Ceci est une ancienne révision du document !
Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est GridEngine (SGE).
Pour utiliser au mieux les ressources, il convient de bien remplir les serveurs de calculs. Pour cela, nous disposons de deux moyens :
Remplir “au mieux” mène rapidement à un morcellement, entre les serveurs de calcul, des applications parallélisées via OpenMPI.
Le remplissage “au mieux” n'est donc mis en place pour les applications parallèles OpenMPI que sur certaines queues ; sur les autres le remplissage par multiple d'un serveur de calcul entier est privilégié.
L'allocation automatique se fait selon deux critéres :
La règle de calcul qui guide l'allocateur de ressource est le PE (parallel environment) qui indique si les coeurs doivent être :
Une priorité :
est appliqué par le système de batch. Ceci afin de répartir plus équitablement les ressources disponibles.
Dans la configuration actuelle du système de batch, les serveurs de compilation/frontales sont tous des serveurs de soumission.
Reportez vous à la page sur nos différents systèmes de scratch.
Attention : Dans le cas d'un code compilé par l'utilisateur, l'architecture processeur et la version de système d'exploitation (OS) déterminent le choix du serveur de compilation et donc, des files d'attente utilisables. Toutes nos machines fonctionnent actuellement en OS Debian 9.
Ces files d'attente acceptent les jobs séquentiels, parallèles (openMP, multithreads, etc.) et multi-serveurs (OpenMPI) pour des durées courtes.
File d'attente | Groupe de serveurs | PE (Parallel Environment) | Réseau | Nb de cpus utilisables | Temps maximal | Scratch |
---|---|---|---|---|---|---|
h48-E5-2670deb128 | c8220deb128 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 192 (par 16) | 48 h | E5 |
h48-E5-2670deb128 | c8220deb128 | openmp8, openmp16 | sans objet | 8 ou 16 par | 48 h | E5 |
h6-E5-2667v4deb128 | c6320deb128v4 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 96 (par 16 | 6 h | E5 |
h6-E5-2667v4deb128 | c6320deb128v4 | openmp8, openmp16 | sans objet | 8 ou 16 par serveur | 6 h | E5 |
Le walltime (temps maximum d'éxecution) est de 168 h, sauf précision.
File d'attente | Groupe de serveurs | PE (Parallel Environment) | Réseau | Nb de cpus utilisables | Temps maximal | scratch |
---|---|---|---|---|---|---|
CLG6242deb384A | c6420deb384 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG6242deb384B | c6420deb384 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG6242deb384B | c6420deb384 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 768 (par 16) | 168 h | Lake |
CLG6242deb384C | c6420deb384 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 320 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG6242deb384C | c6420deb384 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 320 (par 16) | 168 h | Lake |
CLG6242deb384C | c6420deb384 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 320 (par 8) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192A | c6420deb192 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192B | c6420deb192 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192B | c6420deb192 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 768 (par 16) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192C | c6420deb192 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192C | c6420deb192 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 768 (par 16) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192D | c6420deb192 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192D | c6420deb192 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 768 (par 16) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192D | c6420deb192 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 768 (par 8) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192Themiss (avec autorisation) | c6420deb192 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 320 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192Themiss (avec autorisation) | c6420deb192 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 320 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192Themiss (avec autorisation) | c6420deb192 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 320 (par 32) | 168 h | Lake |
SLG5118deb96 | c6420deb96 | mpi24_debian | Infiniband | de 24 à 384 (par 24) | 168 h | Lake |
SLG6142deb384A | c6420deb384 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
