documentation:tools:software:accueil[PSMN]

documentation:tools:software:accueil

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<WRAP center round important 60%>

**[[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/Documentation/|New Documentation (Debian 11 / Slurm)]]**

See also our [[news:blog|Fil des news]] for up-to-date informations
</WRAP>

====== Les Logiciels scientifiques ======

Pour des petits tests, vous pouvez utiliser les logiciels ci-dessous en interactif, sur [[documentation:clusters:services&#serveurs_de_compilation_frontales|les frontales]]. Sinon, utilisez le système de batch.

__**N'oubliez pas de configurer votre environnement :**__

  * En utilisant les modulefiles, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]],
  * En "sourçant" les modèles, soit dans votre ''~/.cshrc'', ''~/.bashrc'', soit dans vos scripts.

Les librairies sont décrites sur [[documentation:tools:library:accueil|cette page]].

Quelques trucs et astuces pour [[documentation:tools:langages:accueil|les langages interprétés]].

<WRAP info round center 80%>
**Un grand nombre des logiciels déjà installés ne sont pas listés ici.** \\
Cherchez d'abord dans ''/usr/bin/'' (standard),\\
 et ''/applis/PSMN/generic/'' ou ''/applis/PSMN/debian9/software'' (**new 2018**)
</WRAP>
===== Les Langages / Logiciels Généralistes =====

<WRAP col3>

  * [[documentation:tools:software:freefem|FreeFem]]
  * [[documentation:tools:langages:julia|Julia]]
  * <del>Maple</del>
  * [[documentation:tools:software:matlab|Matlab]]
  * [[documentation:tools:langages:ocaml|OCaml]]
  * [[documentation:tools:langages:perl5|Perl]]
  * [[documentation:tools:langages:python:accueil|Python]]
  * [[documentation:tools:software:r|R]]
  * [[documentation:tools:langages:ruby|Ruby]]
  * [[documentation:tools:software:sagemath|SageMath]]
  * [[documentation:tools:software:scilab|Scilab]]
  * [[documentation:tools:langages:sql|SQL]]


</WRAP>

===== Imagerie et Visualisation =====

<WRAP col3>
  * [[documentation:tools:software:avogadro|Avogadro]]
  * [[documentation:tools:software:blender|Blender]]
  * [[documentation:tools:software:cassandra|Cassandra]]
  * [[documentation:tools:software:jmol|Jmol]]
  * [[documentation:tools:software:maps|MAPS]]
  * [[documentation:tools:software:molden|molden]]
  * [[documentation:tools:software:paraview|ParaView]]
  * [[documentation:tools:software:povray|Povray]]
  * [[documentation:tools:software:p4vasp|p4VASP]]
  * [[documentation:tools:software:saga|SAGA]]
  * [[documentation:tools:software:vapor|Vapor]]
  * [[documentation:tools:software:vesta|VESTA]]
  * [[documentation:tools:software:vmd|VMD]]


</WRAP>
\\
<WRAP center round info 80%>
Un serveur dédié à la visualisation (OpenGL/Mesa/CUDA) est disponible au PSMN : **[[documentation:tutorials:visualisation|r740visu]]**
</WRAP>

===== Les Logiciels Spécialisés ======

(classés par //science d'origine//... ou pas.)

==== Chimie / Physique / Géologie / Astrophysique ====

<WRAP col3>

  * [[documentation:tools:software:adf|ADF]]
  * [[documentation:tools:software:abinit|Abinit]]
  * [[documentation:tools:software:amber|Amber]]
  * [[documentation:tools:software:castep|Castep]]
  * [[documentation:tools:software:cobram|Cobram]]
  * [[documentation:tools:software:cmr|CMR]]
  * [[documentation:tools:software:cp2k|CP2K]]
  * [[documentation:tools:software:dalton|Dalton]]
  * [[documentation:tools:software:gaussian|GAUSSIAN]]
  * [[documentation:tools:software:gromacs|Gromacs]]
  * [[documentation:tools:software:genesis|Genesis]]
  * [[documentation:tools:software:lammps|Lammps]]
  * [[documentation:tools:software:molpro|Molpro]]
  * [[documentation:tools:software:namd|NAMD]]
  * [[documentation:tools:software:qbox|Qbox]]
  * [[documentation:tools:software:quip|Quip]]
  * [[documentation:tools:software:vasp|VASP]]


