentation:tools:software:lammps [2025/03/12 15:04] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
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-====== LAMMPS ====== 
- 
-<note warning>update needed</note> 
- 
- 
-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ 
-|  11Nov13  |  openmpi-1.6.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps-11Nov13/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps  |  Debian 7  | 
-| | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.csh |||| 
-| | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.sh |||| 
-| | **modulefile** : Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 |||| 
-|  28Jun14  |  openmpi-1.6.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps  |  Debian 7  | 
-| | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.csh |||| 
-| | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.sh |||| 
-| | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 |||| 
-|  28Jun14  |  openmpi-1.8.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps  |  Debian 7  | 
-| | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| 
-|  15May15  |  openmpi-1.8.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/15May15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps  |  Debian 7  | 
-| | **modulefile** : Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| 
-|  7Dec15  |  openmpi-1.8.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps  |  Debian 7  | 
-| | **modulefile** : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| 
- 
- 
- 
- 
-<note important> Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]</note>  
- 
-  * Chemin d'installation (pour la doc, exemples, etc.) :  
- 
-<code> 
-/applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4 
-</code> 
- 
-  * Test de fonctionnement (version 28Jun14) 
- 
-<code> 
-   $ cp -r /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bench/ /home/nom_login/bench_lammps 
-   $ cd /home/nom_login/bench_lammps 
-   $ source /usr/share/modules/init/tcsh # éventuellement (si pas déjà fait) ; pour un autre shell (bash) utiliser le fichier correspondant 
-   $ module use /applis/PSMN/Modules     # éventuellement (si pas déjà fait) 
-   $ module load Base/psmn               # éventuellement (si pas déjà fait) 
-   $ module load Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 
-   $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out 
-</code> 
- 
-Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps). 
-Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile ''Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1'' pour configurer l'environnement d'éxecution. 
- 
-===== Doc admin-sys PSMN ===== 
- 
-==== LAMMPS_28Jun14 ==== 
- 
- 
-  * Construction avec Intel 14.0.1 et OpenMPI 1.6.4 
- 
-<code> 
-cd lammps-28Jun14 
-cp MAKE/Makefile.linux MAKE/Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 
-</code> 
- 
-<code Modifier Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7> 
-CC =            mpic++ 
-CCFLAGS =       -O2  
-LINK =          mpic++ 
-MPI_INC, MPI_PATH, MPI_LIB =  
-FFT_INC, FFT_PATH, FFT_LIB =  
-</code> 
- 
-<code Pour les paquets additionnels CLASS2, MOLECULE, RIGID,USER-CG-CMM, USER-OMP> 
-   $ make yes-class2 
-   $ make yes-molecule  
-   $ make yes-rigid 
-   $ make yes-user-cg-cmm 
-   $ make yes-user-omp  
-</code> 
- 
-<code> 
-make openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 
-</code> 
  
documentation/tools/software/lammps.1519743931.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)