Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tools:software:namd [2016/01/28 13:29] – [Exemple d'utilisation au PSMN] cicaluga | documentation:tools:software:namd [2025/03/12 15:05] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== NAMD ====== | ||
| - | ====== NAMD 2.11 ====== | ||
| - | |||
| - | NAMD vient en 5 versions : | ||
| - | |||
| - | ^ Version | ||
| - | | 2.11 | N/A | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.11 | N/A | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.11 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.11 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.11 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | |||
| - | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
| - | ====== NAMD 2.9 ====== | ||
| - | |||
| - | NAMD vient en 5 versions : | ||
| - | |||
| - | ^ Version | ||
| - | | 2.9 | N/A | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.9 | N/A | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.9 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.9 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.9 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | |||
| - | |||
| - | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
| - | |||
| - | {{INLINETOC}} | ||
| - | |||
| - | ===== Site officiel ===== | ||
| - | |||
| - | * http:// | ||
| - | |||
| - | |||
| - | ===== Exemple d' | ||
| - | |||
| - | - créer un répertoire de test et travailler là-dedans : <code bash> | ||
| - | mkdir $HOME/ | ||
| - | cd $HOME/ | ||
| - | - télécharger et desarchiver le tutoriel NAMD : <code bash> | ||
| - | wget http:// | ||
| - | tar -zxvf namd-tutorial-files.tar.gz </ | ||
| - | - aller dans l'un des cas test (ici 1-2-sphere) : <code bash> | ||
| - | cd namd-tutorial-files/ | ||
| - | - charger le module correspondant à la version de NAMD désirée (dans la liste ci-dessus). Par exemple : <code bash> | ||
| - | | ||
| - | - exécuter NAMD en local (rappel : ce mode d' | ||
| - | namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log </ | ||
| - | - vous pouvez suivre l' | ||
| - | tail -f ubq_ws_eq_sequentiel.log </ | ||
| - | - à la fin de l' | ||
| - | tail -2 ubq_ws_eq_sequentiel.log | ||
| - | | ||
| - | [Partition 0][Node 0] End of program </ | ||
| - | - L' | ||
| - | namd2 ubq_ws_eq.conf +p4 > ubq_ws_eq_4cores.log </ | ||
| - | - Pour se rendre compte de l' | ||
| - | tail -2 ubq_ws_eq_4cores.log | ||
| - | | ||
| - | | ||
| - | - Pour utiliser la **version multithread avec des GPUs** (sur les serveurs qui disposent de telles cartes, pour ces test le serveur r730visu a été utilisé) : <code bash> | ||
| - | | ||
| - | namd2 +p4 +setcpuaffinity +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log</ | ||
| - | - En plus de la commande top (pour suivre la charge CPU), on peut suivre l' | ||
| - | | ||
| - | - A la fin de l' | ||
| - | tail -2 ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log | ||
| - | | ||
| - | | ||
| - | - Pour **utiliser NAMD en production** (soumission au système de queues SGE), il suffit d' | ||