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documentation:tools:software:tophat [2018/04/20 09:02] – [TopHat 2] cpetitdocumentation:tools:software:tophat [2025/05/07 13:00] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
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-====== TopHat 2 ====== 
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-   * a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. 
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-<note important>Please note that TopHat has entered a low maintenance, low support stage as it is now largely superseded by [[documentation:tools:software:hisat|HISAT2]] which provides the same core functionality (i.e. spliced alignment of RNA-Seq reads), in a more accurate and much more efficient way.</note> 
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-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ 
-|  2.1.1  |  N/A  |  N/A  |  /usr/bin    |  Debian 9  | 
-| | **modulefile** : aucun  |||| 
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-<hidden> 
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-^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^ 
-|  2.1.1  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/TopHat/2.1.1/x86_64  |  generic  | 
-| | **modulefile** : TopHat/2.1.1  |||| 
-|  2.0.13  |  N/A  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/TopHat/2.0.13/x86_64  |  generic  | 
-| | **modulefile** : TopHat/2.0.13  |||| 
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-La dépendance sur ''Bowtie'' (2.2.4 ou 2.2.9 ) est incluse dans les modulefiles. 
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-Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]] 
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-<note>TopHat 2.1.1 ne compile qu'avec GCC 5.4.0 (on ne peut pas utiliser une version plus récente du compilateur...)</note> 
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-</hidden> 
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-===== Site officiel ===== 
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-  * http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml 
  
documentation/tools/software/tophat.1524214922.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)