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* ABINIT is a software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, and other observable properties of materials. Starting from the quantum equations of density functional theory, you can build up to advanced applications with perturbation theories based on DFT, and many-body Green's functions (GW and DMFT) .
Version | Compilateur | chemin d'accès | OS | module à charger |
---|
8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6/bin | Debian 9 | ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6 |
8.6.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6/bin | Debian 9 | ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 |
8.10.3 | openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4/bin | Debian 9 | ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 |
Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules
qsub parexemple.sh
#!/bin/bash #$ -S /bin/bash # #$ -N Test_13_5000K_snps3000 # Job name#### For testing #$ -q E5_test #$ -pe test_debian 32 # ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be HOSTFILE=${TMPDIR}/machines cd ${SGE_O_WORKDIR} # ### configurer l'environnement module purge module load ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0" MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun" # $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < a13_5000K_snps3000.files > a13_5000K_snps3000.log # fin
Plusieurs tutoriels sont proposés par ABINIT dans le répertoire share/abinit-test de chaque installation. On peut suivre tous ces tutoriels, ci-dessous sont présentées les étapes pour suivre le tutoriel “tutoparal” de la version 8.10.3 :
$ mkdir -p ~/Tests/tests_ABINIT $ cp -a /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4/share/abinit-test/tutoparal ~/Tests/tests_ABINIT/tutoparal_ABINIT-8.10.3 $ cp /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4/share/abinit-test/Psps_for_tests ~/Tests/tests_ABINIT/
$ cd ~/Tests/tests_ABINIT/tutoparal_ABINIT-8.10.3/Input $ module load ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4
$ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log
$ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK $ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ $ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log
A la fin de l'exécution, les fichiers de sortie peuvent être comparés à ceux de référence fournis dans le répertoire Refs.
Les étapes précédentes étant exécutées en mode Interactif, mais pour plus de rapidité et pour poursuivre les calculs en mode production, ces étapes sont à exécuter en mode Batch (soumission aux queues SGE), en soumettant un script de soumission classique ABINIT, comme suit :
$ qsub script_abinit où script_abinit contient : $ cat script_abinit #!/bin/bash # #$ -N Test # Job name # #### For testing ####$ -q E5_test #$ -q h48-E5-2670deb128 ####$ -pe test_debian 32 #$ -pe mpi16_debian 16 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE #$ -cwd ### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution #$ -V ### mails en debut et fin d'execution #$ -m be HOSTFILE=${TMPDIR}/machines cd ${SGE_O_WORKDIR}/Input ### configurer l'environnement module purge module load ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 # ### au besoin, forcer l'env OpenMPI PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0" MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun" ## ## NSLOTS=4 ###### First test ##Preparatory step 1 $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ ## Test case, step 2 (DFPT calculation) $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log ## ## ###### Second test ##Preparatory step 1 $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_03.files > tdfpt_03.log cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFK cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFQ ## Test case, step 2 (DFPT calculation) $MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_04.files > tdfpt_04.log # # fin