Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Prochaine révision | Révision précédente | ||
| documentation:tutorials:submit:jobopenmpmpibash [2018/04/25 07:35] – créée cicaluga | documentation:tutorials:submit:jobopenmpmpibash [2020/08/25 15:58] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 | ||
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| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| + | < | ||
| + | |||
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| + | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: | ||
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| + | |||
| + | ====== Soumettre un job ====== | ||
| + | |||
| + | On utilise la commande '' | ||
| + | |||
| + | <code bash> | ||
| + | qsub script_paralelle | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ====== Scripts de soumission ====== | ||
| + | |||
| + | Voici un script de soumission d'un job au système de batch du PSMN. | ||
| + | |||
| + | <note warning> | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ======job parallèle hybrid OpenMP& | ||
| + | |||
| + | |||
| + | On peut soumettre son job en utilisant la commande suivante : | ||
| + | |||
| + | <code bash> qsub scriptOpenMP_MPI</ | ||
| + | |||
| + | <code bash scriptOpenMP_MPI> | ||
| #!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
| # | # | ||
| Ligne 11: | Ligne 41: | ||
| ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ### parallel environment & nb cpu (NSLOTS) | ||
| ##$ -pe test_debian 2 | ##$ -pe test_debian 2 | ||
| - | #$ -pe mpi16_debian 32 | + | #$ -pe mpi8_debian 16 |
| ### charger l' | ### charger l' | ||
| #$ -cwd | #$ -cwd | ||
| Ligne 32: | Ligne 62: | ||
| module purge | module purge | ||
| module load GCC/ | module load GCC/ | ||
| - | export OMP_NUM_THREADS=16 | + | export OMP_NUM_THREADS=8 |
| ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ### au besoin, forcer l'env OpenMPI | ||
| Ligne 42: | Ligne 72: | ||
| ### | ### | ||
| #mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/ | #mpirun -v -np ${NSLOTS} ${EXECDIR}/ | ||
| - | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -np 2 -bind-to socket -npersocket 1 ./hello.exe | + | ${MPIRUN} -v -prefix ${PREFIX} -np 2 -bind-to socket -npersocket 1 ./ProgPAR_OpenMP_MPI.c.exe |
| # fin | # fin | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | |||
| + | <note important>: | ||
| + | ATTENTION au hostfile : | ||
| + | ====== Surveiller un job ====== | ||
| + | |||
| + | Voir [[documentation: | ||