</WRAP>

==== Bio-Informatique ====

<WRAP center round info 92%>
Une liste de discussion dédiée aux usages bio-info sur la plate-forme du PSMN est disponible : [[https://listes.ens-lyon.fr/sympa/review/bioinfo.psmn|bioinfo.psmn @ listes.ens-lyon.fr]].

</WRAP>


<WRAP center round tip 46%>
Voir [[[[documentation:tools:software:bioinfo|un tri par mots clés]] des logiciels bioinformatiques.
</WRAP>


<WRAP col4>
  * <del>aTRAM</del>
  * <del>apytram</del>
  * [[documentation:tools:software:augustus|Augustus]]

  * [[documentation:tools:software:bamtools|BamTools]]
  * [[documentation:tools:software:bcftools|BCFtools]]
  * [[documentation:tools:software:bedtools|BEDTools]]
  * <del>BioPerl</del> (voir [[documentation:tools:langages:perl5]])
  * [[documentation:tools:library:bpp|Bio++]]
  * [[documentation:tools:software:biopython|Biopython]]
  * [[documentation:tools:software:bismark|Bismark]]
  * [[documentation:tools:software:blat|BLAT]]
  * [[documentation:tools:software:blast|NCBI BLAST2 / BLAST+]]
  * [[documentation:tools:software:bowtie|Bowtie]]
  * [[documentation:tools:software:braker|BRAKER]]
  * [[documentation:tools:software:breakdancer|BreakDancer]]
  * [[documentation:tools:software:breseq|breseq]]
  * <del>Bridger</del>
  * [[documentation:tools:software:bwakit|BWA]] (Bwakit)

  * <del>caars</del>
  * [[documentation:tools:software:cafs|CAFS]]
  * [[documentation:tools:software:canu|Canu]]
  * [[documentation:tools:software:celera-wgs|Celera-WGS]]
  * [[documentation:tools:software:clustalomega|ClustalOmega]]
  * [[documentation:tools:software:clonalframeml|ClonalFrameML]]
  * [[documentation:tools:software:corset|Corset]]
  * [[documentation:tools:software:cufflinks|Cufflinks]]

  * [[documentation:tools:software:diamond|Diamond]]
  * [[documentation:tools:software:discosnp|DiscoSNP]]
  * [[documentation:tools:software:dmap|DMAP]]
  * [[documentation:tools:software:drompa|DROMPA]]

  * [[documentation:tools:software:emboss|EMBOSS Suite]]
  * [[documentation:tools:software:exonerate|Exonerate]]
  * [[documentation:tools:software:express|eXpress]]

  * [[documentation:tools:software:fasttree|FastTree]]
  * [[documentation:tools:software:fastqc|FastQC]]
  * [[documentation:tools:software:fastq-tools|fastq-tools]]
  * [[documentation:tools:software:fastx-toolkit|FASTX-Toolkit]]
  * [[documentation:tools:software:freebayes|freebayes]]

  * [[documentation:tools:software:gatk|GATK]]
  * [[documentation:tools:software:gblocks|Gblocks]]
  * [[documentation:tools:software:genemark|GeneMark ES/ET]]
  * [[documentation:tools:software:gfold|GFOLD]]
  * [[documentation:tools:software:gmap-gsnap|GMAP/GSNAP]]
  * [[documentation:tools:software:gubbins|Gubbins]]
  * <del>Guidance</del>, <del>Guidance2</del>

