Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| documentation:tools:software:lammps [2020/07/13 18:48] – [LAMMPS] cicaluga | documentation:tools:software:lammps [2025/03/12 15:04] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== LAMMPS ====== | ||
| - | <note warning> | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ^ Version | ||
| - | | 11Nov13 | ||
| - | | | **modèle tsch** : / | ||
| - | | | **modèle bash** : / | ||
| - | | | **modulefile** : Lammps/ | ||
| - | | 28Jun14 | ||
| - | | | **modèle tsch** : / | ||
| - | | | **modèle bash** : / | ||
| - | | | **modulefile** : Lammps/ | ||
| - | | 28Jun14 | ||
| - | | | **modulefile** : Lammps/ | ||
| - | | 15May15 | ||
| - | | | **modulefile** : Lammps/ | ||
| - | | 7Dec15 | ||
| - | | | **modulefile** : Lammps/ | ||
| - | | 11Aug17 | ||
| - | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| - | | 22Aug2018 | ||
| - | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| - | | 15Nov2018 | ||
| - | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| - | | 19Sep2019 | ||
| - | | | **modulefile** : LAMMPS/ | ||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | |||
| - | <note important> | ||
| - | |||
| - | * Chemin d' | ||
| - | |||
| - | < | ||
| - | / | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | * Test de fonctionnement (version 28Jun14) | ||
| - | |||
| - | < | ||
| - | $ cp -r / | ||
| - | $ cd / | ||
| - | $ source / | ||
| - | $ module use / | ||
| - | $ module load Base/ | ||
| - | $ module load Lammps/ | ||
| - | $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps). | ||
| - | Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile '' | ||
| - | |||
| - | ===== Doc admin-sys PSMN ===== | ||
| - | |||
| - | ==== LAMMPS_28Jun14 ==== | ||
| - | |||
| - | |||
| - | * Construction avec Intel 14.0.1 et OpenMPI 1.6.4 | ||
| - | |||
| - | < | ||
| - | cd lammps-28Jun14 | ||
| - | cp MAKE/ | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | <code Modifier Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7> | ||
| - | CC = mpic++ | ||
| - | CCFLAGS = | ||
| - | LINK = mpic++ | ||
| - | MPI_INC, MPI_PATH, MPI_LIB = | ||
| - | FFT_INC, FFT_PATH, FFT_LIB = | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | <code Pour les paquets additionnels CLASS2, MOLECULE, RIGID, | ||
| - | $ make yes-class2 | ||
| - | $ make yes-molecule | ||
| - | $ make yes-rigid | ||
| - | $ make yes-user-cg-cmm | ||
| - | $ make yes-user-omp | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | < | ||
| - | make openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7 | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | ===== Exemples d' | ||
| - | |||
| - | L' exemple décri le mode d' | ||
| - | |||
| - | |||
| - | - créer un répertoire de test et travailler dedans : <code bash> | ||
| - | mkdir $HOME/ | ||
| - | cd $HOME/ | ||
| - | |||
| - | - copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test : <code bash> | ||
| - | cp / | ||
| - | |||
| - | - exécuter LAMMPS avec un script de soumission SGE et de soumettre ce script : <code bash> | ||
| - | |||
| - | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| - | #!/bin/bash | ||
| - | #$ -S /bin/bash | ||
| - | #$ -N Test_Lammps | ||
| - | #$ -q E5_test | ||
| - | #$ -pe test_debian 4 | ||
| - | #$ -cwd | ||
| - | #$ -V | ||
| - | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | ||
| - | |||
| - | cd ${SGE_O_WORKDIR} | ||
| - | |||
| - | ### configurer l' | ||
| - | module purge | ||
| - | module load LAMMPS/ | ||
| - | |||
| - | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| - | PREFIX="/ | ||
| - | MPIRUN=" | ||
| - | |||
| - | $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps < in.lj > lammps_in.log | ||
| - | |||
| - | # fin | ||
| - | |||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | <code bash> | ||
| - | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| - | Your job 2534457 (" | ||
| - | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| - | job-ID | ||
| - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ||
| - | 2534457 0.00000 Test_Lammp ccalugar | ||
| - | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| - | job-ID | ||
| - | ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- | ||
| - | 2534457 0.07384 Test_Lammp ccalugar | ||
| - | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| - | job-ID | ||
| - | |||
| - | ccalugar@e5-2670comp1: | ||
| - | total 11 | ||
| - | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 494 Mar 27 17:01 script_LAMMPS | ||
| - | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 470 Mar 27 17:08 in.lj | ||
| - | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.pe2534457 | ||
| - | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.o2534457 | ||
| - | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.e2534457 | ||
| - | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2602 Mar 27 17:08 log.lammps | ||
| - | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2046 Mar 27 17:08 lammps_in.log | ||
| - | -rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 51 Mar 27 17:08 Test_Lammps.po2534457 | ||
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| - | </ | ||