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Plant Computational Biology Workshop

Plant Computational Biology Workshop

August, 29 – September, 2nd 2022 at ENS Lyon, France, organised by the RDP and the Sainsbury Lab at Cambridge as a satellite meeting of the 10th International Plant Biomechanics Conference.

Invited speakers :
Kirsten Ten Tusscher (IBB, Utrecht, The Netherlands)
Jacques Dumais (University of Engineering and Sciences, Viña del Mar, Chile)
Richard Smith (JIC, Norwich, UK)
Philippe Andrey (IJPB, Versailles, France)
Daphne Ezer (Computational biology, University of York, UK)
Henrik Jönsson (SLCU, Cambridge, UK)
Marta Ibañes (UBICS, Barcelona, Spain)

See also : Retour sur le Plant Computational Biology Workshop


Un mécanisme ancien d'environ 500 millions d'années contrôle la forme des plantes

Un mécanisme ancien d’environ 500 millions d’années contrôle la forme des plantes

Chez les plantes, la position des branches est un déterminant majeur de la diversité des formes. Afin de comprendre comment celle-ci est régulée, les scientifiques ont comparé un mécanisme contrôlant la formation des branches chez deux groupes de plantes : les mousses, dont l’origine évolutive est très ancienne, et les plantes à fleurs, apparues plus récemment. Les résultats, publiés dans la revue Current Biology, montrent que dans les deux cas les branches se forment en réponse à un même signal, l’auxine, dont la synthèse est régulée par une voie génétique conservée et ancienne, apparue il y a au moins 500 millions d’années.

Un objectif de la biologie est de comprendre les mécanismes ayant permis l’émergence et la diversification des formes des organismes vivants au cours du temps. Chez les plantes, la capacité à ramifier, c’est à dire à produire de nouvelles branches, est un déterminant majeur de leur diversité. Autrement dit, l’agencement des branches le long des tiges permet de définir les différentes architectures végétales rencontrées sur la planète. A quelques exceptions près, toutes les espèces végétales recensées possèdent la capacité de former des branches pour coloniser leur environnement. Cependant, les processus en jeu restent encore mal compris. Pourquoi ? En partie, parce qu’ils ont surtout été étudiés chez les plantes à fleurs, un groupe de végétaux dont l’origine évolutive est relativement récente (150-200 millions d’années).

Depuis plus d’un siècle, les scientifiques ont notamment concentré leur attention sur un mécanisme important appelé « dominance apicale ». En quoi consiste-t-il ? Lors du développement des tiges, des bourgeons parfois microscopiques se forment à la base des feuilles mais ne grandissent pas, on dit qu’ils sont inhibés ou dormants. Cette inhibition est permise par la production d’une hormone, l’auxine, dans la pointe des tiges qui voyage vers les bourgeons et empêche leur croissance. On sait aussi que la dominance apicale peut être levée par l’ablation de la pointe des tiges, celle-ci aura pour effet de mettre fin à la production d’auxine et provoquer le développement des bourgeons. Dans la nature, ce mécanisme est essentiel à la survie des plantes car il leur permet de continuer à croître même si elles se font grignoter… Les bourgeons dormants constituent une réserve de branches prêtes à se développer si nécessaire.

Les mousses ont une origine évolutive ancienne qui remonte à environ 450-500 millions d’années, à l’époque où les plantes ont colonisé la terre ferme. On peut en quelque sorte les voir comme les reliques des premières plantes terrestres. Malgré cette différence d’âge, les mousses possèdent aussi la capacité de se ramifier.

Afin de comprendre si plantes à fleurs et mousses partagent d’autres points communs, les scientifiques ont étudié le contrôle de la dominance apicale chez la mousse Physcomitrium patens. A l’aide d’outils comme la transcriptomique et la transgenèse, ils ont mis en évidence que les gènes contrôlant la synthèse d’auxine étaient actifs à la pointe des tiges de mousses. En supprimant l’activité de ces gènes, réduisant ainsi la production d’auxine, ils ont observé que les mousses produisaient plus de branches, exactement comme on l’avait observé chez les plantes à fleurs.

