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| documentation:tools:software:lammps [2019/03/26 09:37] – cicaluga | documentation:tools:software:lammps [2025/03/12 15:04] (Version actuelle) – supprimée ltaulell |
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| ====== LAMMPS ====== | |
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| <note warning>update needed</note> | |
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| ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ | |
| | 11Nov13 | openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps-11Nov13/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps | Debian 7 | | |
| | | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.csh |||| | |
| | | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.sh |||| | |
| | | **modulefile** : Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 |||| | |
| | 28Jun14 | openmpi-1.6.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps | Debian 7 | | |
| | | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.csh |||| | |
| | | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.sh |||| | |
| | | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 |||| | |
| | 28Jun14 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 | | |
| | | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| | |
| | 15May15 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/15May15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 | | |
| | | **modulefile** : Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| | |
| | 7Dec15 | openmpi-1.8.4-intel-14.0.1 | Infiniband | /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps | Debian 7 | | |
| | | **modulefile** : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 |||| | |
| | 11Aug17 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/11Aug17/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | | |
| | | **modulefile** : LAMMPS/11Aug17-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | |
| | 22Aug2018 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/22Aug2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | | |
| | | **modulefile** : LAMMPS/22Aug2018-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | |
| | 15Nov2018 | openmpi-3.0.0-intel/2017.4 | Infiniband | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/ | | |
| | | **modulefile** : LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0 |||| | |
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| <note important> Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]</note> | |
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| * Chemin d'installation (pour la doc, exemples, etc.) : | |
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| <code> | |
| /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4 | |
| </code> | |
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| * Test de fonctionnement (version 28Jun14) | |
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| <code> | |
| $ cp -r /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bench/ /home/nom_login/bench_lammps | |
| $ cd /home/nom_login/bench_lammps | |
| $ source /usr/share/modules/init/tcsh # éventuellement (si pas déjà fait) ; pour un autre shell (bash) utiliser le fichier correspondant | |
| $ module use /applis/PSMN/Modules # éventuellement (si pas déjà fait) | |
| $ module load Base/psmn # éventuellement (si pas déjà fait) | |
| $ module load Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 | |
| $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out | |
| </code> | |
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| Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps). | |
| Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile ''Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1'' pour configurer l'environnement d'éxecution. | |
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| ===== Doc admin-sys PSMN ===== | |
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| ==== LAMMPS_28Jun14 ==== | |
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| * Construction avec Intel 14.0.1 et OpenMPI 1.6.4 | |
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| <code> | |
| cd lammps-28Jun14 | |
| cp MAKE/Makefile.linux MAKE/Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 | |
| </code> | |
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| <code Modifier Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7> | |
| CC = mpic++ | |
| CCFLAGS = -O2 | |
| LINK = mpic++ | |
| MPI_INC, MPI_PATH, MPI_LIB = | |
| FFT_INC, FFT_PATH, FFT_LIB = | |
| </code> | |
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| <code Pour les paquets additionnels CLASS2, MOLECULE, RIGID,USER-CG-CMM, USER-OMP> | |
| $ make yes-class2 | |
| $ make yes-molecule | |
| $ make yes-rigid | |
| $ make yes-user-cg-cmm | |
| $ make yes-user-omp | |
| </code> | |
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| <code> | |
| make openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 | |
| </code> | |
