documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash [2018/10/04 16:31] – [Soumettre un job] cicaluga
+++ documentation:tutorials:submit:jobsequentielbash [2021/01/14 15:55] (Version actuelle) – [job séquentiel (shell bash)] cicaluga
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-Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation:tools:sge|à cette page]] ainsi que [[faq:sge|dans la F.A.Q.]].
+Le système de batch actuellement utilisé par le PSMN est Sun Grid Engine (SGE). Sa documentation se trouve [[documentation:tools:sge|à cette page]] ainsi que [[faq:accueil|dans la F.A.Q.]].
@@ Ligne 52: / Ligne 52: @@
 ### configurer l'environnement (a changer)
 module load GCC/7.2.0
 ### execution du programme (a changer avec votre executable)
@@ Ligne 75: / Ligne 75: @@
 #$ -N SommeVecVecSEQ
 ### file d'attente (a changer)
-#$ -q E5-2670_test
+#$ -q E5_test
 ### charger l'environnement utilisateur pour SGE
 #$ -cwd
@@ Ligne 89: / Ligne 89: @@
 module load GCC/7.2.0
-# for bash:
+### definition SCRATCHDIR en fonction de la partition existent
-SCRATCHDIR=${SGE_O_WORKDIR/home/scratch}
-/bin/mkdir -p $SCRATCHDIR
-/bin/cp -rf SommeVecVecSEQ.exe $SCRATCHDIR/
+if [[ -d "/scratch/Lake" ]]
-###/bin/cp -rf $INPUT $SCRATCHDIR/
+then
+    SCRATCHDIR="/scratch/Lake/${USER}/${JOB_ID}/"
+elif [[ -d "/scratch/E5N" ]]
+then
+    SCRATCHDIR="/scratch/E5N/${USER}/${JOB_ID}/"
+else
+    echo "Cannot create ${SCRATCHDIR} on /scratch, creating it in the current directory"
+    SCRATCHDIR="${SGE_O_WORKDIR}/scratch/"
+fi
-# go to scratch (instead of workdir) before running binary
+###SCRATCHDIR=/scratch/E5N/votre_login/Formations/Sequentiel
+### verif SCRATCHDIR
+echo "SCRATCHDIR=${SCRATCHDIR}"
+### creation du repertoire de travail dans le /scratch
+if [[ ! -d "${SCRATCHDIR}" ]]
+then
+   /bin/mkdir -p ${SCRATCHDIR}
+fi
+### copie des fichiers sources dans le /scratch
+/bin/cp ${SGE_O_WORKDIR}/* ${SCRATCHDIR}/
+### se placer dans le repertoire d'execution AVANT le lancement du programme
 cd ${SCRATCHDIR}
 ### execution du programme
-######EXECDIR=/scratch/cicaluga/tempo
 EXECDIR=${SCRATCHDIR}
-${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe > output
+${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe > output_scratch
 ####./SommeVecVecSEQ.exe
 # copy results from scratch to home
-/bin/cp -r $SCRATCHDIR/output $SGE_O_WORKDIR/
+/bin/cp -r $SCRATCHDIR/output_scratch $SGE_O_WORKDIR/output_home
-rm -fr ${SCRATCHDIR}/*
+# rm -fr ${SCRATCHDIR}/*
 # fin
 </code>
 ====== Surveiller un job ======
 Voir [[documentation:tools:sge#surveiller_les_jobs|la documentation]] qui correspond et [[documentation:examples:qstat_cli|les exemples]].

documentation/tutorials/submit/jobsequentielbash.1538670666.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)

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