Serveur de visualisation

La machine r740visu est dédiée à la visualisation intensive (OpenGL/Mesa/CUDA) au PSMN.

Elle est équipé de deux processeurs Intel Xeon Gold 5122 à 3.60GHz (16 coeurs logiques) et de 192 GiB de RAM. Elle est accessible en x2go, et dispose d'un accélérateur matériel NVidia Quadro P4000©.

Enfin, et surtout, elle donne accès au /scratch/E5N (système de scratch commun aux files d'attentes E5-*).

1. Se connecter aux clusters
2. Utiliser des clefs SSH et un agent-ssh (ou PuTTY/KiTTY pour Windows)
3. Faire des rebonds avec SSH
4. Installer x2go (x2goclient) sur le poste utilisateur (Linux, Mac ou Windows ⇒ http://wiki.x2go.org/doku.php )

• Nouvelle session

• Paramètres : Onglet Session

ATTENTION : le Session type DOIT être XFCE

• Paramètres : Onglet Connection

• Paramètres : Onglet Input/Output

• Paramètres : Onglet Média

• Paramètres : Onglet Dossiers

Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'intérieur de l'École (voir infographie).

Résultat attendu :

Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'extérieur de l'École, depuis un client Linux ou Mac OSX. Il faut que les rebonds SSH soient actifs, assurez-vous d'avoir lu (comprise et testée) la documentation correspondante.

• Modification minimale à faire dans votre ~/.ssh/config (sur poste chercheur) :

Host allo-psmn-multihop
  User $USER
  ProxyCommand ssh -qt $USER@ssh.psmn.ens-lyon.fr tcpconnect allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr %p

Remplacez $USER par votre login au PSMN

• Modification x2go :

Dans l'onglet Session, bloc Proxy server, case Host, remplacez allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr par la nouvelle configuration : allo-psmn-multihop. Vous devez obtenir la même chose qu'au §3 à l'ouverture de session x2go.

Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'extérieur de l'École depuis Windows (voir infographie).

La première étape consiste à créer un tunnel SSH vers la machine de visualisation :

• Copiez la session de la passerelle (allo-psmn, Load, renommez, save).

Changez le Host Name pour celui de la machine de visualisation (ici, pour l'exemple, r740visu). Donc, renommez la session en r740visu (pour suivre l'exemple) et sauvegardez.

.

• Dans Connection→Proxy, sélectionnez Local.
• Dans Connection→Proxy, réglez Telnet command ainsi :

  plink.exe -load allo-psmn -nc %host:%port

• Dans Connection→SSH→Tunnels, réglez Source port sur le port 2222 et Destination sur

  r740visu.psmn.ens-lyon.fr:22

• Revenez dans Session, sauvegardez, puis cliquez sur Open. Votre tunnel est à présent ouvert.

Validez avec OK, puis double-cliquez sur l'icône de la session dans la partie droite du client X2Go. Vous êtes maintenant connecté à l'interface graphique de la machine.

Chaque application installée dans l'environnement PSMN peut être utilisée telle quelle.

Si votre pavé numérique n'est pas reconnu, dans un terminal, executez le programme numlockx.

Pour chaque application nécessitant le chargement d'un modulefile, il faut, depuis un terminal, loader le modulefile puis exécuter l'application.

Les sessions x2go ignorent parfois le chargement de ~/.profile. Vous pouvez forcer à la main : source ~/.profile, ou ajouter cette ligne dans votre ~/.bashrc :

source /usr/share/lmod/lmod/init/bash

Les utilisateurs de MacOSX doivent avoir le X11 Mac server (XQuartz) installé et fonctionnel (et démarré) avant de démarrer x2go-client, voir x2goclient documentation

Pour chaque application nécessitant une accélération matérielle (OpenGL/GLX/GLSL/…), après le chargement du modulefile correspondant, il faut préfixer l'appel à l'application par l'appel à VirtualGL : vglrun MyApp

• VMD

Dans un terminal :

source ~/.profile
module load VMD/1.9.2
vglrun vmd

• molden/gmolden

Dans un terminal :

source ~/.profile
module load Molden/5.4
vglrun gmolden

• ParaView

Dans un terminal :

source ~/.profile
module load ParaView/4.4.0
vglrun paraview

• Avogadro

Dans un terminal :

source ~/.profile
vglrun avogadro