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documentation:tools:modules

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documentation:tools:modules [2018/01/08 14:01] – [Modèles] ltaulelldocumentation:tools:modules [2023/03/09 14:31] – ltaulell
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-{{INLINETOC}}+<WRAP center round important 60%>
  
-''Environment Modules''  sert à **configurer l'environnement d'exécution** d'un programme (shell, job, interactif et non-interactif), il est désormais géré par ''lmod'' et EasyBuild+**[[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/|New Documentation (Debian 11 / Slurm)]]**
  
-Chaque programme nécessite un environnement (voir la commande ''env'' dans un shell) correctement configuré pour fonctionner de manière optimale. +See also our [[news:blog|Fil des news]] for up-to-date informations 
 +</WRAP>
  
-<note tip>**Rappel** :\\ +Voir [[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/environment_and_tools/modular_environment.html|Environment Modules]].
-''allo-psmn'' est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, et **c'est tout**.+
  
-Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''allo-psmn'', sur l'un des serveurs de compilation. +See [[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/modules_list.html|Available Modules]] for a list of all available modules, by partition.
- +
-Voir [[documentation:tutorials:ssh:accueil|Se connecter aux clusters]]. +
-</note> +
-===== Modèles ===== +
- +
-Des **exemples** d'initialisation pour les utilisateurs du PSMN sont disponibles dans les fichiers suivant : +
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Profile'' +
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bashrc'' +
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bash_aliases'' +
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Cshrc'' +
-===== Usage interactif ===== +
- +
- +
-==== pour bash ==== +
- +
-   * charger ''Environment Module''  +
- +
-<code bash> +
-source /usr/share/lmod/lmod/init/bash +
-</code> +
- +
- +
-==== pour tous les shell ==== +
- +
-   * voir les modules disponibles (peut prendre quelques minutes avant de s'afficher, c'est normal!) +
- +
-<code bash> +
-# lister tous les modules +
-module avail +
- +
-# lister les modules relatif à OpenMPI +
-module avail openmpi +
-</code> +
- +
- +
-   * charger des modules : +
- +
-<code bash> +
-module load <compilateur>/<version>/<software>/<version> +
- +
-# par exemple charger OpenMPI 2.1.1 (compilé avec GCC 6.4.0) +
-module load GCC/6.4.0/OpenMPI/2.1.1 +
-# et charger GCC 6.4.0 +
-module load GCC/6.4.0 +
-</code> +
- +
-  * Obtenir l'aide d'un module +
-<code bash> +
-module help <software>/<version> +
-# ou +
-module help <compilateur>/<version>/<software>/<version> +
-</code> +
- +
- +
-  * Afficher les modules chargés  +
-<code bash> +
-module list +
-</code> +
- +
-  * Décharger un module +
-<code bash> +
-module unload <software>/<version> +
-</code> +
- +
- +
-<hidden> +
---------------------------------------------------- +
-==== pour csh/tcsh ==== +
- +
-  * Charger l'environnement du PSMN (**shell csh/tcsh**) +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-Vous pouvez ajouter dans votre ''~/.cshrc'', les lignes suivantes : +
- +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-==== pour bash ==== +
- +
-  * Charger l'environnement du PSMN (**shell bash**) +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-Vous pouvez ajouter dans votre ''~/.profile'', les lignes suivantes : +
- +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-==== pour tous les shell ==== +
- +
-  * Lister les modules disponibles +
-<code bash> +
-module avail +
-</code> +
- +
-  * Obtenir la description d'un module +
-<code bash> +
-module whatis <software>/<version> +
- +
-module whatis openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2  +
-openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2: loads openmpi 1.6.4 (gnu-4.7.2/Debian7) environment +
-</code> +
- +
-  * Obtenir l'aide d'un module +
-<code bash> +
-module help <software>/<version> +
- +
-module help Base/psmn +
- +
------------ Module Specific Help for 'Base/psmn' ------------------ +
- +
- loads the modules software & base application environment for PSMN +
- +
- This adds specifics to several of the environment variables. +
-        automatically load Base/debian7 and Base/sge modulefiles +
- +
- Compatible with Modules version 3.2.9 +
- +
-</code> +
- +
-  * Charger un module pour un logiciel +
-<code bash> +
-module load <software>/<version> +
-</code> +
- +
-  * Afficher les modules chargés  +
-<code bash> +
-module list +
