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documentation:tools:modules [2018/01/08 14:01] – [Modèles] ltaulelldocumentation:tools:modules [2023/12/12 10:58] (Version actuelle) – supprimée ltaulell
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-====== Environment Modules ====== 
  
- 
-{{INLINETOC}} 
- 
-''Environment Modules''  sert à **configurer l'environnement d'exécution** d'un programme (shell, job, interactif et non-interactif), il est désormais géré par ''lmod'' et EasyBuild 
- 
-Chaque programme nécessite un environnement (voir la commande ''env'' dans un shell) correctement configuré pour fonctionner de manière optimale.  
- 
-<note tip>**Rappel** :\\ 
-''allo-psmn'' est un serveur de connexion; il vous permet d'avoir accès à vos fichiers et de les transférer, et **c'est tout**. 
- 
-Pour travailler, il faut se connecter, depuis ''allo-psmn'', sur l'un des serveurs de compilation. 
- 
-Voir [[documentation:tutorials:ssh:accueil|Se connecter aux clusters]]. 
-</note> 
-===== Modèles ===== 
- 
-Des **exemples** d'initialisation pour les utilisateurs du PSMN sont disponibles dans les fichiers suivant : 
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Profile'' 
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bashrc'' 
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Bash_aliases'' 
-  * ''/applis/PSMN/debian9/skels/modeles/Cshrc'' 
-===== Usage interactif ===== 
- 
- 
-==== pour bash ==== 
- 
-   * charger ''Environment Module''  
- 
-<code bash> 
-source /usr/share/lmod/lmod/init/bash 
-</code> 
- 
- 
-==== pour tous les shell ==== 
- 
-   * voir les modules disponibles (peut prendre quelques minutes avant de s'afficher, c'est normal!) 
- 
-<code bash> 
-# lister tous les modules 
-module avail 
- 
-# lister les modules relatif à OpenMPI 
-module avail openmpi 
-</code> 
- 
- 
-   * charger des modules : 
- 
-<code bash> 
-module load <compilateur>/<version>/<software>/<version> 
- 
-# par exemple charger OpenMPI 2.1.1 (compilé avec GCC 6.4.0) 
-module load GCC/6.4.0/OpenMPI/2.1.1 
-# et charger GCC 6.4.0 
-module load GCC/6.4.0 
-</code> 
- 
-  * Obtenir l'aide d'un module 
-<code bash> 
-module help <software>/<version> 
-# ou 
-module help <compilateur>/<version>/<software>/<version> 
-</code> 
- 
- 
-  * Afficher les modules chargés  
-<code bash> 
-module list 
-</code> 
- 
-  * Décharger un module 
-<code bash> 
-module unload <software>/<version> 
-</code> 
- 
- 
-<hidden> 
---------------------------------------------------- 
-==== pour csh/tcsh ==== 
- 
-  * Charger l'environnement du PSMN (**shell csh/tcsh**) 
-<code bash> 
-source /usr/share/modules/init/tcsh 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-</code> 
- 
-Vous pouvez ajouter dans votre ''~/.cshrc'', les lignes suivantes : 
- 
-<code bash> 
-source /usr/share/modules/init/tcsh 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-</code> 
- 
-==== pour bash ==== 
- 
-  * Charger l'environnement du PSMN (**shell bash**) 
-<code bash> 
-source /usr/share/modules/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-</code> 
- 
-Vous pouvez ajouter dans votre ''~/.profile'', les lignes suivantes : 
- 
-<code bash> 
-source /usr/share/modules/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-</code> 
- 
-==== pour tous les shell ==== 
- 
-  * Lister les modules disponibles 
-<code bash> 
-module avail 
-</code> 
- 
-  * Obtenir la description d'un module 
-<code bash> 
-module whatis <software>/<version> 
- 
-module whatis openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2  
-openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2: loads openmpi 1.6.4 (gnu-4.7.2/Debian7) environment 
-</code> 
- 
-  * Obtenir l'aide d'un module 
-<code bash> 
-module help <software>/<version> 
- 
-module help Base/psmn 
- 
------------ Module Specific Help for 'Base/psmn' ------------------ 
- 
- loads the modules software & base application environment for PSMN 
- 
- This adds specifics to several of the environment variables. 
-        automatically load Base/debian7 and Base/sge modulefiles 
- 
- Compatible with Modules version 3.2.9 
- 
-</code> 
- 
-  * Charger un module pour un logiciel 
-<code bash> 
-module load <software>/<version> 
-</code> 
- 
-  * Afficher les modules chargés  
-<code bash> 
-module list 
-</code> 
- 
-  * Décharger un module 
-<code bash> 
-module unload <software>/<version> 
-</code> 
- 
-  * Décharger l'environnement du PSMN 
-<code bash> 
-module unuse /applis/PSMN/Modules 
-</code> 
- 
- 
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. 
- 
- 
-===== Usage dans les scripts (non-interactif) ===== 
- 
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. 
- 
-==== pour csh/tcsh ==== 
- 
-  * ajouter dans le début des scripts : 
-<code bash> 
-source /usr/share/modules/init/tcsh 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-</code> 
- 
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail''). 
- 
-==== pour bash ==== 
- 
- 
-  * ajouter dans le début des scripts : 
- 
-<code bash> 
-source /usr/share/modules/init/bash 
-module use /applis/PSMN/Modules 
-module load Base/psmn 
-</code> 
- 
-Ajoutez ensuite les modules dont vous avez besoin (voir ''module avail''). 
- 
- 
-:!: Certains modules chargent automatiquement leurs dépendances, ce qui peut engendrer des conflits. 
- 
- 
-===== Modules disponibles (avril 2016) ===== 
- 
-Cette liste **n'est pas à jour**, utilisez la commande ''module avail'' pour avoir la liste en cours. 
- 
- 
-<code> 
-~$ module avail 
- 
------------------------------------------------ /applis/PSMN/Modules ----------- 
-ADF/2010.02                                    Molden/5.0.6 
-ADF/2012.01                                    Molden/5.4 
-ADF/2013.01                                    Molpro/2010.1-intel-14.0.1 
-ADF/2013.01.platformmpi                        Molpro/2010.1-intel-14.0.1-openmp 
-ADF/2014.02                                    MrBayes/3.2.1-intel-mpi 
-ADF/2014.10                                    MrBayes/3.2.1-intel-seq 
-Abinit/7.2.1-gnu-4.7.2-x86_64                  NAMD/2.11-ibverbs 
-Abinit/7.6.4                                   NAMD/2.11-ibverbs-smp 
-AllPathsLG/r42874-gnu-4.7.1                    NAMD/2.11-ibverbs-smp-CUDA 
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmp          NAMD/2.11-multicore 
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4   NAMD/2.11-multicore-CUDA 
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq             NAMD/2.9-ibverbs 
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP    NAMD/2.9-ibverbs-smp 
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP    NAMD/2.9-ibverbs-smp-CUDA 
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-DPDP  NAMD/2.9-multicore 
-Amber/12-20150109-intel-14.0.1-seq-M2090-SPFP  NAMD/2.9-multicore-CUDA 
-Amber/12-intel-14.0.1-openmp                   NucleoMiner/1.0 
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4            Oases/0.2.8 
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-DPDP   OpenAlea/2016 
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-K20-SPFP   OpenAlea/svn-r4239 
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-DPDP PBSuite/15.2.20 
-Amber/12-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-M2070-SPFP ParaView/3.12.0 
-Amber/12-intel-14.0.1-seq                      ParaView/4.0.1 
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-DPDP             ParaView/4.4.0 
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-K20-SPFP             PhyML/20120412 
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-DPDP           PhyML/20140223 
-Amber/12-intel-14.0.1-seq-M2070-SPFP           PhyML/3.0 
-Augustus/3.1                                   PhyloMerge/0.2 
-Avogadro/1.1.1                                 Phylobayes/3.3b 
-BCFtools/1.1                                   Phylobayes/3.3e 
-BEDTools/2.24.0                                Povray/3.7 
-BLAT/35                                        Prank/140603 
-Base/FR.UTF-8                                  Primer3/2.3.4 
-Base/debian7                                   Qbox/1.62.3 
-Base/psmn                                      Quast/3.2 
-Base/sge                                       R/2.15.1 
-Base/test                                      R/3.0.2 
-Base/test.tcl                                  R/3.2.0 
-Bismark/0.15.0                                 R/3.2.4 
-Blender/2.76b                                  RSEM/1.2.19 
-Bowtie/0.12.7                                  RSeQC/2.3.1 
-Bowtie/1.1.1                                   RSeQC/2.3.3 
-Bowtie/2.0.2                                   SAMtools/0.1.19 
-Bowtie/2.2.4                                   SAMtools/1.1 
-Bwakit/0.7.12                                  SPAdes/3.6.2 
-CAFS/1.0                                       SRAToolkit/2.3.3-2 
-CP2K/2.2.426                                   SRAToolkit/2.3.4-2 
-CP2K/2.5.1                                     STAR/2.4.1d 
-CP2K/2.5.1-complete                            Sage/7.0 
-CP2K/2.5.1-minimal                             Spinevolution/3.4.4 
-Cassandra/2.5.4                                Spinevolution/3.4.5 
-Celera/WGS-7.0                                 StringTie/1.0.1 
-Celera/WGS-8.3rc2                              StringTie/1.2.0 
-ClonalFrameML/1.25                             TopHat/2.0.13 
-Corset/1.03                                    Trimmomatic/0.36 
-Crystal/2.0.1                                  Trinity/2.0.6 
-Cufflinks/2.2.1                                Trinity/2.1.1 
-DMAP/20151019                                  Trinity/r2012-06-08 
-Dalton/2016.0                                  Trinity/r20140413 
-DiscoSNP/2.2.4                                 Trinity/r20140717 
-FastQC/0.11.2                                  Trinotate/2.0.2 
-FastTree/2.1.7                                 UCSC/287 
-FreeFem++/3.42-seq                             VASP/4.6.36-gnu-4.7.2 
-GATK/3.4-46                                    VASP/5.3.2-intel-11.1-debian7 
-GDL/1.0                                        VASP/5.3.3-gnu-4.7.2 
-GFOLD/1.1.4                                    VASP/5.3.3-intel-14.0.1-debian7 
-GMAP/2014-10-22                                VASP/5.3.5-intel-14.0.1-debian7 
-Gaussian/g03-lasim                             VESTA/3.1.7 
-Gaussian/g09-chimie                            VMD/1.9.2 
-Gaussian/g09-geol                              Velvet/1.2.10 
-Gaussian/g09c01-chimie                         ViennaRNA/2.1.9 
-Gaussian/g09c01-geol                           aTRAM/1.01 
-Gaussian/g09c01-icbms                          breseq/0.26.1 
-Gaussian/g09d01-chimie                         fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmp 
-Gaussian/g09d01-geol                           fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4 
-Gaussian/g09d01-icbms                          fftw/3.3.3-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4 
-Gaussian/g09d01-lasim                          fftw/3.3.3-intel-14.0.1-seq 
-HDF5/1.8.15-p1-mpi                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-dp 
-HDF5/1.8.15-p1-seq                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmp-sp 
-HDF5/1.8.16-mpich2                             fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-dp 
-HDF5/1.8.16-openmpi                            fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.6.4-sp 
-HDF5/1.8.16-seq                                fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-dp 
-HISAT/0.1.5b                                   fftw/3.3.4-intel-14.0.1-openmpi-1.8.4-sp 
-HISAT/2.0.0b                                   fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-dp 
-HMMER/3.1b1                                    fftw/3.3.4-intel-14.0.1-seq-sp 
-HTSeq/0.5.3p3                                  gromacs/5.0.5 
-HTSeq/0.5.3p9                                  intel/11.1.069 
-HTSeq/0.6.1                                    intel/12.0.084 
-HTSlib/1.1                                     intel/14.0.1 
-Java/1.6d7                                     intel/15.0.2 
-Java/1.7d7                                     modules.psmn 
-Java/1.8.0u77                                  openmpi/1.4.1-intel-11.1.069 
-Jellyfish/2.2.5                                openmpi/1.4.5-gnu-4.7.2 
-Jmol/14.4.0                                    openmpi/1.5.4-gnu-4.7.2 
-LSDalton/2016.0                                openmpi/1.5.4-intel-12.0.084 
-Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-gnu-4.7.2 
-Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-intel-12.0.084 
-Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1          openmpi/1.6.4-intel-14.0.1 
-Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1          openmpi/1.8.4-intel-14.0.1 
-Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1           picard/1.140 
-MAFFT/7.187                                    prinseq/lite-0.20.4 
-MAPS/3.4.2                                     python/2.7 
-MEME/4.10.2                                    python/3.2 
-MIRA/4.0.2                                     tablemaker/2.1.1 
-Matlab/R2011b 
- 
-</code> 
- 
-</hidden> 
-===== Références ===== 
- 
-  * https://www.tacc.utexas.edu/research-development/tacc-projects/lmod 
-  * http://modules.sourceforge.net/index.html 
-  * http://modules.sourceforge.net/man/modulefile.html 
documentation/tools/modules.1515420119.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)