Ce résultat montre qu’un même mécanisme, impliquant la production d’auxine dans la pointe des tiges, est à l’œuvre chez deux grands groupes de plantes pour contrôler le développement des branches et donc leur architecture. D’un point de vue évolutif, cela suggère aussi que ce mécanisme pourrait avoir été hérité de l’ancêtre commun que mousses et plantes à fleurs ont partagé il y a environ 500 millions d’années au moment de l’apparition des plantes sur Terre.

Source : https://www.insb.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/un-mecanisme-ancien-denviron-500-millions-dannees-controle-la-forme-des-plantes


Nouveaux résultats concernant l'identité de la membrane plasmique

Nouveaux résultats concernant l’identité de la membrane plasmique

Dans un article publié dans la revue eLife, les scientifiques montrent que la répartition intracellulaire d’un lipide impliqué dans la signalisation cellulaire est régulée par une enzyme spécifique des plantes nommée SAC9.

Chaque cellule est définie par la barrière sélective qui constitue sa frontière vis-à-vis de son environnement : la membrane plasmique. Pour le bon fonctionnement de la cellule, la membrane plasmique échange constamment des lipides et des protéines avec les membranes des compartiments du système membranaire interne par divers mécanismes de transport. Les scientifiques ont analysé comment l’homéostasie du lipide anionique PI(4,5)P2, une des signature de la membrane plasmique, est assurée malgré les échanges de membranes. Ils ont montré que la répartition intracellulaire de ce lipide est régulée par une enzyme spécifique des plantes nommée SAC9 qui est localisée au voisinage immédiat de la membrane plasmique et y confine ainsi son substrat. Cette enzyme interagit et colocalise avec certaines protéines impliquées dans l’échange de matière entre la membrane plasmique et le système membranaire interne. Puisque la dynamique de l’internalisation au niveau de la membrane plasmique est perturbée en l’absence de SAC9, les scientifiques proposent que SAC9 fasse partie des premières étapes de la voie de trafic endocytaire, soulignant son rôle dans le maintien de l’identité de la membrane plasmique.


Un livre de sciences tous publics par Yoan Coudert

Un livre de sciences tous publics par Yoan Coudert

La Fabrique des Plantes

Au travers d’expériences scientifiques, et accompagné de la gourmande et pétillante Samara, un chercheur en biologie, spécialiste des plantes, vous plonge dans l’intimité de son jardin presque ordinaire. Une immersion dans un lieu familier, car cela pourrait être chez vous, et pourtant méconnu, car il possède de nombreux secrets bien gardés. Posez un nouveau regard sur les plantes qui vous entourent pour mieux comprendre le fonctionnement de ces êtres fascinants... Une préface de Francis Hallé.


Frédérique Rosier - Crystal Medal of the CNRS

Frédérique Rosier - Crystal Medal of the CNRS

La médaille de cristal distingue des femmes et des hommes, personnels d’appui à la recherche, qui par leur créativité, leur maîtrise technique et leur sens de l’innovation, contribuent à l’avancée des savoirs et à l’excellence de la recherche française.

Frédérique Rosier, ingénieur de notre laboratoire, vient de recevoir la médaille de cristal CNRS 2022. Félicitations !


Congratulations to Frédérique Rozier (RDP), recipient of the 2022 Crystal medal awarded by the CNRS.

Since 1992, the CNRS Crystal medal rewards CNRS engineers, technicians, and administrative staff whose creativity, expertise, and sense of innovation have contributed, alongside researchers, to the advancement of knowledge and the excellence of French research.

ENS de Lyon is proud to count Frédérique Rozier, engineer at the Plant Reproduction and Development Laboratory (RDP - CNRS/ENS de Lyon/Université Claude Bernard Lyon 1/INRAE/INRIA) among the winners of the 2022 Crystal medal.


Plant Biomechanics Conference in Lyon

Plant Biomechanics Conference in Lyon

We are glad to announce that registration and abstract submission to the XXth International Plant Biomechanics Conference are now open at https://plantbiomech.sciencesconf.org/.

Please submit before the end of April to be considered for a talk or for a poster with a flash talk. Reduced registration fees are offered until the end of April.

With best regards,
Arezki Boudaoud, Olivier Hamant, Gwyneth Ingram, and Sara Puijalon

Notes :
 Registration and abstract submission are independent in the system.
 Please forward this information to those potentially interested.


