====== GATK / Genome Analysis Toolkit ======

This toolkit offers a wide variety of tools with a primary focus on variant discovery and genotyping.

^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  4.1.7.0  |  java/R/Python  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/4.1.7.0  |  generic  |
| | **modulefile** : GATK/4.1.7.0  ||||
|  3.8-1  |  java  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/3.8-1/  |  generic  |
| | **modulefile** : GATK/3.8-1  ||||
|  3.6  |  java  |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/3.6/  |  generic  |
| | **modulefile** : GATK/3.6  ||||
|  3.4-46  | java   |  N/A  |  /applis/PSMN/generic/GATK/3.4-46/  |  generic  |
| | **modulefile** : GATK/3.4-46  ||||


Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]

Les dépendances sont incluses dans le modulefile (R, Python3, Java, ...).

Usage :

''$GATKHOME'' est une variable d'environnement exposée par le modulefile ''GATK/<version>''.

  * **Version(s) 4** :

Le wrapper python2 est directement disponible dans le ''$PATH''.

<code bash>
gatk --version/--help
</code>

  * **Version(s) 3** :

<code bash>
java -jar $GATKHOME/GenomeAnalysisTK.jar --help
</code>

===== Site officiel =====

  * https://www.broadinstitute.org/gatk/