faq:chimie:amber

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faq:chimie:amber [2020/04/10 08:19] – [Submission script] tjiangfaq:chimie:amber [2022/03/03 16:27] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
Ligne 22: Ligne 22:
 # #
  
-export MODULEPATH=/home/tjiang/modules/lmod/:${MODULEPATH} +export MODULEPATH="/home/tjiang/modules/lmod/:${MODULEPATH}" 
-module use ${MODULEPATH}+module use "${MODULEPATH}"
  
 #module file for gpu version of amber #module file for gpu version of amber
Ligne 31: Ligne 31:
 #module load amber/17_intel15.0.2_openmpi1.6.4 #module load amber/17_intel15.0.2_openmpi1.6.4
  
-ambermod=$(basename $AMBERHOME) +ambermod=$(basename "${AMBERHOME}") 
-echo $ambermod +echo "${ambermod}" 
-if [ $ambermod = "gcc5.4.0_cuda8.0ga2_openmpi1.6.4" ]; then+if [ "${ambermod}" = "gcc5.4.0_cuda8.0ga2_openmpi1.6.4" ]; then
     amberexe="pmemd.cuda"     amberexe="pmemd.cuda"
 else else
     amberexe="pmemd"     amberexe="pmemd"
 fi fi
-echo $amberexe+echo "${amberexe}"
  
 ulimit -v unlimited ulimit -v unlimited
Ligne 44: Ligne 44:
  
 ######################" ######################"
-HOMEDIR=$SGE_O_WORKDIR +HOMEDIR="${SGE_O_WORKDIR}" 
-HOSTFILE=$TMPDIR/machines+HOSTFILE="${TMPDIR}/machines"
  
-cd $SGE_O_WORKDIR+cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; }
  
-echo NSLOTS=$NSLOTS+echo NSLOTS="${NSLOTS}"
  
 if [[ -d "/scratch/Chimie" ]] if [[ -d "/scratch/Chimie" ]]
 then then
-    SCRATCHDIR=/scratch/Chimie/$USER/$JOB_ID/+    SCRATCHDIR="/scratch/Chimie/${USER}/${JOB_ID}/"
 elif [[ -d "/scratch/Lake" ]] elif [[ -d "/scratch/Lake" ]]
 then then
-    SCRATCHDIR=/scratch/Lake/$USER/$JOB_ID/+    SCRATCHDIR="/scratch/Lake/${USER}/${JOB_ID}/"
 elif [[ -d "/scratch/E5N" ]] elif [[ -d "/scratch/E5N" ]]
 then then
-    SCRATCHDIR=/scratch/E5N/$USER/$JOB_ID/ +    SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"
-elif [[ -d "/scratch/E5" ]] +
-then +
-    SCRATCHDIR=/scratch/E5/$USER/$JOB_ID/+
 else else
     echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}"     echo "/scratch not found, cannot create ${SCRATCHDIR}"
 +    exit 1
 fi fi
-# Using ramdisk as scratch instead +# Using /tmp as scratch instead 
-# SCRATCHDIR=/dev/shm/$USER/$JOB_ID/+# SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID}/"
  
-echo $SCRATCHDIR +echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}" 
-/bin/mkdir -p $SCRATCHDIR+/bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
 ################### ###################
-Mac=`hostname | awk '{print substr($1,1,2)}' `+Mac=$(hostname | awk '{print substr($1,1,2)}')
  
-NbMac=`wc $PE_HOSTFILE | awk '{print $1}' `+NbMac=$(wc "${PE_HOSTFILE}" | awk '{print $1}')
 rm ./machines rm ./machines
-for i in `seq 1 $NbMac`+for i in $(seq 1 "$NbMac")
     do     do
-        Mac=` head -n $i $PE_HOSTFILE | tail -1 | awk '{print $1}' ` +        Mac=$(head -n "$i" "${PE_HOSTFILE}" | tail -1 | awk '{print $1}') 
-        Nb=` head -n $i $PE_HOSTFILE | tail -1 | awk '{print $2}' ` +        Nb=$(head -n "$i" "${PE_HOSTFILE}" | tail -1 | awk '{print $2}') 
-        for j in `seq 1 $Nb`+        for j in $(seq 1 "$Nb")  # SC2034: j appears unused. Verify use (or export if used externally).
              do              do
-                 echo $Mac >> ./machines+                 echo "$Mac" >> ./machines
                   done                   done
                   done                   done
  
-                  cp $PE_HOSTFILE ./PE_HOSTFILE+                  cp "${PE_HOSTFILE}" ./PE_HOSTFILE
  
-                  cd $SCRATCHDIR+                  cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; }
  
                   echo "start at"                   echo "start at"
Ligne 95: Ligne 93:
                   echo -n "Starting Script at: "                   echo -n "Starting Script at: "
                   date                   date
-                  $amberexe -O -i $HOMEDIR/min.in \ +                  "$amberexe" -O -i "$HOMEDIR/min.in" \ 
-                                -o $HOMEDIR/min.out \ +                                -o "$HOMEDIR/min.out" \ 
-                                -p $HOMEDIR/dna_TT.prmtop \ +                                -p "$HOMEDIR/dna_TT.prmtop" \ 
-                                -c $HOMEDIR/dna3_TT.inpcrd \ +                                -c "$HOMEDIR/dna3_TT.inpcrd" \ 
-                                -r $HOMEDIR/dna_TT_min.rst \ +                                -r "$HOMEDIR/dna_TT_min.rst" \ 
-                                -x $HOMEDIR/dna_TT_min.mdcrd+                                -x "$HOMEDIR/dna_TT_min.mdcrd"
  
                   echo "done at"                   echo "done at"
                   date                   date
-                  cp -rf * $HOMEDIR+                  cp -rf -- outputfiles_only "${HOMEDIR}" 
 +                  rm -rf "${SCRATCHDIR}" 
 + 
 </code> </code>
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