documentation:tutorials:visualisation

Différences

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documentation:tutorials:visualisation [2020/05/07 14:10] – [3,5. Connexion depuis l'extérieur (Linux, Mac)] ltaulelldocumentation:tutorials:visualisation [2023/12/12 11:00] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
Ligne 1: Ligne 1:
-====== Serveur de visualisation ====== 
- 
-La machine **r740visu** est dédiée à la visualisation intensive (OpenGL/Mesa/CUDA) au PSMN. 
- 
-Elle est équipé de deux processeurs Intel Xeon Gold 5122 à 3.60GHz (16 coeurs logiques) et de 192 GiB de RAM. 
-Elle est accessible en **x2go**, et dispose d'un accélérateur matériel **NVidia Quadro P4000©**. 
- 
-Enfin, et surtout, elle donne accès au ''/scratch/E5N'' (système de scratch commun aux files d'attentes ''E5-*''). 
- 
-<WRAP round important>**r740visu n'est pas une machine de soumission.**</WRAP> 
- 
-<WRAP info>Cette machine a été mise en place grâce aux travaux préparatoires, recettes et intégrations réalisés sur la plate-forme expérimentale du CBP.</WRAP> 
- 
- 
-===== 1. Prérequis ===== 
- 
-  - [[documentation:tutorials:ssh:accueil|Se connecter aux clusters]] 
-  - [[documentation:tutorials:ssh:clef_agent_ssh|Utiliser des clefs SSH et un agent-ssh]] (ou [[documentation:tutorials:ssh:putty|PuTTY/KiTTY pour Windows]]) 
-  - [[documentation:tutorials:ssh:multihop_ssh|Faire des rebonds avec SSH]] 
-  - Installer **x2go** (x2goclient) sur le poste utilisateur (Linux, Mac ou Windows => http://wiki.x2go.org/doku.php ) 
- 
-===== 2. Configuration de x2goclient ===== 
- 
-  * Nouvelle session 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-01-config.png?direct&300 |}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-  - Session -> New, 
-  - Vous pourrez revenir aux paramêtres en cliquant sur la petite tête de flèche, 
-  - La session est enregistrée dans ce rectangle blanc. 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-  * Paramètres : Onglet Session 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-02-config.png?direct&300 |}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-  - Nommez la session, 
-  - Host = **r740visu**, 
-  - Try auto login -> Checked, 
-  - Use proxy server -> Checked, 
-  - SSH -> Checked, 
-  - Host = **allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr**, 
-  - Same login -> Checked, 
-  - Same password -> Checked, 
-  - ssh-agent -> Checked, 
-  - Session type = :!: **XFCE** :!:. 
- 
-Dans le cas d'une connexion par tunnel (Windows/PuTTY), reportez-vous au [[documentation:tutorials:visualisation#connexion_windows_putty_exterieur|paragraphe 4]] 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-<note warning>:!: **ATTENTION : le ''Session type'' DOIT être ''XFCE''** :!:</note> 
- 
- 
-  * Paramètres : Onglet Connection 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-03-config.png?direct&300 |}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-  - choisissez une vitesse entre ADSL et WAN. 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-  * Paramètres : Onglet Input/Output 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-04-config.png?direct&300 |}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-  - Personnalisez la taille d'écran, ou laissez en Full/whole, your choice, 
-  - Au besoin, forcez les réglages du clavier (Mac et Windows). 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-  * Paramètres : Onglet Média 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-05-config.png?direct&300 |}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-  - Sound support -> Unchecked, 
-  - printing support -> Unchecked. 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-  * Paramètres : Onglet Dossiers 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-06-config.png?direct&300 |}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-//(rien à faire)// 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
- 
-===== 3. Connexion directe ===== 
- 
-Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'intérieur de l'École (voir {{documentation:tutorials:diagramme_ssh_interne.png?linkonly|infographie}}). 
