Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentes Révision précédente
Prochaine révision
Révision précédente
documentation:tools:software:accueil [2019/02/18 17:07]
ltaulell [Bio-Informatique]
documentation:tools:software:accueil [2021/08/16 17:09] (Version actuelle)
ltaulell [Bio-Informatique]
Ligne 23: Ligne 23:
   * [[documentation:​tools:​software:​freefem|FreeFem]]   * [[documentation:​tools:​software:​freefem|FreeFem]]
   * [[documentation:​tools:​langages:​julia|Julia]]   * [[documentation:​tools:​langages:​julia|Julia]]
-  * [[documentation:​tools:​software:​maple|Maple]]+  * <del>[[documentation:​tools:​software:​maple|Maple]]</​del>​
   * [[documentation:​tools:​software:​matlab|Matlab]]   * [[documentation:​tools:​software:​matlab|Matlab]]
   * [[documentation:​tools:​langages:​ocaml|OCaml]]   * [[documentation:​tools:​langages:​ocaml|OCaml]]
Ligne 46: Ligne 46:
   * [[documentation:​tools:​software:​maps|MAPS]]   * [[documentation:​tools:​software:​maps|MAPS]]
   * [[documentation:​tools:​software:​molden|molden]]   * [[documentation:​tools:​software:​molden|molden]]
-  * [[documentation:​tools:​software:​openalea|OpenAleaLab]] 
   * [[documentation:​tools:​software:​paraview|ParaView]]   * [[documentation:​tools:​software:​paraview|ParaView]]
   * [[documentation:​tools:​software:​povray|Povray]]   * [[documentation:​tools:​software:​povray|Povray]]
Ligne 59: Ligne 58:
 \\ \\
 <WRAP center round info 80%> <WRAP center round info 80%>
-Un serveur dédié à la visualisation (OpenGL/​Mesa/​CUDA8) est disponible au PSMN : **[[documentation:​tutorials:​visualisation|r730visu]]**+Un serveur dédié à la visualisation (OpenGL/​Mesa/​CUDA) est disponible au PSMN : **[[documentation:​tutorials:​visualisation|r740visu]]**
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
  
Ligne 77: Ligne 76:
   * [[documentation:​tools:​software:​cmr|CMR]]   * [[documentation:​tools:​software:​cmr|CMR]]
   * [[documentation:​tools:​software:​cp2k|CP2K]]   * [[documentation:​tools:​software:​cp2k|CP2K]]
-  * [[documentation:​tools:​software:​crystal|Crystal]] 
   * [[documentation:​tools:​software:​dalton|Dalton]]   * [[documentation:​tools:​software:​dalton|Dalton]]
   * [[documentation:​tools:​software:​gaussian|GAUSSIAN]]   * [[documentation:​tools:​software:​gaussian|GAUSSIAN]]
   * [[documentation:​tools:​software:​gromacs|Gromacs]]   * [[documentation:​tools:​software:​gromacs|Gromacs]]
 +  * [[documentation:​tools:​software:​genesis|Genesis]]
   * [[documentation:​tools:​software:​lammps|Lammps]]   * [[documentation:​tools:​software:​lammps|Lammps]]
   * [[documentation:​tools:​software:​molpro|Molpro]]   * [[documentation:​tools:​software:​molpro|Molpro]]
   * [[documentation:​tools:​software:​namd|NAMD]]   * [[documentation:​tools:​software:​namd|NAMD]]
   * [[documentation:​tools:​software:​qbox|Qbox]]   * [[documentation:​tools:​software:​qbox|Qbox]]
 +  * [[documentation:​tools:​software:​quip|Quip]]
   * [[documentation:​tools:​software:​vasp|VASP]]   * [[documentation:​tools:​software:​vasp|VASP]]
  
Ligne 104: Ligne 104:
  
 <WRAP col4> <WRAP col4>
-  * [[documentation:​tools:​software:​atram|aTRAM]] +  * <del>aTRAM</​del>​ 
-  * [[documentation:​tools:​software:​apytram|apytram]]+  * <del>apytram</​del>​
   * [[documentation:​tools:​software:​augustus|Augustus]]   * [[documentation:​tools:​software:​augustus|Augustus]]
  
Ligne 121: Ligne 121:
   * [[documentation:​tools:​software:​breakdancer|BreakDancer]]   * [[documentation:​tools:​software:​breakdancer|BreakDancer]]
   * [[documentation:​tools:​software:​breseq|breseq]]   * [[documentation:​tools:​software:​breseq|breseq]]
-  * [[documentation:​tools:​software:​bridger|Bridger]]+  * <del>Bridger</​del>​
   * [[documentation:​tools:​software:​bwakit|BWA]] (Bwakit)   * [[documentation:​tools:​software:​bwakit|BWA]] (Bwakit)
  
