Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- documentation:tools:software:tophat [2018/01/16 09:24] – [TopHat 2] cpetit
+++ documentation:tools:software:tophat [2025/05/07 13:00] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
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-====== TopHat 2 ======
-   * a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads.
-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  2.1.1  |  GCC 5.4.0  |  N/A  | ''${SITE}/Compiler/GCC/5.4.0/TopHat/2.1.1/bin''    |  generic  |
-| | **modulefile** : ''GCC/5.4.0/TopHat/2.1.1''  ||||
-La dépendance sur ''Bowtie'' (2.3.3 ) est incluse dans le modulefile.
-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
-|  2.1.1  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/TopHat/2.1.1/x86_64  |  generic  |
-| | **modulefile** : TopHat/2.1.1  ||||
-|  2.0.13  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/TopHat/2.0.13/x86_64  |  generic  |
-| | **modulefile** : TopHat/2.0.13  ||||
-<code bash>
-${SITE} = /applis/PSMN/debian9/software/
-</code>
-La dépendance sur ''Bowtie'' (2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles.
-Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]
-<note>TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur...)</note>
-===== Site officiel =====
-  * http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml

documentation/tools/software/tophat.1516094693.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)

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