  * [[documentation:tools:software:hisat|HISAT]]
  * [[documentation:tools:software:hmmer|HMMER /HMMER2]]
  * <del>HOMER</del>
  * [[documentation:tools:software:htseq|HTSeq]]
  * [[documentation:tools:software:htslib|HTSlib]]
  * [[documentation:tools:software:hyphy|HyPhy]]

  * [[documentation:tools:software:jellyfish|Jellyfish]]

  * [[documentation:tools:software:kallisto|kallisto]]
  * [[documentation:tools:software:kissplice|KisSplice]]

  * [[documentation:tools:software:macs|MACS/MACS2]]
  * [[documentation:tools:software:mafft|MAFFT]]
  * <del>MaLTA</del>
  * [[documentation:tools:software:meme|MEME Suite]]
  * [[documentation:tools:software:mira|MIRA]]
  * [[documentation:tools:software:mrbayes|MRbayes]]
  * [[documentation:tools:software:music|MUSIC]]

  * [[documentation:tools:software:novocraft|NovoCraft ?]]
  * <del>NucleoMiner</del>

  * <del>Oases</del>

  * [[documentation:tools:software:paml|PAML]]
  * [[documentation:tools:software:pbsuite|PBSuite]]
  * <del>PHYLDOG</del>
  * [[documentation:tools:software:phyml|PhyML]]
  * [[documentation:tools:software:picard|Picard]]
  * [[documentation:tools:software:portcullis|Portcullis]]
  * [[documentation:tools:software:prank|Prank]]
  * [[documentation:tools:software:primer3|Primer3]]
  * [[documentation:tools:software:prinseq-lite|prinseq-lite]]
  * [[documentation:tools:software:pybigwig|pyBigWig ?]]
  * [[documentation:tools:software:pydnase|pyDNase]]

  * [[documentation:tools:software:quast|Quast]]

  * [[documentation:tools:software:raxml|RAxML]]
  * [[documentation:tools:software:rmats|rMATS]]
  * [[documentation:tools:software:rsem|RSEM]]
  * [[documentation:tools:software:rnaseqc|RNAseq-QC]]
  * [[documentation:tools:software:rseqc|RSeQC]]

  * [[documentation:tools:software:salmon|Salmon]]
  * [[documentation:tools:software:samtools|SAMtools]]
  * [[documentation:tools:software:seaview|SeaView]]
  * [[documentation:tools:software:seqan|SeqAn]]
  * <del>SiLiX</del>
  * [[documentation:tools:software:snap|SNAP]]
  * [[documentation:tools:software:snpeff|SnpEff]]
  * <del>SNPScanner</del>
  * [[documentation:tools:software:soapdenovo|SOAPdenovo]]
  * [[documentation:tools:software:spades|SPAdes]]
  * <del>Spinevolution</del>
  * [[documentation:tools:software:sratoolkit|SRAToolkit]]
  * [[documentation:tools:software:star|STAR]]
  * [[documentation:tools:software:stringtie|StringTie]]

  * [[documentation:tools:software:tablemaker|tablemaker]]
  * [[documentation:tools:software:tacorna|tacorna]]
  * [[documentation:tools:software:tcoffee|T-Coffee]]
  * [[documentation:tools:software:tophat|TopHat]]
  * [[documentation:tools:software:transdecoder|TransDecoder]]
  * [[documentation:tools:software:trimal|trimAL]]
  * [[documentation:tools:software:trimmomatic|Trimmomatic]]
  * [[documentation:tools:software:trinity|Trinity]]
  * [[documentation:tools:software:trinotate|Trinotate]]

  * [[documentation:tools:software:ucsc|UCSC]]
  * [[documentation:tools:software:urqt|UrQt]]

  * [[documentation:tools:software:velvet|Velvet]]
  * [[documentation:tools:software:viennarna|ViennaRNA]]

</WRAP>

documentation/tools/software/accueil.txt · Dernière modification : 2023/03/09 14:27 de ltaulell

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