-  * [[documentation:​tools:​software:​caars|caars]]+  * <del>caars</​del>​
   * [[documentation:​tools:​software:​cafs|CAFS]]   * [[documentation:​tools:​software:​cafs|CAFS]]
   * [[documentation:​tools:​software:​canu|Canu]]   * [[documentation:​tools:​software:​canu|Canu]]
Ligne 146: Ligne 146:
   * [[documentation:​tools:​software:​fastq-tools|fastq-tools]]   * [[documentation:​tools:​software:​fastq-tools|fastq-tools]]
   * [[documentation:​tools:​software:​fastx-toolkit|FASTX-Toolkit]]   * [[documentation:​tools:​software:​fastx-toolkit|FASTX-Toolkit]]
 +  * [[documentation:​tools:​software:​freebayes|freebayes]]
  
   * [[documentation:​tools:​software:​gatk|GATK]]   * [[documentation:​tools:​software:​gatk|GATK]]
Ligne 176: Ligne 177:
  
   * [[documentation:​tools:​software:​novocraft|NovoCraft ?]]   * [[documentation:​tools:​software:​novocraft|NovoCraft ?]]
-  * [[documentation:​tools:​software:​nucleominer|NucleoMiner ​?]]+  * <del>NucleoMiner</​del>​
  
-  * [[documentation:​tools:​software:​oases|Oases ?]]+  * <del>Oases</​del>​
  
   * [[documentation:​tools:​software:​paml|PAML]]   * [[documentation:​tools:​software:​paml|PAML]]
   * [[documentation:​tools:​software:​pbsuite|PBSuite]]   * [[documentation:​tools:​software:​pbsuite|PBSuite]]
-  * [[documentation:​tools:​software:​phyldog|PHYLDOG ​?]] +  * <del>PHYLDOG</​del>​
-  * [[documentation:​tools:​software:​phylobayes|Phylobayes ??]] +
-  * [[documentation:​tools:​software:​phylomerge|PhyloMerge ?]]+
   * [[documentation:​tools:​software:​phyml|PhyML]]   * [[documentation:​tools:​software:​phyml|PhyML]]
   * [[documentation:​tools:​software:​picard|Picard]]   * [[documentation:​tools:​software:​picard|Picard]]
Ligne 197: Ligne 196:
  
   * [[documentation:​tools:​software:​raxml|RAxML]]   * [[documentation:​tools:​software:​raxml|RAxML]]
 +  * [[documentation:​tools:​software:​rmats|rMATS]]
   * [[documentation:​tools:​software:​rsem|RSEM]]   * [[documentation:​tools:​software:​rsem|RSEM]]
 +  * [[documentation:​tools:​software:​rnaseqc|RNAseq-QC]]
   * [[documentation:​tools:​software:​rseqc|RSeQC]]   * [[documentation:​tools:​software:​rseqc|RSeQC]]
  
Ligne 204: Ligne 205:
   * [[documentation:​tools:​software:​seaview|SeaView]]   * [[documentation:​tools:​software:​seaview|SeaView]]
   * [[documentation:​tools:​software:​seqan|SeqAn]]   * [[documentation:​tools:​software:​seqan|SeqAn]]
-  * [[documentation:​tools:​software:​silix|SiLiX ?]]+  * <del>SiLiX</​del>​
   * [[documentation:​tools:​software:​snap|SNAP]]   * [[documentation:​tools:​software:​snap|SNAP]]
   * [[documentation:​tools:​software:​snpeff|SnpEff]]   * [[documentation:​tools:​software:​snpeff|SnpEff]]
Ligne 210: Ligne 211:
   * [[documentation:​tools:​software:​soapdenovo|SOAPdenovo]]   * [[documentation:​tools:​software:​soapdenovo|SOAPdenovo]]
   * [[documentation:​tools:​software:​spades|SPAdes]]   * [[documentation:​tools:​software:​spades|SPAdes]]
-  * <del>[[documentation:​tools:​software:​spinevolution|Spinevolution]]</​del>​+  * <​del>​Spinevolution</​del>​
   * [[documentation:​tools:​software:​sratoolkit|SRAToolkit]]   * [[documentation:​tools:​software:​sratoolkit|SRAToolkit]]
   * [[documentation:​tools:​software:​star|STAR]]   * [[documentation:​tools:​software:​star|STAR]]
Ligne 220: Ligne 221:
   * [[documentation:​tools:​software:​tophat|TopHat]]   * [[documentation:​tools:​software:​tophat|TopHat]]
   * [[documentation:​tools:​software:​transdecoder|TransDecoder]]   * [[documentation:​tools:​software:​transdecoder|TransDecoder]]
 +  * [[documentation:​tools:​software:​trimal|trimAL]]
   * [[documentation:​tools:​software:​trimmomatic|Trimmomatic]]   * [[documentation:​tools:​software:​trimmomatic|Trimmomatic]]
   * [[documentation:​tools:​software:​trinity|Trinity]]   * [[documentation:​tools:​software:​trinity|Trinity]]
documentation/tools/software/accueil.1550506078.txt.gz · Dernière modification: 2020/08/25 17:58 (modification externe)