Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentesRévision précédente | Dernière révisionLes deux révisions suivantes | ||
| documentation:tools:cp2kmkl [2020/06/25 12:33] – suppression, as requested ltaulell | documentation:tools:cp2kmkl [2020/08/25 15:58] – créée - modification externe 127.0.0.1 | ||
|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| + | ====== Installations optimisées de CP2K ====== | ||
| + | {{INLINETOC}} | ||
| + | ===== Version la plus récente compilée avec compilateurs Intel et MKL sur les systèmes Debian ===== | ||
| + | |||
| + | Il s'agit de la version du dépôt de développement CP2K (la plus complète au niveau des fonctionnalités). | ||
| + | |||
| + | L' | ||
| + | |||
| + | ==== Environnement de travail ==== | ||
| + | |||
| + | Il faut d' | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ source / | ||
| + | $ module use / | ||
| + | $ module load Base/psmn | ||
| + | $ module load openmpi/ | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | ==== Download CP2K ==== | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ svn checkout svn:// | ||
| + | | ||
| + | ... | ||
| + | | ||
| + | | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | ==== Etape de " | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ cd cp2k-devel-cic/ | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | Modifier le fichier de configuration Linux-x86-64-intel-MKL.popt comme suit, afin de prendre correctement en compte les composantes BLAS, LAPACK et FFT de MKL (avec l' | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ cat Linux-x86-64-intel-MKL.popt | ||
| + | # | ||
| + | # | ||
| + | CC = cc | ||
| + | CPP = | ||
| + | FC = mpif90 | ||
| + | LD = mpif90 | ||
| + | AR = ar -r | ||
| + | |||
| + | MKLROOT=/ | ||
| + | INTEL_LIB = $(MKLROOT)/ | ||
| + | LIBXC_DIR = / | ||
| + | |||
| + | CPPFLAGS = | ||
| + | DFLAGS | ||
| + | | ||
| + | CFLAGS | ||
| + | |||
| + | FCFLAGS | ||
| + | | ||
| + | FCFLAGS2 | ||
| + | | ||
| + | FCFLAGS3 | ||
| + | | ||
| + | |||
| + | LDFLAGS | ||
| + | |||
| + | LIBS = $(INTEL_LIB)/ | ||
| + | -L${INTEL_LIB} -lmkl_blas95_lp64 \ | ||
| + | -L${INTEL_LIB} -lmkl_lapack95_lp64 \ | ||
| + | -Wl, | ||
| + | $(INTEL_LIB)/ | ||
| + | $(INTEL_LIB)/ | ||
| + | $(INTEL_LIB)/ | ||
| + | -lpthread -lm \ | ||
| + | -L$(LIBXC_DIR)/ | ||
| + | |||
| + | |||
| + | OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_intel.o | ||
| + | |||
| + | graphcon.o: graphcon.F | ||
| + | $(FC) -c $(FCFLAGS2) $< | ||
| + | |||
| + | qs_vxc_atom.o: | ||
| + | $(FC) -c $(FCFLAGS2) $< | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | ==== Etape de " | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ cd ../ | ||
| + | $ make -j 4 ARCH=Linux-x86-64-intel-MKL VERSION=popt | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | Cette étape peut durer quelques dizaines de minutes (un café bien mérité est possible ...). | ||
| + | |||
| + | Le binaire est ainsi généré : $HOME/ | ||
| + | |||
| + | ==== Test de l' | ||
| + | |||
| + | On peut lancer un test rapide fourni dans CP2K directement sur le serveur de compilation : | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | $ cd ../ | ||
| + | $ mpirun -np 2 $HOME/ | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | Regarder par exemple le temps total (2.9 s pour le cas présent) | ||
| + | |||
| + | ==== Test en conditions de production ==== | ||
| + | |||
| + | Plusieurs jobs ont été exécutés sur des configurations fournies par des utilisateurs PSMN en utilisant les queues de production E5-2670. Les résultats ont montré un gain du temps de calcul par un facteur entre 5 et 6 par rapport aux installations génériques. | ||