NAMD vient en 5 versions :

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

NAMD vient en 5 versions :

Pour utiliser les modules, consulter Environment Modules

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• http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

1. créer un répertoire de test et travailler là-dedans :

        mkdir $HOME/test_namd
        cd $HOME/test_namd 

2. télécharger et desarchiver le tutoriel NAMD :

        wget http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd/namd-tutorial-files.tar.gz
        tar -zxvf namd-tutorial-files.tar.gz 

3. aller dans l'un des cas test (ici 1-2-sphere) :

        cd namd-tutorial-files/1-2-sphere 

4. charger le module correspondant à la version de NAMD désirée (dans la liste ci-dessus). Par exemple :

        module load NAMD/2.11-multicore 

5. exécuter NAMD en local (rappel : ce mode d'exécution n'est permis que pour des petits test, pour la production, il est obligatoire d'utiliser le système de queues). Le mode séquentiel est obtenu par :

        namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq.log 

6. vous pouvez suivre l'exécution (et le ressources utilisées p.ex. charge CPU et mémoire) en lançant la commande top dans un autre terminal ou bien en surveillant le fichier de sortie en temps réel :

       tail -f ubq_ws_eq_sequentiel.log 

7. à la fin de l'exécution, on peut voir la consommation en temps CPU et mémoire retournées par NAMD dans le fichier de sortie :

        tail -2 ubq_ws_eq_sequentiel.log
        WallClock: 89.548943  CPUTime: 89.548943  Memory: 62.207031 MB
       [Partition 0][Node 0] End of program 

8. L'exécution ci-dessous a utilisé un seul coeur (mode séquentiel). Pour utiliser plusieurs coeurs en version multithread , p.ex. 4, il faudrait rajouter l'option +p4 : :

        namd2 ubq_ws_eq.conf +p4 > ubq_ws_eq_4cores.log 

9. Pour se rendre compte de l'efficacité du mode multithread, on peut à nouveau regarder la consommation en temps CPU (et en mémoire) et comparer aux valeurs obtenues en mode séquentiel :

        tail -2 ubq_ws_eq_4cores.log
        WallClock: 24.876143  CPUTime: 24.876143  Memory: 313.214844 MB
        [Partition 0][Node 0] End of program 

10. Pour utiliser la version multithread avec des GPUs (sur les serveurs qui disposent de telles cartes, pour ces test le serveur r730visu a été utilisé) :

         module load NAMD/2.11-multicore-CUDA 
         namd2 +p4 +setcpuaffinity +devices 0,1 ubq_ws_eq.conf > ubq_ws_eq_4cores_2GPUs.log

11. En plus de la commande top (pour suivre la charge CPU), on peut suivre l'utilisation des ressources GPU en utilisant la commande suivante (refresh tous les secondes) :

         nvidia-smi --loop=1 

12. A la fin de l'exécution, on peut regarder à nouveau le temps CPU consommé :

         tail -2 ubq_ws_eq_4cores.log
         WallClock: 24.876143  CPUTime: 24.876143  Memory: 313.214844 MB
         [Partition 0][Node 0] End of program 

13. Pour utiliser NAMD en production (soumission au système de queues SGE), il suffit d'utiliser cette commande d'exécution (et au préalable celle le chargement du module correspondant) dans les fichiers de soumission SGE.