documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh [2016/05/23 13:33] – [job séquentiel (shell tcsh)] cicaluga
+++ documentation:tutorials:submit:jobsequentieltcsh [2021/08/31 09:38] (Version actuelle) – cicaluga
@@ Ligne 72: / Ligne 72: @@
 ### configurer l'environnement
-source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.csh
+### source /usr/share/modules/init/tcsh
-source /usr/share/modules/init/tcsh
+### module use /applis/PSMN/Modules
-module use /applis/PSMN/Modules
+### module load Base/psmn
-module load Base/psmn
+module load IntelComp/2017.4
-module load intel/14.0.1
 ### execution du programme
 ##set EXECDIR=${HOME}/Formations/Sequentiel
 ##${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.exe < Monfichierdedata > monfichierresultat
-./SommeVecVecSEQ.exe
+./SommeVecVecSEQ.f90.exe
 # fin
 </code>
+Travailler dans le /scratch
+<code bash batch.csh>
+#!/bin/tcsh
+#
+### variables SGE
+### shell du job
+#$ -S /bin/tcsh
+### nom du job (a changer)
+#$ -N SommeVecVecSEQ
+### file d'attente (a changer)
+#$ -q E5-2670_test
+### charger l'environnement utilisateur pour SGE
+#$ -cwd
+### exporter les variables d'environnement sur tous les noeuds d'execution
+#$ -V
+### mails en debut et fin d'execution
+#$ -m be
+# aller dans le repertoire de travail/soumission
+# important, sinon, le programme est lancé depuis ~/
+cd ${SGE_O_WORKDIR}
+### configurer l'environnement
+### source /usr/local/modeles/set_debian7-clean.sh
+### source /usr/share/modules/init/bash
+### module use /applis/PSMN/Modules
+### module load Base/psmn
+module load IntelComp/2017.4
+set SCRATCHDIR = `echo $SGE_O_WORKDIR | awk -F "/" '{$2="scratch"; for(j=2;j<=NF;j++) {printf("/%s",$j);} print ""} ' `
+/bin/mkdir -p $SCRATCHDIR
+/bin/cp -rf SommeVecVecSEQ.f90.exe $SCRATCHDIR/
+###/bin/cp -rf $INPUT $SCRATCHDIR/
+# go to scratch (instead of workdir) before running binary
+cd ${SCRATCHDIR}
+### execution du programme
+######EXECDIR=/scratch/cicaluga/tempo
+set EXECDIR=${SCRATCHDIR}
+${EXECDIR}/SommeVecVecSEQ.f90.exe > output
+####./SommeVecVecSEQ.f90.exe
+# copy results from scratch to home
+/bin/cp -r $SCRATCHDIR/output $SGE_O_WORKDIR/
+rm -fr ${SCRATCHDIR}/*
+# fin
+</code>
 ====== Surveiller un job ======
 Voir [[documentation:tools:sge#surveiller_les_jobs|la documentation]] qui correspond et [[documentation:examples:qstat_cli|les exemples]].

documentation/tutorials/submit/jobsequentieltcsh.1464010385.txt.gz · Dernière modification : 2020/08/25 15:58 (modification externe)

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