documentation:tutorials:visualisation

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Serveur de visualisation

La machine r740visu est dédiée à la visualisation intensive (OpenGL/Mesa/CUDA) au PSMN.

Elle est équipé de deux processeurs Intel Xeon Gold 5122 à 3.60GHz (16 coeurs logiques) et de 192 GiB de RAM. Elle est accessible en x2go, et dispose d'un accélérateur matériel NVidia Quadro P4000©.

Enfin, et surtout, elle a accès au /scratch/e5-2670-gfs-scratch (système de scratch commun aux files d'attentes E5-*).

r740visu n'est pas une machine de soumission.

Cette machine a été mise en place grâce aux travaux préparatoires, recettes et intégrations réalisés sur la plate-forme expérimentale du CBP.

1. Prérequis

  1. Se connecter aux clusters
  2. Utiliser des clefs SSH et un agent-ssh (ou PuTTY/KiTTY pour Windows)
  3. Faire des rebonds avec SSH
  4. Installer x2go (x2goclient) sur le poste utilisateur (Linux, Mac ou Windows ⇒ http://wiki.x2go.org/doku.php )

2. Configuration de x2goclient

  • Nouvelle session

  1. Session → New,
  2. Vous pourrez revenir aux paramêtres en cliquant sur la petite tête de flèche,
  3. La session est enregistrée dans ce rectangle blanc.
  • Paramètres : Onglet Session

  1. Nommez la session,
  2. Host = r740visu,
  3. Try auto login → Checked,
  4. Use proxy server → Checked,
  5. SSH → Checked,
  6. Host = allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr,
  7. Same login → Checked,
  8. Same password → Checked,
  9. ssh-agent → Checked,
  10. Session type = :!: XFCE :!:.

Dans le cas d'une connexion par tunnel (Windows/PuTTY), reportez-vous au paragraphe 4

:!: ATTENTION : le Session type DOIT être XFCE :!:
  • Paramètres : Onglet Connection

  1. choisissez une vitesse entre ADSL et WAN.
  • Paramètres : Onglet Input/Output

  1. Personnalisez la taille d'écran, ou laissez en Full/whole, your choice,
  2. Au besoin, forcez les réglages du clavier (Mac et Windows).
  • Paramètres : Onglet Média

  1. Sound support → Unchecked,
  2. printing support → Unchecked.
  • Paramètres : Onglet Dossiers

(rien à faire)

3. Connexion directe

Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'intérieur de l'École (voir infographie).

Légende :

  • noir : lien physique
  • bleu : connexion ssh standard
  • rouge : connexion ssh virtuelle (rebonds)
  • vert : liaison NFS (/home)

Cliquez simplement sur la session de votre choix (flèche 3) pour lancer le processus de connexion.

Résultat attendu :

XFCE Desktop

4. Connexion Windows/PuTTY/Extérieur

Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'extérieur de l'École (voir infographie).

Légende :

  • noir : lien physique
  • bleu : connexion ssh standard
  • rouge : connexion ssh virtuelle (rebonds)
  • vert : liaison NFS (/home)

Créer un tunnel SSH

Les étapes qui suivent supposent que vous ayez déja configuré vos rebonds SSH vers allo-psmn (cf cette documentation)

La première étape consiste à créer un tunnel SSH vers la machine de visualisation :

  • Copiez la session de la passerelle (allo-psmn, Load, renommez, save).

Changez le Host Name pour celui de la machine de visualisation (ici, pour l'exemple, r740visu). Donc, renommez la session en r740visu (pour suivre l'exemple) et sauvegardez.

Veillez à bien saisir le nom complet dans Host Name (ici r740visu.psmn.ens-lyon.fr)

.

  • Dans Connection→Proxy, sélectionnez Local.
  • Dans Connection→Proxy, réglez Telnet command ainsi : 
    plink.exe -load allo-psmn -nc %host:%port

  • Dans Connection→SSH→Tunnels, réglez Source port sur le port 2222 et Destination sur 
    r740visu.psmn.ens-lyon.fr:22

  • Revenez dans Session, sauvegardez, puis cliquez sur Open. Votre tunnel est à présent ouvert.

Connexion X2Go

La session SSH de Putty vers r740visu doit rester ouverte, il ne faut pas fermer la fenêtre de connexion

Le paramétrage de la session X2Go est le suivant :

  • Dans Hôte saisissez localhost
  • Dans Identifiant saisissez votre login
  • Réglez Port SSH sur 2222
  • Cochez la case Essayer l'authentification automatique
  • Réglez Type de session sur XFCE

Validez avec OK, puis double-cliquez sur l'icône de la session dans la partie droite du client X2Go. Vous êtes maintenant connecté à l'interface graphique de la machine.

5. Utilisation

Chaque application installée dans l'environnement PSMN peut être utilisée telle quelle.

Pavé numérique

Si votre pavé numérique n'est pas reconnu, dans un terminal, executez le programme numlockx.

modulefiles

Pour chaque application nécessitant le chargement d'un modulefile, il faut, depuis un terminal, loader le modulefile puis exécuter l'application.

VirtualGL

Pour chaque application nécessitant une accélération matérielle (OpenGL/GLX/GLSL/…), après le chargement du modulefile correspondant, il faut préfixer l'appel à l'application par l'appel à VirtualGL : vglrun MyApp

6. Exemples

  • VMD

Dans un terminal : 

source ~/.profile
module load VMD/1.9.2
vglrun vmd

VMD

  • molden/gmolden

Dans un terminal : 

source ~/.profile
module load Molden/5.4
vglrun gmolden

gmolden

  • ParaView

Dans un terminal : 

source ~/.profile
module load ParaView/4.4.0
vglrun paraview

ParaView "pressure-volume"

ParaView "velocity-surfaceLIC

  • Avogadro

Dans un terminal : 

source ~/.profile
vglrun avogadro

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