====== Abinit ======

 * ABINIT is a software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, and other observable properties of materials. Starting from the quantum equations of density functional theory, you can build up to advanced applications with perturbation theories based on DFT, and many-body Green's functions (GW and DMFT) .

^  Version  ^  Compilateur  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^  module à charger  ^

|  8.6.3  |  openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6   | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6/bin |  Debian 9  | ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6  |
|  8.6.3  |  openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6/bin |  Debian 9  | ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4  |
|  8.10.3  |  openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4/bin |  Debian 9  | ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4  |
|  9.4.1  |  openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/9.4.1/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4/bin |  Debian 9  | module load ABINIT/9.4.1/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4  |




Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

===== Site officiel =====

  * http://www.abinit.org

====== Script de soumission (exemple) ======


''qsub parexemple.sh''

<code bash parexemple.sh>

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#
#$ -N Test_13_5000K_snps3000 # Job name#### For testing
#$ -q E5_test
#$ -pe test_debian 32
#
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
HOSTFILE=${TMPDIR}/machines
cd ${SGE_O_WORKDIR}
#
### configurer l'environnement
module purge
module load ABINIT/8.6.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4 
PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0"
MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun"
#
$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < a13_5000K_snps3000.files > a13_5000K_snps3000.log
# fin

</code>

====== Tutoriel ABINIT "tutoparal" ======

Plusieurs tutoriels sont proposés par ABINIT dans le répertoire share/abinit-test de chaque installation. 
On peut suivre tous ces tutoriels, ci-dessous sont présentées les étapes pour suivre le tutoriel "tutoparal" de la version 8.10.3 :


    * Rapatriement du tutoriel dans le compte utilisateur 

<code bash>
$ mkdir -p ~/Tests/tests_ABINIT

$ cp -a /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4/share/abinit-test/tutoparal ~/Tests/tests_ABINIT/tutoparal_ABINIT-8.10.3

$ cp /applis/PSMN/debian9/software/Local/ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4/share/abinit-test/Psps_for_tests ~/Tests/tests_ABINIT/

</code>

    * Définition de l'environnement de travail 

<code bash>
$ cd ~/Tests/tests_ABINIT/tutoparal_ABINIT-8.10.3/Input
$ module load ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4
</code>

    * Exécution de l'étape préparatoire 

<code bash>
$ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log
</code>

    * Exécution du calcul DFPT
 
<code bash>
$ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK
$ cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ
$ mpirun -np 4 abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log
</code>

A la fin de l'exécution, les fichiers de sortie peuvent être comparés à ceux de référence fournis dans le répertoire Refs. 


<note> Les étapes précédents correspondent au premier cas test du tutoriel ; le second cas test peut être lancé de la même manière, mais étant donné le temps CPU important requis (plusieurs heures de calcul), il est préconisé de le lancer en mode Batch cf. ci-dessous </note>
<note> Le calcul MBT suit les mêmes étapes </note>

    * Lancement en mode Batch 

Les étapes précédentes étant exécutées en mode Interactif, mais pour plus de rapidité et pour poursuivre les calculs en mode production, ces étapes sont à exécuter en mode Batch (soumission aux queues SGE), en soumettant un script de soumission classique ABINIT, comme suit :


<code bash>

$ qsub script_abinit

où script_abinit contient : 

$ cat script_abinit
#!/bin/bash
#
#$ -N Test # Job name
#
#### For testing
####$ -q E5_test
#$ -q h48-E5-2670deb128
####$ -pe test_debian 32
#$ -pe mpi16_debian 16
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
HOSTFILE=${TMPDIR}/machines
cd ${SGE_O_WORKDIR}/Input
### configurer l'environnement
module purge
module load ABINIT/8.10.3/openmpi-3.0.0-gcc-7.2.0-fftw-3.3.6-mkl-2017.4
#
### au besoin, forcer l'env OpenMPI
PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0"
MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun"
##
##
NSLOTS=4
###### First test
##Preparatory step 1
$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_01.files > tdfpt_01.log
cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFK
cp tdfpt_01.o_WFK tdfpt_02.i_WFQ
## Test case, step 2 (DFPT calculation)
$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_02.files > tdfpt_02.log 
##
##
###### Second test
##Preparatory step 1
$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_03.files > tdfpt_03.log
cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFK
cp tdfpt_03.o_WFK tdfpt_04.i_WFQ
## Test case, step 2 (DFPT calculation)
$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} abinit < tdfpt_04.files > tdfpt_04.log
#


# fin
</code>