Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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documentation:tools:cp2kmkl [2015/04/29 12:05] – cicaluga | documentation:tools:cp2kmkl [2020/08/25 15:58] – créée - modification externe 127.0.0.1 | ||
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{{INLINETOC}} | {{INLINETOC}} | ||
- | ===== Version la plus récénte | + | ===== Version la plus récente |
- | Il s'agit de la version du dépôt de développement CP2K (la plus complète au niveau des fonctionnalités). L' | + | Il s'agit de la version du dépôt de développement CP2K (la plus complète au niveau des fonctionnalités). |
+ | |||
+ | L' | ||
==== Environnement de travail ==== | ==== Environnement de travail ==== | ||
Ligne 11: | Ligne 13: | ||
<code bash> | <code bash> | ||
- | $ source / | ||
$ source / | $ source / | ||
$ module use / | $ module use / | ||
Ligne 27: | Ligne 28: | ||
| | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | ==== Etape de " | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ cd cp2k-devel-cic/ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Modifier le fichier de configuration Linux-x86-64-intel-MKL.popt comme suit, afin de prendre correctement en compte les composantes BLAS, LAPACK et FFT de MKL (avec l' | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ cat Linux-x86-64-intel-MKL.popt | ||
+ | # | ||
+ | # | ||
+ | CC = cc | ||
+ | CPP = | ||
+ | FC = mpif90 | ||
+ | LD = mpif90 | ||
+ | AR = ar -r | ||
+ | |||
+ | MKLROOT=/ | ||
+ | INTEL_LIB = $(MKLROOT)/ | ||
+ | LIBXC_DIR = / | ||
+ | |||
+ | CPPFLAGS = | ||
+ | DFLAGS | ||
+ | | ||
+ | CFLAGS | ||
+ | |||
+ | FCFLAGS | ||
+ | | ||
+ | FCFLAGS2 | ||
+ | | ||
+ | FCFLAGS3 | ||
+ | | ||
+ | |||
+ | LDFLAGS | ||
+ | |||
+ | LIBS = $(INTEL_LIB)/ | ||
+ | -L${INTEL_LIB} -lmkl_blas95_lp64 \ | ||
+ | -L${INTEL_LIB} -lmkl_lapack95_lp64 \ | ||
+ | -Wl, | ||
+ | $(INTEL_LIB)/ | ||
+ | $(INTEL_LIB)/ | ||
+ | $(INTEL_LIB)/ | ||
+ | -lpthread -lm \ | ||
+ | -L$(LIBXC_DIR)/ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_intel.o | ||
+ | |||
+ | graphcon.o: graphcon.F | ||
+ | $(FC) -c $(FCFLAGS2) $< | ||
+ | |||
+ | qs_vxc_atom.o: | ||
+ | $(FC) -c $(FCFLAGS2) $< | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | ==== Etape de " | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ cd ../ | ||
+ | $ make -j 4 ARCH=Linux-x86-64-intel-MKL VERSION=popt | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Cette étape peut durer quelques dizaines de minutes (un café bien mérité est possible ...). | ||
+ | |||
+ | Le binaire est ainsi généré : $HOME/ | ||
+ | |||
+ | ==== Test de l' | ||
+ | |||
+ | On peut lancer un test rapide fourni dans CP2K directement sur le serveur de compilation : | ||
+ | |||
+ | <code bash> | ||
+ | $ cd ../ | ||
+ | $ mpirun -np 2 $HOME/ | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Regarder par exemple le temps total (2.9 s pour le cas présent) | ||
+ | |||
+ | ==== Test en conditions de production ==== | ||
+ | |||
+ | Plusieurs jobs ont été exécutés sur des configurations fournies par des utilisateurs PSMN en utilisant les queues de production E5-2670. Les résultats ont montré un gain du temps de calcul par un facteur entre 5 et 6 par rapport aux installations génériques. |