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Environnement Debian 7 de base au PSMN, charger le modulefile Base/psmn
Pour installer des modules supplémentaires, vous pouvez utiliser le CPAN (Comprehensive Perl Archive Network).
cpan
La commande originelle qu'on retrouve dans les manuels : perl -MCPAN -e shell
Si le cpan demande à faire une installation automatique, il faut répondre no
, puis choisir [INSTALLDIRS=local::lib]
et [–install_base=~/perl5]
.
Ensuite, les réponses par défaut conviennent à la majorité des utilisateurs.
Modifs du ~/.bashrc
, en lieu et place de celle du script CPAN :
export PERL5LIB="/etc/perl:/usr/lib/perl5:/usr/share/perl5:/usr/lib/perl/5.14:/usr/share/perl/5.14" export PERL5LIB="${HOME}/perl5/lib/perl5:${PERL5LIB}" export PERLLIB="" export PERL_LOCAL_LIB_ROOT="${HOME}/perl5:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}" export PERL_MB_OPT="--install_base \"${HOME}/perl5\"" export PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=${HOME}/perl5" export PERL5OPT="-I${HOME}/perl5/lib/perl5 -I${HOME}/perl5/lib/perl5/site_perl"
recharger l'environnement (logout/login
ou source ~/.bashrc
), puis revenir dans le cpan, et le mettre à jour :
cpan > install CPAN > reload cpan
Vous pouvez maintenant installer tous les modules (BioPerl) dont vous avez besoin dans la limite de l'espace disponible de votre $HOME.
Exemple :
cpan > install BioPerl > install Parallel::ForkManager > install YAML
Modifications pour ~/.cshrc
(remplacez $HOME
par /home/votrelogin
, si nécessaire)
setenv PERL5LIB "/etc/perl:/usr/lib/perl5:/usr/share/perl5:/usr/lib/perl/5.14:/usr/share/perl/5.14" setenv PERL5LIB "$HOME/perl5/lib/perl5:${PERL5LIB}" unsetenv PERLLIB setenv PERL_LOCAL_LIB_ROOT "$HOME/perl5" setenv PERL_MB_OPT "--install_base $HOME/perl5" setenv PERL_MM_OPT "INSTALL_BASE=$HOME/perl5" setenv PERL5OPT "-I$HOME/perl5/lib/perl5 -I$HOME/perl5/lib/perl5/site_perl"