Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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documentation:tools:modules [2018/04/27 11:06]
ltaulell [Environment Modules]
documentation:tools:modules [2020/08/25 17:58]
Ligne 1: Ligne 1:
-====== Environment Modules ====== 
- 
- 
-''​Environment Modules'' ​ sert à **configurer l'​environnement d'​exécution** d'un programme (shell, job, interactif et non-interactif),​ il est désormais géré par ''​lmod''​ et EasyBuild 
- 
-Chaque programme nécessite un environnement (voir la commande ''​env''​ dans un shell) correctement configuré pour fonctionner de manière optimale. ​ 
- 
-<note tip>​**Rappel** :\\ 
-''​allo-psmn''​ est un serveur de connexion; il vous permet d'​avoir accès à vos fichiers et de les transférer,​ et **c'​est tout**. 
- 
-Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''​allo-psmn'',​ sur l'**un des serveurs de compilation**. 
- 
-Voir [[documentation:​tutorials:​ssh:​accueil|Se connecter aux clusters]]. 
-</​note>​ 
-===== Modèles ===== 
- 
-Des **exemples** d'​initialisation pour les utilisateurs du PSMN sont disponibles dans les fichiers suivant : 
-  * ''/​applis/​PSMN/​debian9/​skels/​modeles/​Profile''​ 
-  * ''/​applis/​PSMN/​debian9/​skels/​modeles/​Bashrc''​ 
-  * ''/​applis/​PSMN/​debian9/​skels/​modeles/​Bash_aliases''​ 
-  * ''/​applis/​PSMN/​debian9/​skels/​modeles/​Cshrc''​ 
- 
-Vous pouvez les copier, ou les inclure dans vos propre fichiers d'​initialisation : 
- 
-<code bash> 
-cp /​applis/​PSMN/​debian9/​skels/​modeles/​Profile ~/.profile 
-cp /​applis/​PSMN/​debian9/​skels/​modeles/​Bashrc ~/.bashrc 
-cp /​applis/​PSMN/​debian9/​skels/​modeles/​Bash_aliases ~/​.bash_aliases 
- 
-ou 
- 
-cp /​applis/​PSMN/​debian9/​skels/​modeles/​Cshrc ~/.cshrc 
-</​code>​ 
- 
-Reconnectez-vous pour prendre en compte les changements. 
-===== Usage interactif ===== 
- 
- 
-==== charger "​Environment Modules"​ ==== 
- 
-   * pour bash 
- 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​lmod/​lmod/​init/​bash 
-</​code>​ 
- 
-Peut être ajouté dans ''​~/​.profile''​. 
- 
-  * pour csh/tcsh 
- 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​lmod/​lmod/​init/​tcsh 
-</​code>​ 
- 
-Peut être ajouté dans ''​~/​.cshrc''​. 
- 
-  * pour zsh 
- 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​lmod/​lmod/​init/​zsh 
-</​code>​ 
- 
-Peut être ajouté dans ''​~/​.zshenv''​ (ou ''​~/​.zshrc''​). 
-==== pour tous les shell ==== 
- 
-   * voir les modules disponibles (peut prendre quelques minutes avant de s'​afficher,​ c'est normal!) 
- 
-<code bash> 
-# lister tous les modules 
-module avail 
- 
-# lister les modules relatif à OpenMPI 
-module avail openmpi 
-</​code>​ 
- 
- 
-   * charger des modules : 
- 
-<code bash> 
-module load <​compilateur>/<​version>/<​software>/<​version>​ 
- 
-# par exemple charger OpenMPI 2.1.1 (compilé avec GCC 6.4.0) 
-module load GCC/​6.4.0/​OpenMPI/​2.1.1 
-# puis charger GCC 6.4.0 
-module load GCC/6.4.0 
-</​code>​ 
- 
-  * Obtenir l'aide d'un module 
-<code bash> 
-module help <​software>/<​version>​ 
-# ou 
-module help <​compilateur>/<​version>/<​software>/<​version>​ 
-</​code>​ 
- 
- 
-  * Afficher les modules chargés ​ 
-<code bash> 
-module list 
-</​code>​ 
- 
-  * Décharger un module 
-<code bash> 
-module unload <​software>/<​version>​ 
-</​code>​ 
- 
- 
-===== Dans un script ===== 
- 
-exemple pour bash (extrait de script) : 
- 
-<code bash> 
-# init env (should be in ~/.profile) 
-source /​usr/​share/​lmod/​lmod/​init/​bash 
- 
-# easybuild modules do not load dependencies 
-module load GCC/​6.4.0/​OpenMPI/​2.1.1 
-module load GCC/6.4.0 
- 
-# tests 
-env > resultat.txt 
-gcc -v >> resultat.txt 
-which mpirun >> resultat.txt 
- 
-</​code>​ 
- 
-===== Références ===== 
- 
-  * https://​www.tacc.utexas.edu/​research-development/​tacc-projects/​lmod 
-  * http://​modules.sourceforge.net/​index.html 
-  * http://​modules.sourceforge.net/​man/​modulefile.html 
- 
- 
-<​hidden>​ 
---------------------------------------------------- 
-==== pour csh/tcsh ==== 
- 
-  * Charger l'​environnement du PSMN (**shell csh/tcsh**) 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​modules/​init/​tcsh 
-module use /​applis/​PSMN/​Modules 
-module load Base/psmn 
-</​code>​ 
- 
-Vous pouvez ajouter dans votre ''​~/​.cshrc'',​ les lignes suivantes : 
- 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​modules/​init/​tcsh 
-module use /​applis/​PSMN/​Modules 
-module load Base/psmn 
-</​code>​ 
- 
-==== pour bash ==== 
- 
-  * Charger l'​environnement du PSMN (**shell bash**) 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​modules/​init/​bash 
-module use /​applis/​PSMN/​Modules 
-module load Base/psmn 
-</​code>​ 
- 
-Vous pouvez ajouter dans votre ''​~/​.profile'',​ les lignes suivantes : 
- 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​modules/​init/​bash 
-module use /​applis/​PSMN/​Modules 
-module load Base/psmn 
-</​code>​ 
- 
-==== pour tous les shell ==== 
- 
-  * Lister les modules disponibles 
-<code bash> 
-module avail 
-</​code>​ 
- 
-  * Obtenir la description d'un module 
-<code bash> 
-module whatis <​software>/<​version>​ 
- 
-module whatis openmpi/​1.6.4-gnu-4.7.2 ​ 
-openmpi/​1.6.4-gnu-4.7.2:​ loads openmpi 1.6.4 (gnu-4.7.2/​Debian7) environment 
-</​code>​ 
- 
-  * Obtenir l'aide d'un module 
-<code bash> 
-module help <​software>/<​version>​ 
- 
-module help Base/psmn 
- 
------------ Module Specific Help for '​Base/​psmn'​ ------------------ 
- 
- loads the modules software & base application environment for PSMN 
- 
- This adds specifics to several of the environment variables. 
-        automatically load Base/​debian7 and Base/sge modulefiles 
- 
- Compatible with Modules version 3.2.9 
- 
-</​code>​ 
- 
-  * Charger un module pour un logiciel 
-<code bash> 
-module load <​software>/<​version>​ 
-</​code>​ 
- 
-  * Afficher les modules chargés ​ 
-<code bash> 
-module list 
-</​code>​ 
- 
-  * Décharger un module 
-<code bash> 
-module unload <​software>/<​version>​ 
-</​code>​ 
- 
-  * Décharger l'​environnement du PSMN 
-<code bash> 
-module unuse /​applis/​PSMN/​Modules 
-</​code>​ 
- 
- 
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances,​ ce qui peut engendrer des conflits. 
- 
- 
-===== Usage dans les scripts (non-interactif) ===== 
- 
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances,​ ce qui peut engendrer des conflits. 
- 
-==== pour csh/tcsh ==== 
- 
-  * ajouter dans le début des scripts : 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​modules/​init/​tcsh 
-module use /​applis/​PSMN/​Modules 
-module load Base/psmn 
-</​code>​ 
- 
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''​module avail''​). 
- 
-==== pour bash ==== 
- 
- 
-  * ajouter dans le début des scripts : 
- 
-<code bash> 
-source /​usr/​share/​modules/​init/​bash 
-module use /​applis/​PSMN/​Modules 
-module load Base/psmn 
-</​code>​ 
- 
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''​module avail''​). 
- 
- 
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances,​ ce qui peut engendrer des conflits. 
- 
- 
-===== Modules disponibles (avril 2016) ===== 
- 
-Cette liste **n'​est pas à jour**, utilisez la commande ''​module avail''​ pour avoir la liste en cours. 
- 
- 
-<​code>​ 
-~$ module avail 
- 
------------------------------------------------ /​applis/​PSMN/​Modules ----------- 
-ADF/​2010.02 ​                                   Molden/​5.0.6 
-ADF/​2012.01 ​                                   Molden/5.4 
-ADF/​2013.01 ​                                   Molpro/​2010.1-intel-14.0.1 
-ADF/​2013.01.platformmpi ​                       Molpro/​2010.1-intel-14.0.1-openmp 
-ADF/​2014.02 ​                                   MrBayes/​3.2.1-intel-mpi 
-ADF/​2014.10 ​                                   MrBayes/​3.2.1-intel-seq 
-Abinit/​7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64 ​                 NAMD/​2.11-ibverbs 
-Abinit/​7.6.4 ​                                  ​NAMD/​2.11-ibverbs-smp 
-AllPathsLG/​r42874-gnu-4.7.1 ​                   NAMD/​2.11-ibverbs-smp-CUDA 
-Amber/​12-20150109-intel-14.0.1-openmp ​         NAMD/​2.11-multicore 
-Amber/​12-20150109-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 ​  ​NAMD/​2.11-multicore-CUDA 
-Amber/​12-20150109-intel-14.0.1-seq ​            ​NAMD/​2.9-ibverbs 
-Amber/​12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP ​   NAMD/​2.9-ibverbs-smp 
-Amber/​12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP ​   NAMD/​2.9-ibverbs-smp-CUDA 
-Amber/​12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-DPDP ​ NAMD/​2.9-multicore 
-Amber/​12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-SPFP ​ NAMD/​2.9-multicore-CUDA 
-Amber/​12-intel-14.0.1-openmp ​                  ​NucleoMiner/​1.0 
-Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 ​           Oases/0.2.8 
-Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP ​  ​OpenAlea/​2016 
-Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP ​  ​OpenAlea/​svn-r4239 
-Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP PBSuite/​15.2.20 
-Amber/​12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP ParaView/​3.12.0 
-Amber/​12-intel-14.0.1-seq ​                     ParaView/​4.0.1 
-Amber/​12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP ​            ​ParaView/​4.4.0 
-Amber/​12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP ​            ​PhyML/​20120412 
-Amber/​12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP ​          ​PhyML/​20140223 
-Amber/​12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP ​          ​PhyML/​3.0 
-Augustus/​3.1 ​                                  ​PhyloMerge/​0.2 
-Avogadro/​1.1.1 ​                                ​Phylobayes/​3.3b 
-BCFtools/​1.1 ​                                  ​Phylobayes/​3.3e 
-BEDTools/​2.24.0 ​                               Povray/3.7 
-BLAT/​35 ​                                       Prank/​140603 
-Base/​FR.UTF-8 ​                                 Primer3/​2.3.4 
-Base/​debian7 ​                                  ​Qbox/​1.62.3 
-Base/​psmn ​                                     Quast/3.2 
-Base/​sge ​                                      ​R/​2.15.1 
-Base/​test ​                                     R/3.0.2 
-Base/​test.tcl ​                                 R/3.2.0 
-Bismark/​0.15.0 ​                                ​R/​3.2.4 
-Blender/​2.76b ​                                 RSEM/1.2.19 
-Bowtie/​0.12.7 ​                                 RSeQC/2.3.1 
-Bowtie/​1.1.1 ​                                  ​RSeQC/​2.3.3 
-Bowtie/​2.0.2 ​                                  ​SAMtools/​0.1.19 
-Bowtie/​2.2.4 ​                                  ​SAMtools/​1.1 
-Bwakit/​0.7.12 ​                                 SPAdes/​3.6.2 
-CAFS/​1.0 ​                                      ​SRAToolkit/​2.3.3-2 
-CP2K/​2.2.426 ​                                  ​SRAToolkit/​2.3.4-2 
-CP2K/​2.5.1 ​                                    ​STAR/​2.4.1d 
-CP2K/​2.5.1-complete ​                           Sage/7.0 
-CP2K/​2.5.1-minimal ​                            ​Spinevolution/​3.4.4 
-Cassandra/​2.5.4 ​                               Spinevolution/​3.4.5 
-Celera/​WGS-7.0 ​                                ​StringTie/​1.0.1 
-Celera/​WGS-8.3rc2 ​                             StringTie/​1.2.0 
-ClonalFrameML/​1.25 ​                            ​TopHat/​2.0.13 
