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documentation:tools:library:petsc [2015/04/29 20:53] – [Test en conditions de production] cicaluga | documentation:tools:library:petsc [2020/08/25 15:58] – créée - modification externe 127.0.0.1 |
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^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ | ^ Version ^ Compilateur ^ Interconnexion ^ chemin d'accès ^ OS ^ |
| petsc-3.1-p5 | intel 11.1.069 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/intel/11.1.069/seq/bin | Centos 5 || | | petsc-3.1-p5 | intel 11.1.069 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/intel/11.1.069/seq/bin | Centos 5 || |
| petsc-3.1-p5 | gnu 4.2.1 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/gnu/4.2.1/acml-4.2.0/bin | Centos 5 || | | petsc-3.1-p5 | gnu 4.2.1 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/gnu/4.2.1/acml-4.2.0/bin | Centos 5 || |
| petsc-3.1-p5 | pgi 11.0 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/pgi/11.0/seq/bin | Centos 5 || | | petsc-3.1-p5 | pgi 11.0 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/pgi/11.0/seq/bin | Centos 5 || |
| petsc-3.3.p0 | openmpi-1.4.5/gnu-4.6.3 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.3.p0/gnu/4.6.3/openmpi-1.4.5/acml-5.1.0/bin| Centos 5 | | | petsc-3.3.p0 | openmpi-1.4.5/gnu-4.6.3 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.3.p0/gnu/4.6.3/openmpi-1.4.5/acml-5.1.0/bin| Centos 5 || |
| petsc-3.1-p5 | openmpi-1.4.1 / intel 11.1.069 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/intel/11.1.069/openmpi-1.4.1/mkl/bin |Centos 5 | | | petsc-3.1-p5 | openmpi-1.4.1 / intel 11.1.069 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/intel/11.1.069/openmpi-1.4.1/mkl/bin |Centos 5|| |
| petsc-3.1-p5 | openmpi-1.4.3 / pgi 11.0 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/pgi/11.0/openmpi-1.4.3/bin | Centos 5 | | | petsc-3.1-p5 | openmpi-1.4.3 / pgi 11.0 | Infiniband |/softs/PETSc/petsc-3.1-p5/pgi/11.0/openmpi-1.4.3/bin | Centos 5 || |
====== Installations optimisées de PETSc ====== | ====== Installations optimisées de PETSc ====== |
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{{INLINETOC}} | {{INLINETOC}} |
===== Version la plus récénte compilée avec compilateurs ... sur les systèmes Debian ===== | ===== Version petsc-3.5.0 compilée avec compilateur gnu-4.7.2 sur les systèmes Debian ===== |
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==== Environnement de travail ==== | ==== Environnement de travail ==== |
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Il faut d'abord charger l'environnement correspondant (Debian + Intel + OpenMPI) sur l'un des serveurs de compilation Debian : | Il faut d'abord charger l'environnement correspondant (Debian + GNU + OpenMPI) sur l'un des serveurs de compilation Debian : |
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<code bash> | <code bash> |
$ source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh | $ module use /applis/PSMN/Modules/ |
$ source /usr/share/modules/init/tcsh | |
$ module use /applis/PSMN/Modules | |
$ module load Base/psmn | $ module load Base/psmn |
$ module load openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 | $ unsetenv PETSC_ARCH PETSC_DIR |
| $ setenv PETSC_DIR $PWD |
| $ module load openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 |
</code> | </code> |
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==== Download PETSc ==== | ==== Download PETSc ==== |
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<code bash> | <code bash> |
... | $ wget http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-3.5.0.tar.gz |
</code> | </code> |
| EN LOCAL (login) |
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| <code bash> |
| $ cd /home/login/Installations/Debian7 |
| $ cd Sources/ |
| $ gunzip -c ../Downloads/petsc-3.5.0.tar.gz | tar -xof - |
| $ cd petsc-3.5.0/ |
| </code> |
==== Etape de "configuration" ==== | ==== Etape de "configuration" ==== |
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<code bash> | <code bash> |
$ ... | $ ./configure --prefix=/home/login/petsc-3.5.0/full-debian7 --with-fortran-datatypes --with-x=0 --with-mpi-dir=/softs/openmpi-1.6.4-gnu-4.7.2-debian7 --download-parmetis --download-superlu --download-superlu_dist --download-blacs --download-scalapack --download-mumps --download-suitesparse --download-ml --with-debugging=no |
</code> | </code> |
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==== Etape de "build" ==== | ==== Etape de "build" ==== |
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<code bash> | <code bash> |
$ ... | $ make PETSC_DIR=/home/login/petsc-3.5.0/full-debian7 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-opt streams NPMAX=4 |
$ ... | $ make install |
</code> | </code> |
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==== Test de l'installation ==== | |
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On peut lancer un test rapide fourni dans CP2K directement sur le serveur de compilation : | |
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<code bash> | |
$ cd ../tests/QS/ | |
$ mpirun -np 2 $HOME/cp2k-devel-cic/cp2k/exe/Linux-x86-64-intel-MKL/cp2k.popt C.inp | |
</code> | |
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Regarder par exemple le temps total (2.9 s pour le cas présent) | |
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