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Le LBMC en quelques mots
Localisé à l’ENS de Lyon, dans un environnement multidisciplinaire riche, le LBMC est un laboratoire de biologie expérimentale dont l’objet d’étude est la cellule, l’unité fondamentale du vivant (historique du LBMC ici).
Les équipes de recherche du laboratoire s’attachent à intégrer différents aspects de la vie cellulaire comme la prolifération, la différenciation, et l’interaction avec l’environnement cellulaire dans un contexte normal ou pathologique.
Les projets de recherche du LBMC impliquent :
- une large variété d’organismes modèles comme les levures, le nématode, les insectes (drosophile et grillons), les rongeurs, les cellules aviaires, murines et humaines.
- une large variété d’approches de biologie cellulaire allant de leur culture à la microscopie grâce à un plateau technique performant, le Platim.
- une large variété d’approches de biologie moléculaire allant de la génération de modèles génétiques (basés notamment sur l’utilisation de CRISPR) à la génération de données à large échelle (en particulier en génomique et transcriptomique).
La recherche fondamentale menée au laboratoire s’appuie sur une expertise en biologie cellulaire et moléculaire et est résolument tournée vers l’interdisciplinarité intégrant des approches en (bio)informatique, (bio)physique et (bio)mathématique. Nous sommes convaincus que l'intégration de ces disciplines représente un axe de recherche essentiel et nous cherchons à promouvoir cette approche interdisciplinaire dans nos projets.
Biomathématique
Le LBMC développe activement des collaborations entre biologistes, mathématiciens, informaticiens et statisticiens afin de mettre en œuvre des approches méthodologiques innovantes permettant de répondre aux défis posés par la biologie computationnelle. Dans ce contexte, deux approches méthodologiques sont poursuivies en particulier au LBMC : la modélisation dynamique d'une part et l'intelligence artificielle et l'apprentissage automatique d'autre part (AI / machine learning).
Biophysique
Plusieurs approches de biophysique sont régulièrement utilisées dans nos programmes de recherche : cela va de techniques expérimentales avancées telle que la microfluidique au développement de modèles biophysiques pour appréhender la nature physique intrinsèque des processus biologiques et des biomolécules.
Bioinformatique
Pour donner du sens à la formidable quantité d'information collectée par les expériences de biologie modernes, nous utilisons régulièrement au LBMC des algorithmes intégrant de l'IA et de l'apprentissage automatique (machine learning). Nous développons aussi des modèles d'apprentissage automatique pour l'analyse de données d'expériences originales produites au laboratoire par diverses technologie de séquençage à haut débit et d'imagerie.
Un atout important de l'ENS de Lyon est l'interdisciplinarité de son enseignement. Plusieurs professeurs, maîtres de conférences et chercheurs du LBMC embrassent cette tendance vers une plus grande interaction entre biologie, mathématique, physique, informatique et au-delà. Au sein du département de Biologie, nous participons activement à ce mouvement et aux nouveaux curriculums d'enseignement (2022-) de la Licence au Master (L3 à M2). Certains d'entre nous sont impliqués dans le M2 Systèmes Complexes dirigés par l'IXXI.
Bref historique
Le LBMC a été fondé en 1987 par le Professeur Jacques DAILLIE au moment de la création de l’Ecole Normale Supérieure de Lyon (ENSL).
D'emblée plusieurs modèles expérimentaux eucaryotes ont été développés par des équipes indépendantes. Cette vocation généraliste et cette volonté de placer les équipes au centre de la structure se justifiait par le souci d’aborder toute la diversité du vivant, de favoriser les approches multidisciplinaires, de bénéficier des modèles et des techniques les plus performants et de disposer au sein de l’ENSL de toutes les compétences nécessaires à sa mission d’enseignement. Cette démarche prenait également en compte l’évolution de la biologie moléculaire qui, confiné à quelques systèmes modèles dans les années 60-70, commençait à diversifier ses objets d’étude, revisitait les mécanismes de biologie cellulaire et tendait vers une description intégrée des grandes fonctions du vivant. La mise en place des différents modèles du LBMC s’est effectuée dans un souci de complémentarité thématique, permettant de couvrir les principaux champs de la biologie des cellules eucaryotes (hormis la biologie végétale) : mécanismes régulant l’expression des gènes, biologie du noyau, épigénétique, génomique, signalisation, contrôles de la prolifération, de la différentiation, de la mort et de la sénescence des cellules, cycle cellulaire, virologie, endocrinologie, immunologie, neurobiologie, évolution, développement et oncogenèse.
Lorsqu’une des thématiques du laboratoires atteignait une solidité suffisante, elle a pu conduire au bourgeonnement de nouvelles structures. Citons par exemple, le départ des équipes d’immunologie (Chantal Rabourdin Combe et Jacqueline Marvel) pour créer une unité INSERM dans les locaux de l’ex-Institut Pasteur de Lyon (aujourd’hui le CERVI). Ce rôle de "pépinière" se poursuit encore aujourd’hui à travers le projet de création en 2007 de l’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon, créé par J. Samarut, ancien directeur du LBMC jusqu’en 1997. Un autre exemple d’institut créé par une ancienne équipe du LBMC est l’IRCAN, à Nice, créé en 2010 par E. Gilson, également ancien directeur du LBMC. Enfin, en 2016, l’INMG est créé à l’initiative de Laurent Schaeffer, directeur du LBMC jusqu’en 2015, pour développer une nouvelle communauté de chercheurs autour de la neurobiologie moléculaire et cellulaire et la biologie du système neuromusculaire.
Depuis sa création, le LBMC est soutenu par le CNRS et l’ENSL sous la forme d’une unité mixte de recherche L’Université Claude Bernard Lyon 1 et l l’INSERM ont soutenu et continu de soutenir le laboratoire.