SLG6142deb384B | c6420deb384 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
SLG6142deb384C | c6420deb384 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 128 (par 16) | 168 h | Lake |
SLG6142deb384D | c6420deb384 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 256 (par 16) | 168 h | Lake |
E5-2667v2deb128 | c8220deb128v2 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 384 (par 16) | sans limite de temps | E5 |
E5-2667v2deb128nl | c8220deb128v2 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 256 (par 16) | sans limite de temps | E5 |
E5-2667v2deb128nl | c8220deb128v2 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 256 (par 8) | sans limite de temps | E5 |
E5-2667v4deb128 | c6320deb128v4 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 128 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2667v4deb256A | c6320deb256v4 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2667v4deb256A | c6320deb256v4 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 384 (par 8) | 168 h | E5 |
E5-2697Av4deb256A | c6320deb256Av4 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 384 (par 32) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128A | c8220deb128 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128B | c8220deb128 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128C | c8220deb128 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128D | c8220deb128 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128E | c8220deb128 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128F | c8220deb128 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128D | c8220deb128 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128E | c8220deb128 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
E5-2670deb128F | c8220deb128 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 384 (par 16) | 168 h | E5 |
SSD-E5-2670deb256A (avec autorisation) | c8220deb256 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 128 (par 16) | sans limite de temps | E5 |
SSD-E5-2670deb256B (avec autorisation) | c8220deb256 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 128 (par 16) | sans limite de temps | E5 |
SSD-E5-2670deb256C | c8220deb256 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 128 (par 16) | 192 h | E5 |
r820deb768 (avec autorisation) | r820deb768 | mpi16_debian | Infiniband | de 16 à 32 (par 16) | sans limite de temps | E5 |
x5650lin24 | sl390lin24 et c6100lin24 | mpi12_debian | Infiniband | de 12 à 288 (par 12) | 168 h | X5 |
x5650lin24 | sl390lin24 et c6100lin24 | mpi_debian | Infiniband | de 2 à 288 | 168 h | X5 |
x5650lin24 | sl390lin24 et c6100lin24 | namd12 | Infiniband | 12 | 168 h | X5 |
x5570deb48 | r422 | mpi8_debian | Infiniband | de 8 à 192 (par 8) | 168 h | X5 |
r815lin128ib | r815lin128 | mpi32_debian | Infiniband | de 32 à 384 (par 32) | 168 h | X5 |
File d'attente | Groupe de serveurs | PE (Parallel Environment) | Réseau | Nb de cpus utilisables | Temps maximal | scratch |
---|---|---|---|---|---|---|
CLG6242deb384A | c6420deb384 | openmp32, gaussian32 | sans objet | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG6242deb384B mi avril | c6420deb384 | openmp32, gaussian32 | sans objet | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG6242deb384C | c6420deb384 | openmp32, gaussian32 | sans objet | de 32 à 320 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192A | c6420deb192 | openmp32, gaussian32 | sans objet | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192B | c6420deb192 | openmp32, gaussian32 | sans objet | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192C | c6420deb192 | openmp32, gaussian32 | sans objet | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192D | c6420deb192 | openmp32, gaussian32 | sans objet | de 32 à 768 (par 32) | 168 h | Lake |
CLG5218deb192Themiss (avec autorisation) | c6420deb192 | openmp32, gaussian32 | sans objet | de 32 à 320 (par 32) | 168 h | Lake |
SLG5118deb96 | c6420deb96 | openmp24, openmp12 | sans objet | 1 x 24 ou 2 x 12 | 168 h | Lake |
SLG6142deb384A | c6420deb384 | openmp32, gaussian32 | sans objet | 32 par serveur | 168 h | Lake |
SLG6142deb384B | c6420deb384 | openmp32, gaussian32 | sans objet | 32 par serveur | 168 h | Lake |
SLG6142deb384C | c6420deb384 | openmp32, gaussian32 | sans objet | 32 par serveur | 168 h | Lake |
SLG6142deb384D | c6420deb384 | openmp32, gaussian32 | sans objet | 32 par serveur | 168 h | Lake |
