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Le Compilateur Intel
Le PSMN et le P2CHPD (Lyon 1) partagent un serveur de licences. Il y a 5 jetons pour le compilateur Intel.
: update needed
Compilation séquentielle
Versions disponibles :
- 2019.5
- 15.0.2 (v16)
Tableau récapitulatif :
| Compilateur | version | commande(s) | chemin d'accès | modèle de configuration |
|---|---|---|---|---|
| Intel | 2019.5 | ifort, icc | /applis/PSMN/debian9/software/Compiler/intel/2019.5/bin/ | utilisez le modulefile |
| modulefile : intel/2019.5 | ||||
| Intel | 2017.4 | ifort, icc | /applis/PSMN/debian9/software/Local/IntelComp/2017.4/bin/ | utilisez le modulefile |
| modulefile : IntelComp/2017.4 | ||||
| Intel | 15.0.2 | ifort, icc | /applis/PSMN/compil/intel/v15/bin/ | utilisez le modulefile |
| modulefile : intel/15.0.2 | ||||
Pour Intel MPI 2017.4, le message “Le périphérique / dev / ipath a échoué …” devrait disparaître si vous insérez cette commande dans votre travail, avant de lancer le programme MPI (ligne mpirun ou mpiexec).
export I_MPI_FABRICS = shm: ofa
Cela devrait forcer l'utilisation d'un protocole plus approprié pour les communications MPI et devrait donc réduire considérablement le temps CPU si vous avez beaucoup de communications MPI dans votre travail.
Compilation parallèle (OpenMPI)
Toutes les versions d'openmpi n'ont pas été compilé avec les compilateurs Intel. Se référer au tableau pour les versions disponibles.
Pour les clusters debian 7, il faut utiliser les modulefiles (consulter Environment Modules) pour charger l'environnement.
Pour les clusters centos 5.x, il faut ajouter la ligne suivante dans le script d'appel :
source /usr/local/modeles/openmpi-No_de_version_openmpi-intel-No_de_version
avec No_de_version_openmpi et No_de_version à trouver dans le tableau ci-dessous.
Tableau récapitulatif :
| Compilateur | version | commande(s) | chemin d'accès | version d'openmpi | modèle(s) de configuration |
|---|---|---|---|---|---|
| Intel | 15.0.2 | mpif77, mpif90, mpicc, mpiCC, mpic++ | /applis/PSMN/debian7/openmpi/2.0.1/intel/15.0.2/bin | 2.0.1 | N/A |
| modulefile : openmpi/2.0.1-intel-15.0.2 | |||||
| Intel | 14.0.1 | mpif77, mpif90, mpicc, mpiCC, mpic++ | /softs/openmpi-<version>-intel-14.0.1-debian7/bin/ | 1.6.4, 1.8.4 | /usr/local/modeles/openmpi-<version>-intel-14.0.1-debian7.(sh,csh) |
| modulefile : openmpi/1.6.4-intel-14.0.1, openmpi/1.8.4-intel-14.0.1 | |||||
| Intel | 12.0.084 | mpif77, mpif90, mpicc, mpiCC, mpic++ | /softs/openmpi-<version>-intel-12.0.084-debian7/bin/ | 1.5.4, 1.6.4 | /usr/local/modeles/openmpi-<version>-intel-12.0.084-debian7.(sh,csh) |
| modulefile : openmpi/1.6.4-intel-12.0.084 | |||||
| Intel | 12.0.084 | mpif77, mpif90, mpicc, mpiCC, mpic++ | /softs/openmpi-<version>-intel-12.0.084/bin/ | 1.4.1, 1.4.3, 1.4.4, 1.5.4 | /usr/local/modeles/openmpi-<version>-intel-12.0.084 |
| modulefile : openmpi/1.5.4-intel-12.0.084 | |||||
Script de soumission (exemple)
qsub exempleOpenMP.csh
#!/bin/tcsh
#
### variables SGE
### shell du job
#$ -S /bin/tcsh
### nom du job (a changer)
#$ -N ProgrameOpenMP
### file d'attente (a changer)
#$ -q E5-2667v2h6deb128
### parallel environment & nb cpu (NSLOTS)
#$ -pe openmp8 8
### charger l'environnement utilisateur pour SGE
#$ -cwd
### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
#$ -V
### mails en debut et fin d'execution
#$ -m be
# aller dans le repertoire de travail/soumission
# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
cd ${SGE_O_WORKDIR}
### configurer l'environnement
source /usr/share/modules/init/tcsh
module use /applis/PSMN/Modules
module load Base/psmn
module load intel/14.0.1
setenv OMP_NUM_THREADS "8"
### execution du programmeOpenMP
./programeOpenMP.exe
# fin
###