Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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| documentation:tools:software:namd [2016/02/03 09:10] – [Exemples d'utilisation au PSMN] cicaluga | documentation:tools:software:namd [2025/03/12 15:05] (Version actuelle) – supprimée ltaulell | ||
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| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== NAMD ====== | ||
| - | ====== NAMD 2.11 ====== | ||
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| - | NAMD vient en 5 versions : | ||
| - | |||
| - | ^ Version | ||
| - | | 2.11 | N/A | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.11 | N/A | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.11 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.11 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.11 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | |||
| - | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
| - | |||
| - | Note : Les versions NAMD 2.11 sur GPUs nécessitent le driver CUDA 6.0. Certains noeuds ne disposent pas encore de cette version de driver. Pour vérifier la version de driver CUDA installée et bien choisir les queues à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation: | ||
| - | |||
| - | ====== NAMD 2.9 ====== | ||
| - | |||
| - | NAMD vient en 5 versions : | ||
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| - | ^ Version | ||
| - | | 2.9 | N/A | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.9 | N/A | N/A | / | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.9 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.9 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
| - | | 2.9 | N/A | Infiniband | ||
| - | | | **modulefile** : NAMD/ | ||
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| - | Pour utiliser les modules, consulter [[documentation: | ||
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| - | Note : Les versions NAMD 2.9 sur GPUs nécessitent le driver CUDA 4.0 ou version supérieure. Tous les noeuds possédant des GPUs au PSMN disposent d'une telle version de driver. Pour vérifier la version de driver CUDA installée et bien choisir les queues à utiliser, veuillez vous référer à la page décrivant [[documentation: | ||
| - | |||
| - | {{INLINETOC}} | ||
| - | |||
| - | ===== Site officiel ===== | ||
| - | |||
| - | * http:// | ||
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| - | ===== Exemples d' | ||
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| - | Ces exemples décrivent le mode d' | ||
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| - | Pour simplifier, on décrit ici le lancement du programme (namd2) directement sur le noeud. Rappelons que cela n'est autorisé au PSMN que pour des petits tests (" | ||
| - | |||
| - | Pour le mode " | ||
| - | |||
| - | - créer un répertoire de test et travailler là-dedans : <code bash> | ||
| - | mkdir $HOME/ | ||
| - | cd $HOME/ | ||
| - | - télécharger et desarchiver le tutoriel NAMD : <code bash> | ||
| - | wget http:// | ||
| - | tar -zxvf namd-tutorial-files.tar.gz </ | ||
| - | - aller dans l'un des cas test (ici 1-2-sphere) : <code bash> | ||
| - | cd namd-tutorial-files/ | ||
| - | - charger le module correspondant à la version de NAMD désirée (dans la liste ci-dessus). Par exemple : <code bash> | ||
| - | | ||
| - | - exécuter NAMD en local (rappel : ce mode d' | ||
| - | namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log </ | ||
| - | - vous pouvez suivre l' | ||
| - | tail -f ubq_ws_eq_sequentiel.log </ | ||
| - | - à la fin de l' | ||
| - | tail -2 ubq_ws_eq_sequentiel.log | ||
| - | | ||
| - | [Partition 0][Node 0] End of program </ | ||
| - | - L' | ||
| - | namd2 ubq_ws_eq.conf +p4 > ubq_ws_eq_4cores.log </ | ||
| - | - Pour se rendre compte de l' | ||
| - | tail -2 ubq_ws_eq_4cores.log | ||
| - | | ||
| - | | ||
| - | - Pour utiliser la **version multithread avec des GPUs** (sur les serveurs qui disposent de telles cartes, pour ces tests le serveur r730visu a été utilisé) : <code bash> | ||
| - | | ||
| - | namd2 +p4 +setcpuaffinity +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log</ | ||
| - | - En plus de la commande top (pour suivre la charge CPU), on peut suivre l' | ||
| - | | ||
| - | - A la fin de l' | ||
| - | tail -2 ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log | ||
| - | | ||
| - | | ||
| - | - Pour **utiliser NAMD en production** (soumission au système de queues SGE), il suffit d' | ||
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| - | Remarques : | ||
| - | |||
| - | * D' | ||
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| - | * Pour la version NAMD 2.9, le lancement de la version multhidread (avec ou sans CUDA) était légèrement différente. Par exemple, pour multithread+CUDA: | ||
| - | namd2 +idlepoll +p4 +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf </ | ||