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Environment Modules
sert à configurer l'environnement d'exécution d'un programme (shell, job, interactif et non-interactif). Chaque programme nécessite un environnement (voir la commande env
dans un shell) correctement configuré pour fonctionner de manière optimale.
allo-psmn
est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, et c'est tout.
Pour travailler, il faut se connecter, depuis allo-psmn
, sur l'un des serveurs de compilation.
Des exemples d'initialisation pour les utilisateurs du PSMN sont disponibles dans les fichiers suivant :
/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Cshrc
/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bashrc
/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Profile
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source /usr/share/modules/init/tcsh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn
Vous pouvez ajouter dans votre ~/.cshrc
, les lignes suivantes :
source /usr/share/modules/init/tcsh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn
source /usr/share/modules/init/bash module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn
Vous pouvez ajouter dans votre ~/.profile
, les lignes suivantes :
source /usr/share/modules/init/bash module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn
module avail
module whatis <software>/<version> module whatis openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2: loads openmpi 1.6.4 (gnu-4.7.2/Debian7) environment
module help <software>/<version> module help Base/psmn ----------- Module Specific Help for 'Base/psmn' ------------------ loads the modules software & base application environment for PSMN This adds specifics to several of the environment variables. automatically load Base/debian7 and Base/sge modulefiles Compatible with Modules version 3.2.9
module load <software>/<version>
module list
module unload <software>/<version>
module unuse /applis/PSMN/Modules
Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits.
Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits.
source /usr/share/modules/init/tcsh module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn
Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir module avail
).
source /usr/share/modules/init/bash module use /applis/PSMN/Modules module load Base/psmn
Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir module avail
).
Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits.
Cette liste n'est pas à jour, utilisez la commande module avail
pour avoir la liste en cours.
~$ module avail ----------------------------------------------- /applis/PSMN/Modules ----------- ADF/2010.02 Molden/5.0.6 ADF/2012.01 Molden/5.4 ADF/2013.01 Molpro/2010.1-intel-14.0.1 ADF/2013.01.platformmpi Molpro/2010.1-intel-14.0.1-openmp ADF/2014.02 MrBayes/3.2.1-intel-mpi ADF/2014.10 MrBayes/3.2.1-intel-seq Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64 NAMD/2.11-ibverbs Abinit/7.6.4 NAMD/2.11-ibverbs-smp AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1 NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmp NAMD/2.11-multicore Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 NAMD/2.11-multicore-CUDA Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq NAMD/2.9-ibverbs Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP NAMD/2.9-ibverbs-smp Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-DPDP NAMD/2.9-multicore Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-SPFP NAMD/2.9-multicore-CUDA Amber/12-intel-14.0.1-openmp NucleoMiner/1.0 Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 Oases/0.2.8 Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP OpenAlea/2016 Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP OpenAlea/svn-r4239 Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP PBSuite/15.2.20 Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP ParaView/3.12.0 Amber/12-intel-14.0.1-seq ParaView/4.0.1 Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP ParaView/4.4.0 Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP PhyML/20120412 Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP PhyML/20140223 Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP PhyML/3.0 Augustus/3.1 PhyloMerge/0.2 Avogadro/1.1.1 Phylobayes/3.3b BCFtools/1.1 Phylobayes/3.3e BEDTools/2.24.0 Povray/3.7 BLAT/35 Prank/140603 Base/FR.UTF-8 Primer3/2.3.4 Base/debian7 Qbox/1.62.3 Base/psmn Quast/3.2 Base/sge R/2.15.1 Base/test R/3.0.2 Base/test.tcl R/3.2.0 Bismark/0.15.0 R/3.2.4 Blender/2.76b RSEM/1.2.19 Bowtie/0.12.7 RSeQC/2.3.1 Bowtie/1.1.1 RSeQC/2.3.3 Bowtie/2.0.2 SAMtools/0.1.19 Bowtie/2.2.4 SAMtools/1.1 Bwakit/0.7.12 SPAdes/3.6.2 CAFS/1.0 SRAToolkit/2.3.3-2 CP2K/2.2.426 SRAToolkit/2.3.4-2 CP2K/2.5.1 STAR/2.4.1d CP2K/2.5.1-complete Sage/7.0 CP2K/2.5.1-minimal Spinevolution/3.4.4 Cassandra/2.5.4 Spinevolution/3.4.5 Celera/WGS-7.0 StringTie/1.0.1 Celera/WGS-8.3rc2 StringTie/1.2.0 ClonalFrameML/1.25 TopHat/2.0.13 Corset/1.03 Trimmomatic/0.36 Crystal/2.0.1 Trinity/2.0.6 Cufflinks/2.2.1 Trinity/2.1.1 DMAP/20151019 Trinity/r2012-06-08 Dalton/2016.0 Trinity/r20140413 DiscoSNP/2.2.4 Trinity/r20140717 FastQC/0.11.2 Trinotate/2.0.2 FastTree/2.1.7 UCSC/287 FreeFem++/3.42-seq VASP/4.6.36-gnu-4.7.2 GATK/3.4-46 VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 GDL/1.0 VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 GFOLD/1.1.4 VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7 GMAP/2014-10-22 VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 Gaussian/g03-lasim VESTA/3.1.7 Gaussian/g09-chimie VMD/1.9.2 Gaussian/g09-geol Velvet/1.2.10 Gaussian/g09c01-chimie ViennaRNA/2.1.9 Gaussian/g09c01-geol aTRAM/1.01 Gaussian/g09c01-icbms breseq/0.26.1 Gaussian/g09d01-chimie fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp Gaussian/g09d01-geol fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 Gaussian/g09d01-icbms fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 Gaussian/g09d01-lasim fftw/3.3.3-intel-14.0.1-seq HDF5/1.8.15-p1-mpi fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-dp HDF5/1.8.15-p1-seq fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-sp HDF5/1.8.16-mpich2 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-dp HDF5/1.8.16-openmpi fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-sp HDF5/1.8.16-seq fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-dp HISAT/0.1.5b fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-sp HISAT/2.0.0b fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-dp HMMER/3.1b1 fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-sp HTSeq/0.5.3p3 gromacs/5.0.5 HTSeq/0.5.3p9 intel/11.1.069 HTSeq/0.6.1 intel/12.0.084 HTSlib/1.1 intel/14.0.1 Java/1.6d7 intel/15.0.2 Java/1.7d7 modules.psmn Java/1.8.0u77 openmpi/1.4.1-intel-11.1.069 Jellyfish/2.2.5 openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2 Jmol/14.4.0 openmpi/1.5.4-gnu-4.7.2 LSDalton/2016.0 openmpi/1.5.4-intel-12.0.084 Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 openmpi/1.6.4-intel-12.0.084 Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 openmpi/1.8.4-intel-14.0.1 Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 picard/1.140 MAFFT/7.187 prinseq/lite-0.20.4 MAPS/3.4.2 python/2.7 MEME/4.10.2 python/3.2 MIRA/4.0.2 tablemaker/2.1.1 Matlab/R2011b