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documentation:tools:compilo:openmpi

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documentation:tools:compilo:openmpi [2018/02/07 09:54] – créée ltaulelldocumentation:tools:compilo:openmpi [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1
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-====== Titre ======+====== OpenMPI (parallélisation) ====== 
 + 
 + 
 +Le PSMN propose de nombreuses versions d'OpenMPI, buildées avec les compilateurs disponibles. Toutes les versions ne sont pas optimisées pour un type de processeur en particulier. Les options de configuration sont indiquées quand elles sont disponibles. 
 + 
 +<note warning>UNDER CONSTRUCTION</note> 
 + 
 + 
 +===== Hostfile ===== 
 + 
 + 
 +Il y a deux façons d'écrire le hostfile : 
 + 
 +  * OpenMPI version 1.x 
 + 
 +Un hostname par core, par ligne (exemple pour 8 cores, sur deux nodes) 
 +<code> 
 +c8220node30 
 +c8220node30 
 +c8220node30 
 +c8220node30 
 +c8220node31 
 +c8220node31 
 +c8220node31 
 +c8220node31 
 +</code> 
 + 
 + 
 +  * OpenMPI version 2.x et sup. 
 + 
 +Le ''hostfile'' version 1 est toujours valable, mais une nouvelle syntaxe fait son apparition : Un hostname par ligne + son nombre de cores (exemple pour 8 cores, sur deux nodes) 
 + 
 +<code> 
 +c8220node30 slots=4 
 +c8220node31 slots=4 
 +</code> 
 + 
 +GridEngine, lorsque le ParallelEnvironment est défini (-pe PE_ENV $SLOTS), génère un fichier ''${TMPDIR}/machines'' selon la syntaxe version 1.
  
 ===== OpenMPI + GCC ===== ===== OpenMPI + GCC =====
 +
 +==== OpenMPI 1.10.4 ====
 +
 +avec GCC 4.9.4
  
 ==== OpenMPI 2.0.2 ==== ==== OpenMPI 2.0.2 ====
  
-Tableau récapitulatif :+Récapitulatif :
 ^ Compilateur ^ version ^ commande(s) ^ chemin d'accès ^ OS ^ ^ Compilateur ^ version ^ commande(s) ^ chemin d'accès ^ OS ^
-| gcc |  6.3.0  | mpicc, mpic++,mpicxx, mpif77, mpif90, mpifort | /usr/bin | Debian 9 |+|  gcc  |  6.3.0  | mpicc, mpic++, mpicxx, mpif77, mpif90, mpifort |  /usr/bin  |  Debian 9  |
 | **modulefile** : **aucun**  ||||| | **modulefile** : **aucun**  |||||
  
 <code> <code>
 mpicc -showme mpicc -showme
- 
 mpifort -showme mpifort -showme
 </code> </code>
 +
 +==== OpenMPI 2.1.1 ====
 +
 +==== OpenMPI 3.0.0 ====
 +
 +gcc 6.4
 +
 +gcc 7.2
 +
 +<wrap center round important 60%>
 +L'option Shared Memory (''sm'') a changé avec OpenMPI 3. Utilisez ''vader'' à la place : ''-mca btl vader,openib,self''
 +</wrap>
 +
 +===== OpenMPI + Intel =====
 +
 +
 +
 +===== OpenMPI + PGI =====
 +
 +
 +===== Références =====
 +
 +
 +[[http://www.idris.fr/formations/mpi.html|MPI]]
 +
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