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documentation:tutorials:visualisation

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documentation:tutorials:visualisation [2015/11/26 14:30] – ltaulelldocumentation:tutorials:visualisation [2020/08/25 15:58] – modification externe 127.0.0.1
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 ====== Serveur de visualisation ====== ====== Serveur de visualisation ======
  
-La machine **r730visu-pub** est dédiée à la visualisation intensive (OpenGL/GLX/Mesa/CUDA6) au PSMN.+La machine **r740visu** est dédiée à la visualisation intensive (OpenGL/Mesa/CUDA) au PSMN.
  
-Elle est identique aux machines du [[documentation:clusters:hardware&#groupe_r730gpgpu|groupe r730gpgpu]].  +Elle est équipé de deux processeurs Intel Xeon Gold 5122 à 3.60GHz (16 coeurs logiques) et de 192 GiB de RAM. 
-Elle est accessible en **x2go**, et dispose de deux accélérateurs matériel **NVidia Quadro4000©**.+Elle est accessible en **x2go**, et dispose d'un accélérateur matériel **NVidia Quadro P4000©**.
  
-Enfin et surtout, elle a accès au ''/scratch/e5-2670-gfs-scratch'' (système de scratch commun aux files d'attentes ''E5-26xx'').+Enfin, et surtout, elle donne accès au ''/scratch/E5N'' (système de scratch commun aux files d'attentes ''E5-*'').
  
-<WRAP round important>**r730visu-pub n'est pas une machine de soumission.**</WRAP>+<WRAP round important>**r740visu n'est pas une machine de soumission.**</WRAP>
  
 <WRAP info>Cette machine a été mise en place grâce aux travaux préparatoires, recettes et intégrations réalisés sur la plate-forme expérimentale du CBP.</WRAP> <WRAP info>Cette machine a été mise en place grâce aux travaux préparatoires, recettes et intégrations réalisés sur la plate-forme expérimentale du CBP.</WRAP>
  
  
-===== Prérequis =====+===== 1. Prérequis =====
  
-  - Installer **x2go** (x2goclient) sur le poste utilisateur (Linux, Mac ou Windows => http://wiki.x2go.org/doku.php ) 
   - [[documentation:tutorials:ssh:accueil|Se connecter aux clusters]]   - [[documentation:tutorials:ssh:accueil|Se connecter aux clusters]]
-  - [[documentation:tutorials:ssh:clef_agent_ssh|Utiliser des clefs SSH et un agent-ssh]]+  - [[documentation:tutorials:ssh:clef_agent_ssh|Utiliser des clefs SSH et un agent-ssh]] (ou [[documentation:tutorials:ssh:putty|PuTTY/KiTTY pour Windows]])
   - [[documentation:tutorials:ssh:multihop_ssh|Faire des rebonds avec SSH]]   - [[documentation:tutorials:ssh:multihop_ssh|Faire des rebonds avec SSH]]
 +  - Installer **x2go** (x2goclient) sur le poste utilisateur (Linux, Mac ou Windows => http://wiki.x2go.org/doku.php )
  
-===== Configuration de x2goclient =====+===== 2. Configuration de x2goclient =====
  
   * Nouvelle session   * Nouvelle session
Ligne 50: Ligne 50:
  
   - Nommez la session,   - Nommez la session,
-  - Host = **r730visu-pub**,+  - Host = **r740visu**,
   - Try auto login -> Checked,   - Try auto login -> Checked,
   - Use proxy server -> Checked,   - Use proxy server -> Checked,
   - SSH -> Checked,   - SSH -> Checked,
-  - Host = **allo-psmn.ens-lyon.fr**,+  - Host = **allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr**,
   - Same login -> Checked,   - Same login -> Checked,
   - Same password -> Checked,   - Same password -> Checked,
   - ssh-agent -> Checked,   - ssh-agent -> Checked,
-  - Session type = **XFCE** :!:.+  - Session type = :!: **XFCE** :!:. 
 + 
 +Dans le cas d'une connexion par tunnel (Windows/PuTTY), reportez-vous au [[documentation:tutorials:visualisation#connexion_windows_putty_exterieur|paragraphe 4]]
  
 </WRAP> </WRAP>
 </WRAP> </WRAP>
 +
 +<note warning>:!: **ATTENTION : le ''Session type'' DOIT être ''XFCE''** :!:</note>
 +
  
   * Paramètres : Onglet Connection   * Paramètres : Onglet Connection
Ligne 126: Ligne 131:
  
