faq:chimie:lammps

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faq:chimie:lammps [2020/07/15 09:21] – [Submission script] tjiangfaq:chimie:lammps [2022/03/03 16:29] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang
Ligne 46: Ligne 46:
 # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID/}" # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID/}"
  
-echo "${SCRATCHDIR}"+echo "Creating scratch for this job: ${SCRATCHDIR}"
 /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}" /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}"
  
 # modifier les noms des fichiers # modifier les noms des fichiers
 cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; } cd "${SGE_O_WORKDIR}" || { echo "cannot cd to ${SGE_O_WORKDIR}"; exit 1; }
-cp -f in*.lmp data*.lmp "${SCRATCHDIR}/" +cp -f in*.lmp data*.lmp "${SCRATCHDIR}" 
-#cp -f in*.lmp data*.lmp pair*.lmp "${SCRATCHDIR}/"+#cp -f in*.lmp data*.lmp pair*.lmp "${SCRATCHDIR}"
  
  
Ligne 58: Ligne 58:
 cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; } cd "${SCRATCHDIR}" || { echo "cannot cd to ${SCRATCHDIR}"; exit 1; }
 mpirun -v -hostfile "${HOSTFILE}" -np "${NSLOTS}" lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp mpirun -v -hostfile "${HOSTFILE}" -np "${NSLOTS}" lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp
-cp -rpf -- * "${SGE_O_WORKDIR}/"+cp -rpf -- outputfiles_only "${SGE_O_WORKDIR}"
 rm -f "${SCRATCHDIR}" rm -f "${SCRATCHDIR}"
  
 </code> </code>
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