E5-2667v2deb128 | c8220deb128v2 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | sans lmite de temps | E5 |
E5-2667v2deb128nl | c8220deb128v2 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | sans lmite de temps | E5 |
E5-2667v4deb128 | c6320deb128v4 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2667v4deb256A | c6320deb256v4 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2697Av4deb256 | c6320deb256Av4 | openmp32, gaussian32 | sans objet | 32 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2670deb128A | c8220deb128 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2670deb128B | c8220deb128 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2670deb128C | c8220deb128 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2670deb128D | c8220deb128 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2670deb128E | c8220deb128 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2670deb128F | c8220deb128 | openmp16, gaussian16 | sans objet | 16 par serveur | 168 h | E5 |
SSD-E5-2670deb256A | c8220deb256 | openmp16, gaussian16, openmp8, gaussian8 | sans objet | 1 x 16 ou 2 x 8 | sans limite de temps | E5 |
SSD-E5-2670deb256B (avec autorisation) | c8220deb256 | openmp16, gaussian16, openmp8, gaussian8 | sans objet | 1 x 16 ou 2 x 8 | sans limite de temps | E5 |
SSD-E5-2670deb256C (avec autorisation) | c8220deb256 | openmp16, gaussian16, openmp8, gaussian8 | sans objet | 1 x 16 ou 2 x 8 | 192 h | E5 |
r820deb768 (avec autorisation) | r820deb768 | openmp32, gaussian32, openmp16, gaussian16, openmp8, gaussian8 | sans objet | 1 x 32 ou 2 x 16 ou 4 x 8 | sans limite de temps | E5 |
x5650lin24 | sl390lin24 et c6100lin24 | openmp12, gaussian12 | sans objet | 12 | 168 h | X5 |
x5570deb48 | r422 | openmp8, gaussian8 | sans objet | 8 | 168 h | X5 |
r815lin128ib | r815lin128 | openmp32, gaussian32, openmp16, gaussian16, openmp8, gaussian8 | sans objet | 1 x 32 ou 2 x 16 ou 4 x 8 | 168 h | X5 |
NVidia drivers 418.43. Cuda is now available as module : cuda/9.0 and cuda/9.2
File d'attente | Groupe de serveurs | Réseau | Nb de gpus utilisables | Temps maximal | scratch |
---|---|---|---|---|---|
r730gpuRTX2080ti (avec autorisation) | r730gpgpu | Infiniband | 2 RTX2080ti par serveur | 168 h | Lake |
r720gpuGTX980 (avec autorisation) | r720gpgpu | Infiniband | 2 GTX780 par serveur | 168 h | E5 |
E5-2670gpuK20deb128 | c8220deb128 | Infiniband | 2 K20 par serveur | 168 h | E5 |
Dédiées aux tests de type MPI (Message Passing Interface) : OpenMPI, MPICH ou équivalents (distribution, communication, lectures et écritures parallèles).
Ces files ne fonctionnent pas en OpenMP. Elles servent exclusivement aux tests MPI
File d'attente | Groupe de serveurs | PE (Parallel Environment) | Réseau | Nb de cpus utilisables | Temps maximal | Scratch |
---|---|---|---|---|---|---|
E5_test | c8220v2deb128 | test_debian | Infiniband | de 2 à 48, 48 disponibles au total | 5mn | E5 |
Il est possible de lancer des tests multiprocesseurs (OpenMP, multithreads ou équivalents) jusqu'à deux maximum.
File d'attente | Groupe de serveurs | PE (Parallel Environment) | Réseau | Nb de cpus utilisables | Temps maximal | Scratch |
---|---|---|---|---|---|---|
h6-E5-2667v4deb128 | c6320deb128v4 | openmp8, openmp16 | sans objet | 8, 16 | 6 h | E5 |
h48-E5-2670deb128 | c8220deb128 | openmp8, openmp16 | sans objet | 8, 16 | 48 h | E5 |
File d'attente | Groupe de serveurs | Nb de cpus utilisables | Temps maximal | Scratch |
---|---|---|---|---|
monointeldeb24 (2Go par coeur) | sl390lin24 | 120 au maximum | 168 h | X5 |
monointeldeb48 (4Go par coeur) | sl390lin48 | 192 au maximum | 168 h | X5 |
monointeldeb128 (16Go par coeur) | r730gpgpu | 126 au maximum | 168 h | Lake |
matlab (2Go par coeur) | r815lin192 | 20 au maximum | 336 h | X5 |
matlabbig (12Go par coeur) | r815lin192 | 12 au maximum | 744 h | X5 |
r820deb768 (24Go par coeur) | r820deb768 | 32 au maximum | 744 h | E5 |
Il n'y a pas de files spécifiques pour les tests monoprocesseurs. Utilisez les frontales (dans les limites du raisonnable).
Un certain nombre de files d'attentes sont spécifiques à un programme, un groupe d'utilisateurs, un projet, etc. Ces files sont créés et supprimées en fonction des besoins exprimés auprès du Staff PSMN et ne sont pas documentées. De même certaines queues peuvent voir leur nombre de coeurs utilisables diminué pour cause de maintenance ou d'usage spécifique.