  
-===== Connexion =====+===== 3. Connexion directe ===== 
 + 
 +Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'intérieur de l'École (voir {{documentation:tutorials:diagramme_ssh_interne.png?linkonly|infographie}}). 
 + 
 + 
 +<WRAP group> 
 +<WRAP half column> 
 + 
 +{{:documentation:tutorials:diagramme_ssh_interne.png?direct&300|}} 
 + 
 +</WRAP> 
 +<WRAP half column> 
 + 
 +__Légende :__ 
 +  * **noir** : lien physique 
 +  * <wrap round notice>bleu</wrap> : connexion ssh standard 
 +  * <wrap round danger>rouge</wrap> : connexion ssh virtuelle (rebonds) 
 +  * <wrap round safety>vert</wrap> : liaison NFS (/home) 
 + 
 +</WRAP> 
 +</WRAP>
  
 <WRAP group> <WRAP group>
Ligne 146: Ligne 171:
  
  
-===== Utilisation =====+===== 3.1. Connexion depuis l'extérieur (Linux, Mac) ===== 
 + 
 +Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'extérieur de l'École, **depuis un client Linux ou Mac OSX**. Il faut que les rebonds SSH soient actifs, assurez-vous d'avoir lu (comprise et testée) la [[documentation:tutorials:ssh:multihop_ssh|documentation correspondante]]. 
 + 
 +<WRAP group> 
 +<WRAP half column> 
 + 
 +{{:documentation:tutorials:diagramme_ssh_externe.png?direct&300|}} 
 + 
 +</WRAP> 
 +<WRAP half column> 
 + 
 +__Légende :__ 
 +  * **noir** : lien physique 
 +  * <wrap round notice>bleu</wrap> : connexion ssh standard 
 +  * <wrap round danger>rouge</wrap> : connexion ssh virtuelle (rebonds) 
 +  * <wrap round safety>vert</wrap> : liaison NFS (/home) 
 + 
 +</WRAP> 
 +</WRAP> 
 + 
 +  * Modification minimale à faire dans votre ''~/.ssh/config'' (sur poste chercheur) : 
 + 
 +<code bash> 
 +Host allo-psmn-multihop 
 +  User $USER 
 +  ProxyCommand ssh -qt $USER@ssh.psmn.ens-lyon.fr tcpconnect allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr %p 
 +</code> 
 + 
 +<wrap important>Remplacez ''$USER'' par votre login au PSMN</wrap> 
 + 
 +  * Modification x2go : 
 + 
 +Dans l'onglet ''Session'', bloc ''Proxy server'', case ''Host'', remplacez ''allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr'' par la nouvelle configuration : ''allo-psmn-multihop''. Vous devez obtenir la même chose qu'au §3 à l'ouverture de session x2go. 
 + 
 +===== 4. Connexion depuis l'extérieur (Windows/PuTTY) ===== 
 + 
 +Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'extérieur de l'École **depuis Windows** (voir {{documentation:tutorials:diagramme_ssh_externe.png?linkonly|infographie}}). 
 + 
 +<WRAP group> 
 +<WRAP half column> 
 + 
 +{{:documentation:tutorials:diagramme_ssh_externe.png?direct&300|}} 
 + 
 +</WRAP> 
 +<WRAP half column> 
 + 
 +__Légende :__ 
 +  * **noir** : lien physique 
 +  * <wrap round notice>bleu</wrap> : connexion ssh standard 
 +  * <wrap round danger>rouge</wrap> : connexion ssh virtuelle (rebonds) 
 +  * <wrap round safety>vert</wrap> : liaison NFS (/home) 
 + 
 +</WRAP> 
 +</WRAP> 
 + 
 + 
 +==== Créer un tunnel SSH ==== 
 + 
 +<note important>**Les étapes qui suivent supposent que vous ayez déja configuré vos rebonds SSH vers allo-psmn (cf [[documentation:tutorials:ssh:putty&#configurer_le_proxy_putty_plink|cette documentation]])**</note> 
 + 
 +La première étape consiste à créer un tunnel SSH vers la machine de visualisation : 
 + 
 +  * Copiez la session de la passerelle (allo-psmn, Load, renommez, save). 
 + 
 +Changez le ''Host Name'' pour celui de la machine de visualisation (ici, pour l'exemple, r740visu). Donc, renommez la session en **r740visu** (pour suivre l'exemple) et sauvegardez. 
 + 
 +<note important>**Veillez à bien saisir le nom complet dans ''Host Name'' (ici r740visu.psmn.ens-lyon.fr)**</note> 
 + 
 +{{:documentation:tutorials:putty_conf_session_visu.png?direct&300|}}. 
 + 
 +  * Dans ''Connection->Proxy'', sélectionnez ''Local''. 
 +  * Dans ''Connection->Proxy'', réglez ''Telnet command'' ainsi : <code>plink.exe -load allo-psmn -nc %host:%port</code> 
 + 
 +{{:documentation:tutorials:putty_conf_conn_proxy_x5770.png?direct&300|}} 
 + 
 +  * Dans ''Connection->SSH->Tunnels'', réglez ''Source port'' sur le port 2222 et ''Destination'' sur <code>r740visu.psmn.ens-lyon.fr:22</code> 
 + 
 +{{:documentation:tutorials:putty_conf_tunnel_visu.png?direct&300|}} 
 + 
 +  * Revenez dans ''Session'', sauvegardez, puis cliquez sur ''Open''. Votre tunnel est à présent ouvert. 
 + 
 +==== Connexion X2Go ==== 
 + 
 +<WRAP group> 
 +<WRAP half column> 
 +<note important>**La session SSH de Putty vers r740visu doit rester ouverte, il ne faut pas fermer la fenêtre de connexion**</note> 
 +</WRAP> 
 +<WRAP half column> 
 +{{:documentation:tutorials:putty-tunnel-cmd.png?direct&300|}} 
 +</WRAP> 
 +</WRAP> 
 + 
 +<WRAP group> 
 +<WRAP half column> 
 +{{:documentation:tutorials:x2go.png?direct&300|}} 
 +</WRAP> 
 +<WRAP half column> 
 +Le paramétrage de la session X2Go est le suivant : 
 + 
 +  * Dans ''Hôte'' saisissez ''localhost'' 
 +  * Dans ''Identifiant'' saisissez votre login 
 +  * Réglez ''Port SSH'' sur 2222 
 +  * Cochez la case ''Essayer l'authentification automatique'' 
 +  * Réglez ''Type de session'' sur ''XFCE'' 
 +</WRAP> 
 +</WRAP> 
 + 
 + 
 +Validez avec OK, puis double-cliquez sur l'icône de la session dans la partie droite du client X2Go. Vous êtes maintenant connecté à l'interface graphique de la machine. 
 + 
 +{{:documentation:tutorials:x2go_desktop.png?direct&300|}} 
 + 
 + 
 +===== 5. Utilisation =====
  
