Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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documentation:examples:modules [2013/03/19 14:06]
ltaulell effacée
documentation:examples:modules [2018/01/05 14:25] (Version actuelle)
ltaulell [Usage]
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 ====== Environment Modules ====== ====== Environment Modules ======
  
-<​note ​important>Disponible uniquement sur Centos6.2 et Debian7</​note>​+<​note ​warning>FIXME update needed</​note>​
  
 ===== Usage ===== ===== Usage =====
  
-  * Charger l'​environnement du PSMN (commande utilisable dans un script)+  * Charger l'​environnement du PSMN
 <​code>​ <​code>​
-module use /usr/local/Modules+module use /applis/PSMN/Modules
 </​code>​ </​code>​
  
Ligne 21: Ligne 21:
  
  
-===== Modules disponibles (février 2013) =====+===== Modules disponibles (Novembre 2014) =====
  
 <​code>​ <​code>​
 ~$ module avail ~$ module avail
  
----------------------------- /usr/local/Modules----------------------------- +---------------------------- /applis/PSMN/Modules ----------------------------- 
-ADF/​2010.02 ​                 PhyML/20120412 +ADF/​2010.02 ​                                   ​FastTree/2.1.7                                 ​Primer3/2.3.4 
-AllPathsLG/​r42874-cen5-amd ​  PhyML/3.0 +ADF/​2012.01 ​                                   GMAP/2014-10-22                                R/2.15.1 
-AllPathsLG/r42874-cen6-intel Phylobayes/3.3b-deb7 +ADF/2013.01 ​                                   Gaussian/​g03-lasim                             R/3.0.2 
-AllPathsLG/r42874-deb7-amd ​  ​Phylobayes/3.3e-deb7 +ADF/2013.01.intelmpi ​                          ​Gaussian/​g09-chimie ​                           RSeQC/2.3.1 
-Bowtie/0.12.7                Primer3/2.3.4 +ADF/2013.01.platformmpi ​                       Gaussian/​g09-geol ​                             ​RSeQC/2.3.3 
-Bowtie/2.0.2                 RSeQC/2.3 +Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64 ​                 Gaussian/​g09c01-chimie ​                        ​SAMtools/​1.
-CP2K/2.2.426-deb7            ​Spinevolution/​3.4.4 +Abinit/​7.6.4 ​                                  ​Gaussian/​g09c01-geol                           Spinevolution/​3.4.4 
-Celera/WGS-7.0               ​Trinity/r2011-11-26-cen5 +AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1                    Gaussian/​g09c01-icbms ​                         Spinevolution/​3.4.5 
-HTSeq/​0.5.3p3 ​               ​Trinity/r2012-06-08-cen5 +Amber/​12-intel-14.0.1-openmp ​                  ​Gaussian/​g09d01-chimie ​                        Trinity/r2012-06-08 
-HTSeq/​0.5.3p9 ​               ​Trinity/r2012-06-08-cen6 +Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 ​           Gaussian/​g09d01-geol ​                          ​Trinity/​r20140413 
-MrBayes/3.2.1-deb7-intel-mpi ​Trinity/r2012-06-08-deb7 +Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP ​  ​Gaussian/​g09d01-icbms ​                         Trinity/​r20140717 
-MrBayes/​3.2.1-deb7-intel-seq modules.psmn+Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP ​  ​Gaussian/​g09d01-lasim ​                         VASP/​4.6.36-gnu-4.7.2 
 +Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP ​HTSeq/​0.5.3p3 ​                                 VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 
 +Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP ​HTSeq/​0.5.3p9 ​                                 VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 
 +Amber/​12-intel-14.0.1-seq ​                     HTSlib/​1.1 ​                                    ​VASP/​5.3.3-intel-14.0.1-debian7 
 +Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP ​            ​Lammps/​11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ​         VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 
 +Amber/​12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP ​            ​Lammps/​28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ​         VESTA/​3.1.7 
 +Amber/​12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP ​          ​MAFFT/​7.187 ​                                   VMD/1.9.1 
 +Amber/​12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP ​          ​MIRA/​4.0.2                                     Velvet/1.2.10 
 +BCFtools/1.1                                   ​Matlab/​R2011b ​                                 aTRAM/​1.01 
 +BLAT/​35 ​                                       Molden/​5.0.6 ​                                  ​fftw/​3.3.3-intel-14.0.1 
 +Base/​debian7 ​                                  ​Molpro/​2010.1-intel-14.0.1 ​                    ​fftw/​3.3.3-intel-14.0.1-mpi-1.6.4 
 +Base/psmn                                      Molpro/​2010.1-intel-14.0.1-openmp ​             fftw/​3.3.3-intel-14.0.1-openmp 
 +Base/​sge ​                                      MrBayes/​3.2.1-intel-mpi ​                       intel/​11.1.069 
 +Base/​test ​                                     MrBayes/​3.2.1-intel-seq ​                       ​intel/​12.0.084 
 +Bowtie/​0.12.7 ​                                 Oases/​0.2.8 ​                                   intel/​14.0.1 
 +Bowtie/​2.0.2 ​                                  ​OpenAlea/​svn-r4239 ​                            modules.psmn 
 +CP2K/​2.2.426 ​                                  ​ParaView/​3.12.0 ​                               openmpi/​1.4.1-intel-11.1.069 
 +CP2K/​2.5.1 ​                                    ​ParaView/​4.0.1 ​                                ​openmpi/​1.4.5-gnu-4.7.2 
 +CP2K/​2.5.1-complete ​                           PhyML/​20120412 ​                                ​openmpi/​1.5.4-gnu-4.7.2 
 +CP2K/​2.5.1-minimal ​                            ​PhyML/​20140223 ​                                ​openmpi/​1.5.4-intel-12.0.084 
 +Cassandra/​2.5.4 ​                               PhyML/​3.0 ​                                     openmpi/​1.6.4-gnu-4.7.2 
 +Celera/​WGS-7.0 ​                                ​Phylobayes/​3.3b ​                               openmpi/​1.6.4-intel-12.0.084 
 +Corset/​1.03 ​                                   Phylobayes/​3.3e ​                               openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1
  
 </​code>​ </​code>​
documentation/examples/modules.1363698388.txt.gz · Dernière modification: 2015/01/06 14:26 (modification externe)