documentation:tools:software:lammps[PSMN]

documentation:tools:software:lammps

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====== LAMMPS ======

^  Version  ^  Compilateur  ^  Interconnexion  ^  chemin d'accès  ^  OS  ^
|  11Nov13  |  openmpi-1.6.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps-11Nov13/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps  |  Debian 7  |
| | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.csh ||||
| | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-11Nov13-debian7.sh ||||
| | **modulefile** : Lammps/11Nov13-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ||||
|  28Jun14  |  openmpi-1.6.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4/bin/lammps  |  Debian 7  |
| | **modèle tsch** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.csh ||||
| | **modèle bash** : /applis/PSMN/modeles/Lammps-28Jun14-debian7.sh ||||
| | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.6.4-intel-14.0.1 ||||
|  28Jun14  |  openmpi-1.8.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps  |  Debian 7  |
| | **modulefile** : Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ||||
|  15May15  |  openmpi-1.8.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/15May15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps  |  Debian 7  |
| | **modulefile** : Lammps/15May15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ||||
|  7Dec15  |  openmpi-1.8.4-intel-14.0.1  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian7/Lammps/7Dec15/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bin/lammps  |  Debian 7  |
| | **modulefile** : Lammps/7Dec15-mpi-1.8.4-intel-14.0.1 ||||
|  11Aug17  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/11Aug17/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  | Debian 7 |
| | **modulefile** : LAMMPS/11Aug17-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
|  22Aug2018  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/22Aug2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/22Aug2018-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
|  15Nov2018  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4b-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
|  19Sep2019  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/19Sep19/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/19Sep2019-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
|  3Mar20  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/3Mar20/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/3Mar20-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||
|  3Mar20 avec GAP et QUIP  |  openmpi-3.0.0-intel/2017.4  |  Infiniband  | /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/3Mar20-quip-gap/iomkl-2017.4-3.0.0/bin/  | Debian 9 |
| | **modulefile** : LAMMPS/3Mar20-quip-gap-iomkl-2017.4-3.0.0 ||||





<note important> Pour utiliser les modules, consulter [[documentation:tools:modules|Environment Modules]]</note> 

  * Chemin d'installation (pour la doc, exemples, etc.) : 

<code>
/applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.6.4
</code>

  * Test de fonctionnement (version 28Jun14)

<code>
   $ cp -r /applis/PSMN/debian7/Lammps/28Jun14/intel-14.0.1/openmpi-1.8.4/bench/ /home/nom_login/bench_lammps
   $ cd /home/nom_login/bench_lammps
   $ source /usr/share/modules/init/tcsh # éventuellement (si pas déjà fait) ; pour un autre shell (bash) utiliser le fichier correspondant
   $ module use /applis/PSMN/Modules     # éventuellement (si pas déjà fait)
   $ module load Base/psmn               # éventuellement (si pas déjà fait)
   $ module load Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1
   $ mpirun -np 4 lammps < in.lj > log.out
</code>

Vous pouvez alors consulter le fichier log.out (et le fichier log.lammps).
Dans ce qui précède, remplacer nom_login par votre login PSMN, le shell utilisé est tcsh (ou csh) et on charge le modulefile ''Lammps/28Jun14-mpi-1.8.4-intel-14.0.1'' pour configurer l'environnement d'éxecution.

===== Doc admin-sys PSMN =====

==== LAMMPS_28Jun14 ====


  * Construction avec Intel 14.0.1 et OpenMPI 1.6.4

<code>
cd lammps-28Jun14
cp MAKE/Makefile.linux MAKE/Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
</code>

<code Modifier Makefile.openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7>
CC =            mpic++
CCFLAGS =       -O2 
LINK =          mpic++
MPI_INC, MPI_PATH, MPI_LIB = 
FFT_INC, FFT_PATH, FFT_LIB = 
</code>

<code Pour les paquets additionnels CLASS2, MOLECULE, RIGID,USER-CG-CMM, USER-OMP>
   $ make yes-class2
   $ make yes-molecule 
   $ make yes-rigid
   $ make yes-user-cg-cmm
   $ make yes-user-omp 
</code>

<code>
make openmpi-1.6.4-intel-14.0.1-debian7
</code>

===== Exemples d'utilisation au PSMN ===== 

L' exemple décri le mode d'utilisation de LAMMPS en mode parallèle MPI.


  - créer un répertoire de test et travailler dedans : <code bash> 
     mkdir $HOME/Test_LAMMPS
     cd $HOME/Test_LAMMPS </code>
     
 - copier l'un des fichier test dans votre répertoire de test : <code bash> 
     cp /applis/PSMN/debian9/software/Local/LAMMPS/15Nov2018/iomkl-2017.4-3.0.0/bench/in.lj . </code>
     
 - exécuter LAMMPS avec un script de soumission SGE et de soumettre ce script :  <code bash> 

ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ vi script_LAMMPS 
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -N Test_Lammps
#$ -q E5_test
#$ -pe test_debian 4
#$ -cwd
#$ -V
HOSTFILE=${TMPDIR}/machines

cd ${SGE_O_WORKDIR}

### configurer l'environnement
module purge
module load LAMMPS/15Nov2018-iomkl-2017.4-3.0.0

### au besoin, forcer l'env OpenMPI
PREFIX="/applis/PSMN/debian9/software/Compiler/IntelComp/2017.4/Core/OpenMPI/3.0.0"
MPIRUN="${PREFIX}/bin/mpirun"

$MPIRUN -v -x LD_LIBRARY_PATH -hostfile ${HOSTFILE} -np ${NSLOTS} lammps < in.lj > lammps_in.log

# fin

</code>  

<code bash>
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qsub script_LAMMPS 
Your job 2534457 ("Test_Lammps") has been submitted
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID 
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
2534457 0.00000 Test_Lammp ccalugar     qw    03/27/2019 17:07:45                                    4        
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID 
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
2534457 0.07384 Test_Lammp ccalugar     r     03/27/2019 17:07:55 E5_test@c8220node123               4        
ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ qstat
job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID 

ccalugar@e5-2670comp1:~/Tests/Test_LAMMPS$ ls -ltr
total 11
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp  494 Mar 27 17:01 script_LAMMPS
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp  470 Mar 27 17:08 in.lj
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp    0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.pe2534457
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp    0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.o2534457
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp    0 Mar 27 17:08 Test_Lammps.e2534457
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2602 Mar 27 17:08 log.lammps
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp 2046 Mar 27 17:08 lammps_in.log
-rw-r--r-- 1 ccalugar cbp   51 Mar 27 17:08 Test_Lammps.po2534457

</code>

documentation/tools/software/lammps.txt · Dernière modification : 2020/10/15 07:01 de cicaluga

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