-Corset/​1.03 ​                                   Trimmomatic/​0.36 
-Crystal/​2.0.1 ​                                 Trinity/​2.0.6 
-Cufflinks/​2.2.1 ​                               Trinity/​2.1.1 
-DMAP/​20151019 ​                                 Trinity/​r2012-06-08 
-Dalton/​2016.0 ​                                 Trinity/​r20140413 
-DiscoSNP/​2.2.4 ​                                ​Trinity/​r20140717 
-FastQC/​0.11.2 ​                                 Trinotate/​2.0.2 
-FastTree/​2.1.7 ​                                ​UCSC/​287 
-FreeFem++/​3.42-seq ​                            ​VASP/​4.6.36-gnu-4.7.2 
-GATK/​3.4-46 ​                                   VASP/​5.3.2-intel-11.1-debian7 
-GDL/​1.0 ​                                       VASP/​5.3.3-gnu-4.7.2 
-GFOLD/​1.1.4 ​                                   VASP/​5.3.3-intel-14.0.1-debian7 
-GMAP/​2014-10-22 ​                               VASP/​5.3.5-intel-14.0.1-debian7 
-Gaussian/​g03-lasim ​                            ​VESTA/​3.1.7 
-Gaussian/​g09-chimie ​                           VMD/1.9.2 
-Gaussian/​g09-geol ​                             Velvet/​1.2.10 
-Gaussian/​g09c01-chimie ​                        ​ViennaRNA/​2.1.9 
-Gaussian/​g09c01-geol ​                          ​aTRAM/​1.01 
-Gaussian/​g09c01-icbms ​                         breseq/​0.26.1 
-Gaussian/​g09d01-chimie ​                        ​fftw/​3.3.3-intel-14.0.1-openmp 
-Gaussian/​g09d01-geol ​                          ​fftw/​3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 
-Gaussian/​g09d01-icbms ​                         fftw/​3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 
-Gaussian/​g09d01-lasim ​                         fftw/​3.3.3-intel-14.0.1-seq 
-HDF5/​1.8.15-p1-mpi ​                            ​fftw/​3.3.4-intel-14.0.1-openmp-dp 
-HDF5/​1.8.15-p1-seq ​                            ​fftw/​3.3.4-intel-14.0.1-openmp-sp 
-HDF5/​1.8.16-mpich2 ​                            ​fftw/​3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-dp 
-HDF5/​1.8.16-openmpi ​                           fftw/​3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-sp 
-HDF5/​1.8.16-seq ​                               fftw/​3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-dp 
-HISAT/​0.1.5b ​                                  ​fftw/​3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-sp 
-HISAT/​2.0.0b ​                                  ​fftw/​3.3.4-intel-14.0.1-seq-dp 
-HMMER/​3.1b1 ​                                   fftw/​3.3.4-intel-14.0.1-seq-sp 
-HTSeq/​0.5.3p3 ​                                 gromacs/​5.0.5 
-HTSeq/​0.5.3p9 ​                                 intel/​11.1.069 
-HTSeq/​0.6.1 ​                                   intel/​12.0.084 
-HTSlib/​1.1 ​                                    ​intel/​14.0.1 
-Java/​1.6d7 ​                                    ​intel/​15.0.2 
-Java/​1.7d7 ​                                    ​modules.psmn 
-Java/​1.8.0u77 ​                                 openmpi/​1.4.1-intel-11.1.069 
-Jellyfish/​2.2.5 ​                               openmpi/​1.4.5-gnu-4.7.2 
-Jmol/​14.4.0 ​                                   openmpi/​1.5.4-gnu-4.7.2 
-LSDalton/​2016.0 ​                               openmpi/​1.5.4-intel-12.0.084 
-Lammps/​11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ​         openmpi/​1.6.4-gnu-4.7.2 
-Lammps/​15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ​         openmpi/​1.6.4-intel-12.0.084 
-Lammps/​28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ​         openmpi/​1.6.4-intel-14.0.1 
-Lammps/​28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ​         openmpi/​1.8.4-intel-14.0.1 
-Lammps/​7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ​          ​picard/​1.140 
-MAFFT/​7.187 ​                                   prinseq/​lite-0.20.4 
-MAPS/​3.4.2 ​                                    ​python/​2.7 
-MEME/​4.10.2 ​                                   python/3.2 
-MIRA/​4.0.2 ​                                    ​tablemaker/​2.1.1 
-Matlab/​R2011b 
- 
-</​code>​ 
- 
-</​hidden>​ 
  
documentation/tools/modules.txt · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)