 Chaque application installée dans l'environnement PSMN peut être utilisée telle quelle. Chaque application installée dans l'environnement PSMN peut être utilisée telle quelle.
 +
 +==== Pavé numérique ====
 +
 +Si votre pavé numérique n'est pas reconnu, dans un terminal, executez le programme ''numlockx''.
  
 ==== modulefiles ==== ==== modulefiles ====
  
-Pour chaque application nécessitant le chargement d'un modulefile, il faut, depuis un terminal, loader le modulefile, puis exécuter l'application.+Pour chaque application nécessitant le chargement d'un modulefile, il faut, depuis un terminal, loader le modulefile puis exécuter l'application. 
 + 
 +Les sessions x2go ignorent parfois le chargement de ''~/.profile''. Vous pouvez forcer à la main : ''source ~/.profile'', ou ajouter cette ligne dans votre ''~/.bashrc'' :  
 + 
 +<code bash>source /usr/share/lmod/lmod/init/bash</code> 
 + 
 + 
 +==== Utilisateurs Mac OSX ====
  
 +Les utilisateurs de MacOSX doivent avoir le ''X11 Mac server'' (XQuartz) installé et fonctionnel (et démarré) avant de démarrer x2go-client, voir [[https://wiki.x2go.org/doku.php/doc:installation:x2goclient#os_x|x2goclient documentation]]
 ==== VirtualGL ==== ==== VirtualGL ====
  
-Pour chaque application nécessitant une accélération matérielle (OpenGL/GLX/GLSL/...), après le chargement du modulefile correspondant, il faut faire précéder l'appel à l'application de l'appel à VirtualGL : ''vglrun''+Pour chaque application nécessitant une accélération matérielle (OpenGL/GLX/GLSL/...), après le chargement du modulefile correspondant, il faut préfixer l'appel à l'application par l'appel à VirtualGL : ''vglrun MyApp''
  
-===== Exemples =====+===== 6. Exemples =====
  
   * VMD   * VMD
Ligne 165: Ligne 316:
  
 <code> <code>
 +source ~/.profile
 module load VMD/1.9.2 module load VMD/1.9.2
 vglrun vmd vglrun vmd
Ligne 176: Ligne 328:
  
 <code> <code>
 +source ~/.profile
 module load Molden/5.4 module load Molden/5.4
 vglrun gmolden vglrun gmolden
Ligne 187: Ligne 340:
  
 <code> <code>
 +source ~/.profile
 module load ParaView/4.4.0 module load ParaView/4.4.0
 vglrun paraview vglrun paraview
Ligne 200: Ligne 354:
  
 <code> <code>
 +source ~/.profile
 vglrun avogadro vglrun avogadro
 </code> </code>
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