Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentesRévision précédente
Prochaine révision
Révision précédente
Dernière révisionLes deux révisions suivantes
documentation:tools:compilo:openmpi [2018/02/07 10:29] – [OpenMPI (parallélisation)] ltaulelldocumentation:tools:compilo:openmpi [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1
Ligne 7: Ligne 7:
  
  
 +===== Hostfile =====
  
  
 +Il y a deux façons d'écrire le hostfile :
 +
 +  * OpenMPI version 1.x
 +
 +Un hostname par core, par ligne (exemple pour 8 cores, sur deux nodes)
 +<code>
 +c8220node30
 +c8220node30
 +c8220node30
 +c8220node30
 +c8220node31
 +c8220node31
 +c8220node31
 +c8220node31
 +</code>
 +
 +
 +  * OpenMPI version 2.x et sup.
 +
 +Le ''hostfile'' version 1 est toujours valable, mais une nouvelle syntaxe fait son apparition : Un hostname par ligne + son nombre de cores (exemple pour 8 cores, sur deux nodes)
 +
 +<code>
 +c8220node30 slots=4
 +c8220node31 slots=4
 +</code>
 +
 +GridEngine, lorsque le ParallelEnvironment est défini (-pe PE_ENV $SLOTS), génère un fichier ''${TMPDIR}/machines'' selon la syntaxe version 1.
  
 ===== OpenMPI + GCC ===== ===== OpenMPI + GCC =====
Ligne 18: Ligne 46:
 ==== OpenMPI 2.0.2 ==== ==== OpenMPI 2.0.2 ====
  
-Tableau récapitulatif :+Récapitulatif :
 ^ Compilateur ^ version ^ commande(s) ^ chemin d'accès ^ OS ^ ^ Compilateur ^ version ^ commande(s) ^ chemin d'accès ^ OS ^
-| gcc |  6.3.0  | mpicc, mpic++, mpicxx, mpif77, mpif90, mpifort | /usr/bin | Debian 9 |+ gcc  |  6.3.0  | mpicc, mpic++, mpicxx, mpif77, mpif90, mpifort |  /usr/bin   Debian 9  |
 | **modulefile** : **aucun**  ||||| | **modulefile** : **aucun**  |||||
  
 <code> <code>
 mpicc -showme mpicc -showme
- 
 mpifort -showme mpifort -showme
 </code> </code>
Ligne 36: Ligne 63:
  
 gcc 7.2 gcc 7.2
 +
 +<wrap center round important 60%>
 +L'option Shared Memory (''sm'') a changé avec OpenMPI 3. Utilisez ''vader'' à la place : ''-mca btl vader,openib,self''
 +</wrap>
  
 ===== OpenMPI + Intel ===== ===== OpenMPI + Intel =====
Ligne 42: Ligne 73:
  
 ===== OpenMPI + PGI ===== ===== OpenMPI + PGI =====
 +
 +
 +===== Références =====
 +
 +
 +[[http://www.idris.fr/formations/mpi.html|MPI]]
 +