- 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{:documentation:tutorials:diagramme_ssh_interne.png?direct&300|}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-__Légende :__ 
-  * **noir** : lien physique 
-  * <wrap round notice>bleu</wrap> : connexion ssh standard 
-  * <wrap round danger>rouge</wrap> : connexion ssh virtuelle (rebonds) 
-  * <wrap round safety>vert</wrap> : liaison NFS (/home) 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-01-config.png?direct&300 |}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-Cliquez simplement sur la session de votre choix (flèche 3) pour lancer le processus de connexion. 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-Résultat attendu : 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-r730visu-07-xfce-desktop.png?direct |XFCE Desktop}} 
- 
- 
-===== 3,5. Connexion depuis l'extérieur (Linux, Mac) ===== 
- 
-Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'extérieur de l'École, **depuis un client Linux ou Mac OSX**. Il faut que les rebonds SSH soient actifs, assurez-vous d'avoir lu (comprise et testée) la [[documentation:tutorials:ssh:multihop_ssh|documentation correspondante]]. 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{:documentation:tutorials:diagramme_ssh_externe.png?direct&300|}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-__Légende :__ 
-  * **noir** : lien physique 
-  * <wrap round notice>bleu</wrap> : connexion ssh standard 
-  * <wrap round danger>rouge</wrap> : connexion ssh virtuelle (rebonds) 
-  * <wrap round safety>vert</wrap> : liaison NFS (/home) 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-  * Modification minimale à faire dans votre ''~/.ssh/config'' (sur poste chercheur) : 
- 
-<code bash> 
-Host allo-psmn-multihop 
-  User $USER 
-  ProxyCommand ssh -qt $USER@ssh.psmn.ens-lyon.fr tcpconnect allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr %p 
-</code> 
- 
-<wrap important>Remplacez ''$USER'' par votre login au PSMN</wrap> 
- 
-  * Modification x2go : 
- 
-Remplacez, dans l'onglet ''Session'', bloc ''Proxy server'', case ''Host'', ''allo-psmn.psmn.ens-lyon.fr'' par la nouvelle configuration : ''allo-psmn-multihop''. Vous devez obtenir la même chose qu'au §3 à l'ouverture de session x2go. 
- 
-===== 4. Connexion depuis l'extérieur (Windows/PuTTY) ===== 
- 
-Ce paragraphe concerne une connexion à la machine de visualisation depuis l'extérieur de l'École **depuis Windows** (voir {{documentation:tutorials:diagramme_ssh_externe.png?linkonly|infographie}}). 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
- 
-{{:documentation:tutorials:diagramme_ssh_externe.png?direct&300|}} 
- 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
- 
-__Légende :__ 
-  * **noir** : lien physique 
-  * <wrap round notice>bleu</wrap> : connexion ssh standard 
-  * <wrap round danger>rouge</wrap> : connexion ssh virtuelle (rebonds) 
-  * <wrap round safety>vert</wrap> : liaison NFS (/home) 
- 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
- 
-==== Créer un tunnel SSH ==== 
- 
-<note important>**Les étapes qui suivent supposent que vous ayez déja configuré vos rebonds SSH vers allo-psmn (cf [[documentation:tutorials:ssh:putty&#configurer_le_proxy_putty_plink|cette documentation]])**</note> 
- 
-La première étape consiste à créer un tunnel SSH vers la machine de visualisation : 
- 
-  * Copiez la session de la passerelle (allo-psmn, Load, renommez, save). 
- 
-Changez le ''Host Name'' pour celui de la machine de visualisation (ici, pour l'exemple, r740visu). Donc, renommez la session en **r740visu** (pour suivre l'exemple) et sauvegardez. 
- 
-<note important>**Veillez à bien saisir le nom complet dans ''Host Name'' (ici r740visu.psmn.ens-lyon.fr)**</note> 
- 
-{{:documentation:tutorials:putty_conf_session_visu.png?direct&300|}}. 
- 
-  * Dans ''Connection->Proxy'', sélectionnez ''Local''. 
