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documentation:tools:sge

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documentation:tools:sge [2018/02/07 10:41] – [Surveiller les jobs] ltaulelldocumentation:tools:sge [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1
Ligne 35: Ligne 35:
  
 <code bash> <code bash>
-qsub -V -m b -m e -e /path/to/workdir/ -o /path/to/workdir/ -q $QUEUE script+qsub -V -e /path/to/workdir/ -o /path/to/workdir/ -q $QUEUE script
  
 -V : export environment variables -V : export environment variables
--m b : mail @begin 
--m e : mail @end 
 -e : where to put error files -e : where to put error files
 -o : where to put output files -o : where to put output files
Ligne 45: Ligne 43:
 </code> </code>
  
-**Il est plus simple de soumettre un script à GridEngine, qui contiendra plus d'options**. Voir [[documentation:tutorials:submit|la documentation complète pour soumettre un job]], ainsi que [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|la liste des files d'attente]].+**Il est plus simple de soumettre un script à GridEngine, qui contiendra plus d'options**.  
 + 
 +<note important>Certaines options ne fonctionnent pas directement en CLI, il faut passer par un script (exemple : envoie des mails début et fin)</note> 
 + 
 +Voir [[documentation:tutorials:submit:accueil|la documentation complète pour soumettre un job]], ainsi que [[documentation:clusters:batch&#les_files_d_attente|la liste des files d'attente]].
  
 ==== Comment choisir les files d'attente, de test ou de productions, adaptées ? ==== ==== Comment choisir les files d'attente, de test ou de productions, adaptées ? ====
Ligne 70: Ligne 72:
  
 <code>qstat -g c </code> <code>qstat -g c </code>
 +
 +  * Voir l'état des machines d'une queue
 +
 +<code>qstat -q <queue_name> -f</code>
  
   * Voir tous les jobs de tous les utilisateurs en exécution (running) :    * Voir tous les jobs de tous les utilisateurs en exécution (running) : 
Ligne 79: Ligne 85:
 <code>qstat -u "*" -s p </code> <code>qstat -u "*" -s p </code>
  
-  * <del>Voir l'état d'une queue (commande interne PSMN) : </del> ne fonctionne plus 
- 
-<code>qstatqueue c6100lin24ib </code> 
- 
-  * <del>Voir l'état de toutes les queues (commande interne PSMN) :</del> ne fonctionne plus 
- 
-<code>qstatall </code> 
  
   * Voir l'état d'un job en cours :    * Voir l'état d'un job en cours : 
Ligne 99: Ligne 98:
 <code>qstat -j 87584 -g t -s r | less </code> <code>qstat -j 87584 -g t -s r | less </code>
  
-  * <del>Enlever (clear) l'état Error d'un job :</del> ne fonctionne plus 
- 
-<code>qmod -cj <job_id> </code> 
  
   * Voir les informations d'un job après son achévement (long) :   * Voir les informations d'un job après son achévement (long) :
Ligne 114: Ligne 110:
  
 <code>qdel -f 109383 </code> <code>qdel -f 109383 </code>
 +
 +
 +
 +<hidden>
 +Ces commandes ne fonctionnent plus depuis la migration 2018!
 +
 +  * <del>Voir l'état d'une queue (commande interne PSMN) : </del> ne fonctionne plus
 +
 +<code>qstatqueue c6100lin24ib </code>
 +
 +  * <del>Voir l'état de toutes les queues (commande interne PSMN) :</del> ne fonctionne plus
 +
 +<code>qstatall </code>
 +
 +  * Voir l'état d'un job en cours : 
 +
 +<code>qstat -j 87584 | less </code>
 +
 +  * <del>Enlever (clear) l'état Error d'un job :</del> ne fonctionne plus
 +
 +<code>qmod -cj <job_id> </code>
 +
 +
 +
 +</hidden>
  
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