-</code> +
- +
-  * Décharger un module +
-<code bash> +
-module unload <software>/<version> +
-</code> +
- +
-  * Décharger l'environnement du PSMN +
-<code bash> +
-module unuse /applis/PSMN/Modules +
-</code> +
- +
- +
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. +
- +
- +
-===== Usage dans les scripts (non-interactif) ===== +
- +
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. +
- +
-==== pour csh/tcsh ==== +
- +
-  * ajouter dans le début des scripts : +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/tcsh +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail''). +
- +
-==== pour bash ==== +
- +
- +
-  * ajouter dans le début des scripts : +
- +
-<code bash> +
-source /usr/share/modules/init/bash +
-module use /applis/PSMN/Modules +
-module load Base/psmn +
-</code> +
- +
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail''). +
- +
- +
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. +
- +
- +
-===== Modules disponibles (avril 2016) ===== +
- +
-Cette liste **n'est pas à jour**, utilisez la commande ''module avail'' pour avoir la liste en cours. +
- +
- +
-<code> +
-~$ module avail +
- +
------------------------------------------------ /applis/PSMN/Modules ----------- +
-ADF/2010.02                                    Molden/5.0.6 +
-ADF/2012.01                                    Molden/5.4 +
-ADF/2013.01                                    Molpro/2010.1-intel-14.0.1 +
-ADF/2013.01.platformmpi                        Molpro/2010.1-intel-14.0.1-openmp +
-ADF/2014.02                                    MrBayes/3.2.1-intel-mpi +
-ADF/2014.10                                    MrBayes/3.2.1-intel-seq +
-Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64                  NAMD/2.11-ibverbs +
-Abinit/7.6.4                                   NAMD/2.11-ibverbs-smp +
-AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1                    NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmp          NAMD/2.11-multicore +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4   NAMD/2.11-multicore-CUDA +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq             NAMD/2.9-ibverbs +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP    NAMD/2.9-ibverbs-smp +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP    NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-DPDP  NAMD/2.9-multicore +
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-SPFP  NAMD/2.9-multicore-CUDA +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmp                   NucleoMiner/1.0 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4            Oases/0.2.8 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP   OpenAlea/2016 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP   OpenAlea/svn-r4239 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP PBSuite/15.2.20 +
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP ParaView/3.12.0 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq                      ParaView/4.0.1 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP             ParaView/4.4.0 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP             PhyML/20120412 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP           PhyML/20140223 +
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP           PhyML/3.0 +
-Augustus/3.1                                   PhyloMerge/0.2 +
-Avogadro/1.1.1                                 Phylobayes/3.3b +
-BCFtools/1.1                                   Phylobayes/3.3e +
-BEDTools/2.24.0                                Povray/3.7 +
-BLAT/35                                        Prank/140603 +
-Base/FR.UTF-8                                  Primer3/2.3.4 +
-Base/debian7                                   Qbox/1.62.3 +
-Base/psmn                                      Quast/3.2 +
-Base/sge                                       R/2.15.1 +
-Base/test                                      R/3.0.2 +
-Base/test.tcl                                  R/3.2.0 +
-Bismark/0.15.0                                 R/3.2.4 +
-Blender/2.76b                                  RSEM/1.2.19 +
-Bowtie/0.12.7                                  RSeQC/2.3.1 +
-Bowtie/1.1.1                                   RSeQC/2.3.3 +
-Bowtie/2.0.2                                   SAMtools/0.1.19 +
-Bowtie/2.2.4                                   SAMtools/1.1 +
-Bwakit/0.7.12                                  SPAdes/3.6.2 +
-CAFS/1.0                                       SRAToolkit/2.3.3-2 +
-CP2K/2.2.426                                   SRAToolkit/2.3.4-2 +
-CP2K/2.5.1                                     STAR/2.4.1d +
