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documentation:examples:modules [2013/02/11 11:57]
ltaulell créée
documentation:examples:modules [2018/01/05 14:25] (Version actuelle)
ltaulell [Usage]
Ligne 1: Ligne 1:
 ====== Environment Modules ====== ====== Environment Modules ======
  
-<​note ​important>Disponible uniquement sur Centos6.2 et Debian7</​note>​+<​note ​warning>FIXME update needed</​note>​
  
 ===== Usage ===== ===== Usage =====
Ligne 7: Ligne 7:
   * Charger l'​environnement du PSMN   * Charger l'​environnement du PSMN
 <​code>​ <​code>​
-module use /usr/local/Modules+module use /applis/PSMN/Modules
 </​code>​ </​code>​
  
Ligne 21: Ligne 21:
  
  
-===== Modules disponibles =====+===== Modules disponibles ​(Novembre 2014) =====
  
 <​code>​ <​code>​
-:~$ module avail+~$ module avail
  
--------------------------------------------------------- /usr/local/Modules/ --------------------------------------------------------- +---------------------------- ​/​applis/​PSMN/​Modules ​----------------------------
-ADF/2010.02                  CP2K/2.2.426-deb7            PhyML/20120412 ​              ​Spinevolution/3.4.4 +ADF/2010.02 ​                                   FastTree/2.1.7                                 ​Primer3/2.3.4 
-AllPathsLG/r42874-cen5-amd   ​Celera/WGS-7.0               PhyML/3.0                    ​Trinity/r2011-11-26-cen5 +ADF/2012.01 ​                                   GMAP/2014-10-22                                R/2.15.1 
-AllPathsLG/r42874-cen6-intel ​HTSeq/0.5.3p3                Phylobayes/3.3b-deb7         ​Trinity/r2012-06-08-cen5 +ADF/​2013.01 ​                                   Gaussian/​g03-lasim                             ​R/​3.0.2 
-AllPathsLG/r42874-deb7-amd   ​HTSeq/​0.5.3p9                Phylobayes/3.3e-deb7         ​Trinity/r2012-06-08-cen6 +ADF/​2013.01.intelmpi ​                          ​Gaussian/​g09-chimie ​                           RSeQC/​2.3.1 
-Bowtie/​0.12.7 ​               ​MrBayes/3.2.1-deb7-intel-mpi Primer3/2.3.4                ​Trinity/r2012-06-08-deb7 +ADF/​2013.01.platformmpi ​                       Gaussian/​g09-geol                              RSeQC/​2.3.3 
-Bowtie/​2.0.2 ​                MrBayes/3.2.1-deb7-intel-seq RSeQC/2.3                    ​modules.psmn+Abinit/​7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64 ​                 Gaussian/​g09c01-chimie ​                        ​SAMtools/​1.1 
 +Abinit/​7.6.4 ​                                  ​Gaussian/​g09c01-geol                           ​Spinevolution/​3.4.4 
 +AllPathsLG/​r42874-gnu-4.7.1                    Gaussian/​g09c01-icbms                          Spinevolution/​3.4.5 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmp ​                  ​Gaussian/​g09d01-chimie ​                        ​Trinity/​r2012-06-08 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4            Gaussian/​g09d01-geol                           ​Trinity/​r20140413 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP   ​Gaussian/​g09d01-icbms                          Trinity/​r20140717 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP   ​Gaussian/​g09d01-lasim                          VASP/4.6.36-gnu-4.7.2 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP HTSeq/​0.5.3p3 ​                                 VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP HTSeq/0.5.3p9                                  VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 
 +Amber/​12-intel-14.0.1-seq                      HTSlib/1.1                                     VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP ​            ​Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP ​            ​Lammps/​28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ​         VESTA/3.1.7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP ​          ​MAFFT/​7.187 ​                                   VMD/1.9.1 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP ​          MIRA/4.0.2                                     ​Velvet/​1.2.10 
 +BCFtools/​1.1 ​                                  ​Matlab/​R2011b ​                                 aTRAM/​1.01 
 +BLAT/​35 ​                                       Molden/5.0.6                                   fftw/3.3.3-intel-14.0.1 
 +Base/debian7 ​                                  ​Molpro/​2010.1-intel-14.0.1 ​                    ​fftw/​3.3.3-intel-14.0.1-mpi-1.6.4 
 +Base/psmn                                      Molpro/​2010.1-intel-14.0.1-openmp ​             fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp 
 +Base/sge                                       ​MrBayes/​3.2.1-intel-mpi                        intel/​11.1.069 
 +Base/​test ​                                     MrBayes/​3.2.1-intel-seq ​                       intel/​12.0.084 
 +Bowtie/​0.12.7 ​                                 Oases/0.2.8                                    intel/14.0.1 
 +Bowtie/​2.0.2 ​                                  ​OpenAlea/​svn-r4239                             ​modules.psmn 
 +CP2K/​2.2.426 ​                                  ​ParaView/​3.12.0 ​                               openmpi/​1.4.1-intel-11.1.069 
 +CP2K/2.5.1                                     ​ParaView/​4.0.1                                 ​openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2 
 +CP2K/2.5.1-complete ​                           PhyML/​20120412 ​                                ​openmpi/​1.5.4-gnu-4.7.2 
 +CP2K/2.5.1-minimal ​                            ​PhyML/​20140223 ​                                ​openmpi/​1.5.4-intel-12.0.084 
 +Cassandra/2.5.4                                PhyML/3.0                                      openmpi/​1.6.4-gnu-4.7.2 
 +Celera/​WGS-7.0                                 ​Phylobayes/​3.3b ​                               openmpi/1.6.4-intel-12.0.084 
 +Corset/1.03                                    ​Phylobayes/​3.3e                                openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1
  
 </​code>​ </​code>​
documentation/examples/modules.1360580231.txt.gz · Dernière modification: 2015/01/06 14:26 (modification externe)