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Compilation et d'exécution d'un programme (Fortran)
Langage C, code parallèle hybrid MPI+OpenMP
Soit le programme écrit en C avec une parallélisation hybride MPI+OpenMP ProgPAR_OpenMP_MPI.c. On va l'exécuter avec une décomposition en 2 processus MPI x 8 threads OpenMP.
Compilation du programme :
Définition de l'environnement :
- définition de l'environnement
module avail module load GCC/7.2.0/OpenMPI/3.0.0
Compilation :
mpicc -fopenmp ProgPAR_OpenMP_MPI.c -o ProgPAR_OpenMP_MPI.c.exe
Le fichier binaire (exécutable) ProgPAR_OpenMP_MPI.c.exe est généré.
Exécution du programme :
Exécution sur le serveur de compilation :
export OMP_NUM_THREADS=8 (pour bash) setenv OMP_NUM_THREADS "8" (pour tcsh) mpirun -np 2 -bind-to socket -npersocket 1 ./ProgPAR_OpenMP_MPI.c.exe
Le résultat est affiché a l'écran :
Bonjour, je suis le thread 1 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 3 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 2 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 0 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 6 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 7 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 5 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 4 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 7 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 1 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 0 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 2 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 5 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 6 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 3 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 4 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud e5-2670comp1.psmn.ens-lyon.fr
Exécution sur le cluster :
On utilise un script de soumission scriptOpenMP_MPI pour le shell bash, pour soumettre le job sur les clusters de calcul.
C'est le script de soumission qui configure l'environnement, puis appelle votre binaire (avec ses options, s'il en a) sur le noeud d'execution.
SGE → scriptOpenMP_MPI → binaire
qsub scriptOpenMP_MPI
Your job 341093 ("ProgrammeOpenMP_MPI") has been submitted
qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
341093 0.00000 ProgrammeOpenMP_MPI ccalugar qw 02/14/2018 14:55:55 16
qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue slots ja-task-ID
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
341093 0.07300 ProgrammeOpenMP_MPI ccalugar r 02/14/2018 14:57:55 E5-2667v2h6deb128@c8220node213 16
- La sortie de l'écran (sortie standard) est redirigée dans le fichier
ProgrammeOpenMP_MPI.o341093 - La sortie erreur (erreur standard) est redirigée dans le fichier
ProgrammeOpenMP_MPI.e341093 - La sortie erreur SGE est redirigée dans le fichier
ProgrammeOpenMP_MPI.pe341093 - La sortie avec le nome des machines utilisées est redirigée dans le fichier
ProgrammeOpenMP_MPI.po341093
cat ProgrammeOpenMP_MPI.o341093 Bonjour, je suis le thread 0 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 6 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 7 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 4 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 3 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 2 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 5 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 6 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 0 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 3 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 7 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 4 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 2 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 5 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 1 parmi 8 threads du process 1 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr Bonjour, je suis le thread 1 parmi 8 threads du process 0 parmi 2 processes sur le noeud c8220node210.psmn.ens-lyon.fr
La sortie avec le nome des machines utilisées est redirigée dans le fichier ''ProgrammeOpenMP_MPI.po341093'' cat ProgrammeOpenMP_MPI.po341093 c8220node210 c8220node210 c8220node210 c8220node210 c8220node210 c8220node210 c8220node210 c8220node210 c8220node209 c8220node209 c8220node209 c8220node209 c8220node209 c8220node209 c8220node209 c8220node209