Ceci est une ancienne révision du document !
Le programme ne trouve pas certains fichiers ou bibliothèques
mpirun: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory
orted: error while loading shared libraries: libirng.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Vérifiez votre environnement (~/.cshrc, Environment Modules, etc) de compilation et d'execution (ex: vasp.j) : Ils doivent correspondre entre eux.
mpirun noticed that process rank 13 with PID 50067 on node c8220node202.ens-lyon.fr exited on signal 10 (User defined signal 1).
Signal 10 = Walltime atteint
Le job a été lancé sur une file d'attente courte (E5-2670deb64h3 = 3 heures, E5-2670deb64d3 = 3 jours)
Votre job plante trés vite, avec ce message d'erreur :
Error for job $JOB_ID: [...] execvp(/sge_spool/node/job_scripts/$JOB_ID, [...] failed: No such file or directory
Vérifiez votre script de soumission, il contient probablement des caractères Windows.
comp% file script.sub script.sub: C shell script, ASCII text executable, with CRLF line terminators
CRLF (Carriage Return, Line Feed) est un terminateur de ligne propre à Windows, il provoque des erreurs dans l'environnement du PSMN.
comp% dos2unix script.sub converting script.sub to Unix format ...
comp% file script.sub script.sub: C shell script, ASCII text executable
Ref: http://comments.gmane.org/gmane.comp.clustering.gridengine.users/20753
Si vous obtenez, dans les premières lignes du log d'un job en cours de run les erreurs suivantes :
/bin/bash: module: line 1: syntax error: unexpected end of file /bin/bash: error importing function definition for `BASH_FUNC_module'
Vous pouvez les ignorer, il s'agit juste d'un warning (boucle shell bloquée sur à la faille de sécurité ShellShock).