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OpenMPI (parallélisation)
Le PSMN propose de nombreuses versions d'OpenMPI, buildées avec les compilateurs disponibles. Toutes les versions ne sont pas optimisées pour un type de processeur en particulier. Les options de configuration sont indiquées quand elles sont disponibles.
UNDER CONSTRUCTION
Hostfile
Il y a deux façons d'écrire le hostfile :
- OpenMPI version 1.x
Un hostname par core, par ligne (exemple pour 8 cores, sur deux nodes)
c8220node30 c8220node30 c8220node30 c8220node30 c8220node31 c8220node31 c8220node31 c8220node31
- OpenMPI version 2.x et sup.
Le hostfile version 1 est toujours valable, mais une nouvelle syntaxe fait son apparition : Un hostname par ligne + son nombre de cores (exemple pour 8 cores, sur deux nodes)
c8220node30 slots=4 c8220node31 slots=4
GridEngine, lorsque le ParallelEnvironment est défini (-pe machin $SLOTS), génère un fichier ${TMPDIR}/machines selon la syntaxe version 1.
OpenMPI + GCC
OpenMPI 1.10.4
avec GCC 4.9.4
OpenMPI 2.0.2
Récapitulatif :
| Compilateur | version | commande(s) | chemin d'accès | OS |
|---|---|---|---|---|
| gcc | 6.3.0 | mpicc, mpic++, mpicxx, mpif77, mpif90, mpifort | /usr/bin | Debian 9 |
| modulefile : aucun | ||||
mpicc -showme mpifort -showme
OpenMPI 2.1.1
OpenMPI 3.0.0
gcc 6.4
gcc 7.2
L'option Shared Memory (sm) a changé avec OpenMPI 3. Utilisez vader à la place : -mca btl vader,openib,self