-CP2K/2.5.1-complete                            Sage/7.0 +
-CP2K/2.5.1-minimal                             Spinevolution/3.4.4 +
-Cassandra/2.5.4                                Spinevolution/3.4.5 +
-Celera/WGS-7.0                                 StringTie/1.0.1 +
-Celera/WGS-8.3rc2                              StringTie/1.2.0 +
-ClonalFrameML/1.25                             TopHat/2.0.13 +
-Corset/1.03                                    Trimmomatic/0.36 +
-Crystal/2.0.1                                  Trinity/2.0.6 +
-Cufflinks/2.2.1                                Trinity/2.1.1 +
-DMAP/20151019                                  Trinity/r2012-06-08 +
-Dalton/2016.0                                  Trinity/r20140413 +
-DiscoSNP/2.2.4                                 Trinity/r20140717 +
-FastQC/0.11.2                                  Trinotate/2.0.2 +
-FastTree/2.1.7                                 UCSC/287 +
-FreeFem++/3.42-seq                             VASP/4.6.36-gnu-4.7.2 +
-GATK/3.4-46                                    VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 +
-GDL/1.0                                        VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 +
-GFOLD/1.1.4                                    VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7 +
-GMAP/2014-10-22                                VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 +
-Gaussian/g03-lasim                             VESTA/3.1.7 +
-Gaussian/g09-chimie                            VMD/1.9.2 +
-Gaussian/g09-geol                              Velvet/1.2.10 +
-Gaussian/g09c01-chimie                         ViennaRNA/2.1.9 +
-Gaussian/g09c01-geol                           aTRAM/1.01 +
-Gaussian/g09c01-icbms                          breseq/0.26.1 +
-Gaussian/g09d01-chimie                         fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp +
-Gaussian/g09d01-geol                           fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 +
-Gaussian/g09d01-icbms                          fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 +
-Gaussian/g09d01-lasim                          fftw/3.3.3-intel-14.0.1-seq +
-HDF5/1.8.15-p1-mpi                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-dp +
-HDF5/1.8.15-p1-seq                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-sp +
-HDF5/1.8.16-mpich2                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-dp +
-HDF5/1.8.16-openmpi                            fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-sp +
-HDF5/1.8.16-seq                                fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-dp +
-HISAT/0.1.5b                                   fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-sp +
-HISAT/2.0.0b                                   fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-dp +
-HMMER/3.1b1                                    fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-sp +
-HTSeq/0.5.3p3                                  gromacs/5.0.5 +
-HTSeq/0.5.3p9                                  intel/11.1.069 +
-HTSeq/0.6.1                                    intel/12.0.084 +
-HTSlib/1.1                                     intel/14.0.1 +
-Java/1.6d7                                     intel/15.0.2 +
-Java/1.7d7                                     modules.psmn +
-Java/1.8.0u77                                  openmpi/1.4.1-intel-11.1.069 +
-Jellyfish/2.2.5                                openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2 +
-Jmol/14.4.0                                    openmpi/1.5.4-gnu-4.7.2 +
-LSDalton/2016.0                                openmpi/1.5.4-intel-12.0.084 +
-Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 +
-Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-intel-12.0.084 +
-Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 +
-Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1          openmpi/1.8.4-intel-14.0.1 +
-Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1           picard/1.140 +
-MAFFT/7.187                                    prinseq/lite-0.20.4 +
-MAPS/3.4.2                                     python/2.7 +
-MEME/4.10.2                                    python/3.2 +
-MIRA/4.0.2                                     tablemaker/2.1.1 +
-Matlab/R2011b +
- +
-</code> +
- +
-</hidden> +
-===== Références ===== +
- +
-  * https://www.tacc.utexas.edu/research-development/tacc-projects/lmod +
-  * http://modules.sourceforge.net/index.html +
-  * http://modules.sourceforge.net/man/modulefile.html+
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