Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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faq:chimie:lammps [2020/06/22 14:46] – [Submission script] tjiang | faq:chimie:lammps [2022/03/03 16:29] (Version actuelle) – [Submission script] tjiang | ||
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Ligne 1: | Ligne 1: | ||
- | ====== | + | ====== |
===== Submission script ===== | ===== Submission script ===== | ||
- | <code bash sub_amber17.sh> | + | <code bash sub_lammps.sh> |
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
# | # | ||
Ligne 18: | Ligne 18: | ||
# donné par le système de batch | # donné par le système de batch | ||
- | HOSTFILE=${TMPDIR}/ | + | HOSTFILE="${TMPDIR}/ |
- | cd ${SGE_O_WORKDIR} | + | if [[ -d "/ |
- | + | ||
- | if [[ -d "/ | + | |
- | then | + | |
- | SCRATCHDIR=/ | + | |
- | elif [[ -d "/ | + | |
- | then | + | |
- | SCRATCHDIR=/ | + | |
- | elif [[ -d "/ | + | |
then | then | ||
- | SCRATCHDIR=/ | + | |
+ | if [[ -e "/ | ||
+ | then | ||
+ | SCRATCHDIR="/ | ||
+ | ### for E5N scratch / E5* queues | ||
+ | elif [[ -e "/ | ||
+ | then | ||
+ | SCRATCHDIR=" | ||
+ | ### for Chimie scratch | ||
+ | elif [[ -e "/ | ||
+ | then | ||
+ | SCRATCHDIR="/ | ||
+ | else | ||
+ | echo "/ | ||
+ | exit 1 | ||
+ | fi | ||
else | else | ||
- | echo "/ | + | echo "/ |
- | | + | |
fi | fi | ||
+ | |||
# Using /tmp as scratch instead | # Using /tmp as scratch instead | ||
- | # SCRATCHDIR=/ | + | # SCRATCHDIR="/tmp/${USER}/${JOB_ID/}" |
- | echo $SCRATCHDIR | + | echo " |
- | /bin/mkdir -p $SCRATCHDIR | + | /bin/mkdir -p "${SCRATCHDIR}" |
# modifier les noms des fichiers | # modifier les noms des fichiers | ||
- | if [[ "$SCRATCHDIR" | + | cd "${SGE_O_WORKDIR}" |
- | then | + | cp -f in*.lmp data*.lmp |
- | cp -f in*.lmp data*.lmp ${SCRATCHDIR}/ | + | #cp -f in*.lmp data*.lmp pair*.lmp "${SCRATCHDIR}" |
- | cd ${SCRATCHDIR} | + | |
- | fi | + | |
# modifier noms des fichiers | # modifier noms des fichiers | ||
- | mpirun -v -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps.sse -in in.eq.lmp > out.lmp | + | cd " |
- | if [[ " | + | mpirun -v -hostfile |
- | then | + | cp -rpf -- outputfiles_only "${SGE_O_WORKDIR}" |
- | | + | rm -f "${SCRATCHDIR}" |
- | rm -f ${SCRATCHDIR}/ | + | |
- | fi | + | |
</ | </ |