Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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faq:chimie:lammps [2018/07/23 12:56] – tjiang | faq:chimie:lammps [2022/03/03 16:29] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang | ||
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
- | ====== | + | ====== |
+ | ===== Submission script ===== | ||
+ | <code bash sub_lammps.sh> | ||
+ | # | ||
+ | # | ||
+ | #$ -S /bin/bash | ||
+ | #$ -N C6_equilibration3 | ||
+ | ##$ -q E5-2670deb128B | ||
+ | #$ -q E5_test | ||
+ | #$ -pe test_debian | ||
+ | #$ -cwd | ||
+ | #$ -V | ||
+ | #$ -m be | ||
+ | module purge | ||
+ | module use / | ||
+ | module load lammps/ | ||
+ | |||
+ | # donné par le système de batch | ||
+ | HOSTFILE=" | ||
+ | |||
+ | if [[ -d "/ | ||
+ | then | ||
+ | ### for Lake scratch / CLG* SLG* queues | ||
+ | if [[ -e "/ | ||
+ | then | ||
+ | SCRATCHDIR="/ | ||
+ | ### for E5N scratch / E5* queues | ||
+ | elif [[ -e "/ | ||
+ | then | ||
+ | SCRATCHDIR="/ | ||
+ | ### for Chimie scratch | ||
+ | elif [[ -e "/ | ||
+ | then | ||
+ | SCRATCHDIR="/ | ||
+ | else | ||
+ | echo "/ | ||
+ | exit 1 | ||
+ | fi | ||
+ | else | ||
+ | echo "/ | ||
+ | exit 1 | ||
+ | fi | ||
+ | |||
+ | # Using /tmp as scratch instead | ||
+ | # SCRATCHDIR="/ | ||
+ | |||
+ | echo " | ||
+ | /bin/mkdir -p " | ||
+ | |||
+ | # modifier les noms des fichiers | ||
+ | cd " | ||
+ | cp -f in*.lmp data*.lmp " | ||
+ | #cp -f in*.lmp data*.lmp pair*.lmp " | ||
+ | |||
+ | |||
+ | # modifier noms des fichiers | ||
+ | cd " | ||
+ | mpirun -v -hostfile " | ||
+ | cp -rpf -- outputfiles_only " | ||
+ | rm -f " | ||
+ | |||
+ | </ |