-  * Dans ''Connection->Proxy'', réglez ''Telnet command'' ainsi : <code>plink.exe -load allo-psmn -nc %host:%port</code> 
- 
-{{:documentation:tutorials:putty_conf_conn_proxy_x5770.png?direct&300|}} 
- 
-  * Dans ''Connection->SSH->Tunnels'', réglez ''Source port'' sur le port 2222 et ''Destination'' sur <code>r740visu.psmn.ens-lyon.fr:22</code> 
- 
-{{:documentation:tutorials:putty_conf_tunnel_visu.png?direct&300|}} 
- 
-  * Revenez dans ''Session'', sauvegardez, puis cliquez sur ''Open''. Votre tunnel est à présent ouvert. 
- 
-==== Connexion X2Go ==== 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
-<note important>**La session SSH de Putty vers r740visu doit rester ouverte, il ne faut pas fermer la fenêtre de connexion**</note> 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
-{{:documentation:tutorials:putty-tunnel-cmd.png?direct&300|}} 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
-<WRAP group> 
-<WRAP half column> 
-{{:documentation:tutorials:x2go.png?direct&300|}} 
-</WRAP> 
-<WRAP half column> 
-Le paramétrage de la session X2Go est le suivant : 
- 
-  * Dans ''Hôte'' saisissez ''localhost'' 
-  * Dans ''Identifiant'' saisissez votre login 
-  * Réglez ''Port SSH'' sur 2222 
-  * Cochez la case ''Essayer l'authentification automatique'' 
-  * Réglez ''Type de session'' sur ''XFCE'' 
-</WRAP> 
-</WRAP> 
- 
- 
-Validez avec OK, puis double-cliquez sur l'icône de la session dans la partie droite du client X2Go. Vous êtes maintenant connecté à l'interface graphique de la machine. 
- 
-{{:documentation:tutorials:x2go_desktop.png?direct&300|}} 
- 
- 
-===== 5. Utilisation ===== 
- 
-Chaque application installée dans l'environnement PSMN peut être utilisée telle quelle. 
- 
-==== Pavé numérique ==== 
- 
-Si votre pavé numérique n'est pas reconnu, dans un terminal, executez le programme ''numlockx''. 
- 
-==== modulefiles ==== 
- 
-Pour chaque application nécessitant le chargement d'un modulefile, il faut, depuis un terminal, loader le modulefile puis exécuter l'application. 
- 
-Les sessions x2go ignorent parfois le chargement de ''~/.profile''. Vous pouvez forcer à la main : ''source ~/.profile'', ou ajouter cette ligne dans votre ''~/.bashrc'' :  
- 
-<code bash>source /usr/share/lmod/lmod/init/bash</code> 
- 
-==== VirtualGL ==== 
- 
-Pour chaque application nécessitant une accélération matérielle (OpenGL/GLX/GLSL/...), après le chargement du modulefile correspondant, il faut préfixer l'appel à l'application par l'appel à VirtualGL : ''vglrun MyApp'' 
- 
-===== 6. Exemples ===== 
- 
-  * VMD 
-   
-Dans un terminal : 
- 
-<code> 
-source ~/.profile 
-module load VMD/1.9.2 
-vglrun vmd 
-</code> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-r730visu-08b-vmd.png?direct |VMD}} 
- 
-  * molden/gmolden 
- 
-Dans un terminal : 
- 
-<code> 
-source ~/.profile 
-module load Molden/5.4 
-vglrun gmolden 
-</code> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-r730visu-09-gmolden.png?direct |gmolden}} 
- 
-  * ParaView 
- 
-Dans un terminal : 
- 
-<code> 
-source ~/.profile 
-module load ParaView/4.4.0 
-vglrun paraview 
-</code> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-r730visu-10-paraview-pressure.png?direct |ParaView "pressure-volume"}} 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-r730visu-11-paraview-surfacelic.png?direct |ParaView "velocity-surfaceLIC}} 
- 
-  * Avogadro 
- 
-Dans un terminal : 
- 
-<code> 
-source ~/.profile 
-vglrun avogadro 
-</code> 
- 
-{{ :documentation:tutorials:x2go-r730visu-12-avogadro.png?direct&600 |}} 
  
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