"Architectures végétales" au Musée des Confluences

"Architectures végétales" au Musée des Confluences

Teva Vernoux, directeur de recherche CNRS au laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, tie,dra une conférence au Musée des Confluences dans le cadre de l’Année de la Biologie.

Titre : Architectures végétales : petit manuel de construction botanique
Date : mardi 17 mai 2022 à 18:30
Lieu : Musée des Confluences, 86 quai Perrache 69002 Lyon


EMBO long-term fellowship for Camila GOLDY

EMBO long-term fellowship for Camila GOLDY

Congratulations to Camila GOLDY for being awarded an EMBO long-term fellowship, starting March 2022 ! During her 8 years of research experience in The National University of Rosario (Argentina), Camila gained a vaste experience in the field of plant biology. Throughout her stay in the RNA Biology lab, under the supervision of Dr. Ramiro E. Rodriguez (Institute of Molecular and Cellular Biology of Rosario, IBR-UNR-CONICET, Argentina), she started a new line of research and set up a variety of techniques related to cell cycle synchronization, confocal microscopy, and analysis of root development that will be essential to carry out her current EMBO project. After six years working at the same institution, she decided that the best way to gain independence as a researcher would be to continue her scientific career doing a postdoc abroad. In order to gain new skills, she is now changing the focus of her work, which has been mainly gene expression and plant development, to the area of cell biology, cytoskeleton and lipid signalling.

This EMBO long-term Fellowship is a perfect next step for her career to gain new skills, broaden her perspective and generally nurture her future career as an independent researcher. She will focus during her stay at RDP on the molecular dialog between the membrane lipids and the cytoskeleton during the cell division, using Arabidopsis as a model. She will benefit from the expertise and recent tools developed in the "Cell Signalling and Endomembrane" team.


La Troisième Voie du vivant, un livre de Olivier Hamant

La Troisième Voie du vivant, un livre de Olivier Hamant

Le culte de la performance conduit notre société à mettre en avant les valeurs de la réussite et de l’optimisation permanente dans tous les domaines. La lenteur, la redondance, l’aléatoire sont alors perçus négativement. Olivier Hamant, dans ce livre, tente de les réhabiliter en s’appuyant sur sa connaissance des processus du vivant.
Que nous apprennent les sciences de la vie ? S’il existe bien des mécanismes biologiques remarquablement efficaces, des progrès récents mettent surtout en avant le rôle fondamental des erreurs, des lenteurs, des incohérences dans la construction et la robustesse du monde naturel. Le vivant serait-il alors sous-optimal ? En quoi une sous-optimalité d’inspiration biologique peut-elle constituer un contre-modèle au credo de la performance et du contrôle dans l’Anthropocène ?
Face aux constats pessimistes et aux alarmes environnementales, l’auteur propose des pistes d’action pour éviter la catastrophe et esquisse des solutions pour un avenir viable et réconcilié avec la nature.


Prix de Thèse SBCF 2021 : Lise NOACK

Prix de Thèse SBCF 2021 : Lise NOACK

Chaque année, la Société de Biologie Cellulaire de France (SBCF) attribue un prix de thèse d’une valeur de 1500 €, afin de récompenser des travaux remarquables contribuant à une avancée notable dans le domaine de la biologie cellulaire. Cette année, le prix de thèse SBCF 2021 a été attribué à Lise Noack sur l’identité membranaire assurée par les phospholipides de type PIP4 chez les plantes. Ses travaux ont permis de caractériser le rôle essentiel d’une kinase (PI4 kinase alpha 1) dans l’établissement d’un gradient de PIP4 et de charge le long de la voie endocytaire. L’activité de cette kinase dans un complexe moléculaire est notamment indispensable à la formation des grains de pollen. Ses travaux sont notamment publiés dans The Plant Cell, 2021 (doi : 10.1093/plcell/koab135). Lise a fait sa thèse dans le laboratoire “Signalisation lipidique dans le développement et dans les interactions avec l’environnement » sous la direction d’Yvon Jallais, au laboratoire Reproduction et Développement des plantes à l’Ecole Normale Supérieure de Lyon. La SBCF lui adresse ses vœux de réussite pour la poursuite de sa brillante carrière !