Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente | ||
documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash [2018/02/14 09:33] – cicaluga | documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash [2021/01/14 15:55] (Version actuelle) – [job séquentiel (shell bash)] cicaluga | ||
---|---|---|---|
Ligne 2: | Ligne 2: | ||
- | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: | + | Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation: |
Ligne 10: | Ligne 10: | ||
<code bash> | <code bash> | ||
- | qsub script_seq | + | qsub script_seq |
</ | </ | ||
Ligne 52: | Ligne 52: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | module load iccifort/2017.4 | + | module load GCC/7.2.0 |
### execution du programme (a changer avec votre executable) | ### execution du programme (a changer avec votre executable) | ||
Ligne 75: | Ligne 75: | ||
#$ -N SommeVecVecSEQ | #$ -N SommeVecVecSEQ | ||
### file d' | ### file d' | ||
- | #$ -q E5-2670_test | + | #$ -q E5_test |
### charger l' | ### charger l' | ||
#$ -cwd | #$ -cwd | ||
Ligne 87: | Ligne 87: | ||
### configurer l' | ### configurer l' | ||
- | module load iccifort/2017.4 | + | module load GCC/7.2.0 |
- | # for bash: | + | ### definition |
- | SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/ | + | |
- | /bin/mkdir -p $SCRATCHDIR | + | |
- | /bin/cp -rf SommeVecVecSEQ.exe $SCRATCHDIR/ | + | if [[ -d "/scratch/Lake" ]] |
- | ###/bin/cp -rf $INPUT $SCRATCHDIR/ | + | then |
+ | | ||
+ | elif [[ -d "/ | ||
+ | then | ||
+ | SCRATCHDIR="/ | ||
+ | else | ||
+ | echo " | ||
+ | SCRATCHDIR=" | ||
+ | fi | ||
- | # go to scratch | + | ### |
+ | |||
+ | ### verif SCRATCHDIR | ||
+ | echo " | ||
+ | |||
+ | ### creation du repertoire de travail dans le /scratch | ||
+ | if [[ ! -d " | ||
+ | then | ||
+ | / | ||
+ | fi | ||
+ | |||
+ | ### copie des fichiers sources dans le /scratch | ||
+ | /bin/cp ${SGE_O_WORKDIR}/ | ||
+ | |||
+ | ### se placer dans le repertoire d' | ||
cd ${SCRATCHDIR} | cd ${SCRATCHDIR} | ||
+ | |||
### execution du programme | ### execution du programme | ||
- | ###### | ||
EXECDIR=${SCRATCHDIR} | EXECDIR=${SCRATCHDIR} | ||
- | ${EXECDIR}/ | + | ${EXECDIR}/ |
#### | #### | ||
+ | |||
# copy results from scratch to home | # copy results from scratch to home | ||
- | /bin/cp -r $SCRATCHDIR/ | + | /bin/cp -r $SCRATCHDIR/ |
- | + | ||
- | rm -fr ${SCRATCHDIR}/ | + | # rm -fr ${SCRATCHDIR}/ |
+ | |||
# fin | # fin | ||
</ | </ | ||
- | |||
====== Surveiller un job ====== | ====== Surveiller un job ====== | ||
Voir [[documentation: | Voir [[documentation: |